1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

피고가 2011. 8. 3. 원고에 대하여 한 2006년 2기분...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 8. 29. 정비사업 전문관리 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 피고는 2011. 4. 7.부터

4. 26.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 ① 2007 사업연도부터 2008 사업연도까지 A구역 도시환경정비사업조합설립추진위원회(이하 ‘A구역 추진위원회’라고 한다)로부터 43억 5,000만 원을 지급받았고, ② 2006 사업연도에 신흥1구역 주택재개발정비사업조합설립추진위원회(이하 ‘신흥1구역 추진위원회’라고 한다)로부터 7억 원을 지급받았음에도, 2006 사업연도부터 2009 사업연도까지 합계 55억 4,100만 원의 매출액을 누락하였다고 판단하고, 위 55억 4,100만 원 중 부과제척 기간이 경과하지 아니한 44억 2,100만 원과 관련하여 2011. 8. 3. 원고에게 2006년 2기분 부가가치세 174,277,410원, 2007년 1기분 부가가치세 179,227,450원, 2007년 2기분 부가가치세 144,893,440원, 2008년 2기분 부가가치세 41,342,910원, 2009년 1기분 부가가치세 57,622,560원, 2006 사업연도 법인세 108,895,480원, 2007 사업연도 법인세 1,254,751,690원, 2008 사업연도 법인세 88,561,260원, 2009 사업연도 법인세 88,466,800원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 다.

원고는 이에 불복하여 2011. 10. 28. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2012. 5. 30. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 (1) A구역 추진위원회에 대한 용역제공에 관하여 (가) 피고는 기본계획의 수립이 2006. 6. 30. 이루어졌고, 정비구역의 지정이 2007. 12. 28. 이루어졌다고 판단하였으나, 기본계획의 수립은 2009. 12. 18. 이루어졌고, 정비구역의 지정은 이루어지지...