조심 2018중5069 (2019.04.30)

양도

기각

쟁점계약서는 쟁점토지와 관련한 청구인과 ○○○간의 쟁점민사소송과정에서 현출된 것으로 비록 쟁점민사소송이 쟁점토지의 매매대금이 아니라 쟁점토지 양도대금의 귀속과 관련하여 부당이득금이 존재하는지 여부를 다투는 것이라고 하나, 쟁점계약서는 그러한 과정에서 증거로 채택된 것이고 그에 기재된 쟁점거래가액은 쟁점계약서 뿐만 아니라 ○○○가 청구인 등을 서울중앙지방검찰청에 횡령죄 등으로 고소한 고소장과 □□□가 청구인에게 교부한 영수증 등에서도 반복적으로 제시되고 있으며, 청구인이 쟁점민사소송 중 제출한 답변서에도 쟁점거래가액으로 쟁점토지가 매수된 것으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 쟁점②토지가 △△△△에 수용될 당시 양도소득세를 예정신고․납부할 때에도 쟁점거래가액을 쟁점②토지의 면적으로 안분한 가액을 실제 거래가액으로 신고한 점 등에 비추어 쟁점토지의 실제거래가액을 쟁첨취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

상속세법 제97조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1990.4.6. OOO와 당시 OOO전 1,982㎡를 OOO로부터 공동으로 취득(각 1/2 지분)하였으나 소유권이전등기를 경료하지 아니하였고, 상기 토지가 OOO전 1,780㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 OOO전 202㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)로 분할된 이후인 1998.6.30. 청구인 명의로 매매를 원인으로 소유권이전등기가 경료되었으며, 이 중 쟁점②토지는 1998.8.26. 공공용지협의취득을 원인으로 보상금 OOO에 OOO에 수용되었다가 2003.6.27. 환매대금 OOO에 환매를 원인으로 다시 청구인에게 소유권이전등기가 경료되었다.

나. 청구인은 2015.4.23. OOO에 쟁점토지를 OOO에 양도하고 2015.7.31. 그 양도소득금액을 산정하면서 취득가액을 「소득세법」제97조 제1항 제1호 나목에 따라 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 환산가액인 OOO으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다가, 2016.10.31. 처분청에 쟁점토지는 「소득세법」제104조의3에 따른 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로 그 양도소득에서 같은 법 제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제액을 차감하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였고 이에 양도소득세 OOO을 환급받았다.

다. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 OOO에 대하여 2018.5.24.～6.13. 세무조사를 실시하여, 청구인이 OOO가 소유한 쟁점토지의 1/2 지분을 명의신탁 받았으나 OOO의 위임이나 승낙 없이 쟁점토지를 양도하였고 그 매매대금은 청구인과 OOO 간의 민사소송(쟁점토지 양도대금과 관련한 부당이득금에 대한 것으로 이하 “쟁점민사소송”이라 한다) 절차에서 상당한 시간이 경과하여 지급한 점에 비추어 쟁점토지의 양도소득세 납세의무자는 청구인이고, 상기 쟁점민사소송에서 제출된 매매계약서와 진술내용 등에 비추어 쟁점토지의 취득당시 실지거래가액은 OOO(이하 “쟁점거래가액”이라 한다)이므로 쟁점①토지의 실지거래가액은 쟁점거래가액을 쟁점①토지의 면적으로 안분한 OOO(이하 “쟁점취득가액”이라 한다)으로, 쟁점②토지의 실지거래가액은 환매가액에 다른 필요경비를 가산한 OOO으로 산정하여야 한다는 내용을 처분청에 통지하였고, 처분청은 2018.10.8. 이에 따라 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인과 OOO와의 쟁점민사소송에서 제출된 청구인과 OOO간의 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서(계약일자가 1990.4.6.로 기재된 것으로 이하 “쟁점①계약서”라 한다)와 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서로 지방자치단체장의 검인을 받은 것(계약일자가 1990.4.6.로 기재된 것으로 이하 “쟁점②계약서”라 하고, 이하 쟁점①계약서와 함께 이하 “쟁점계약서”라 한다)을 들어 쟁점취득가액이 쟁점①토지의 실지거래가액이라는 의견이나, 쟁점민사소송은 부당이득금 반환을 다투는 것으로 쟁점계약서는 청구인과 OOO와의 채권채무관계를 확인하기 위해 제출된 것에 불과하고 쟁점민사소송에서 쟁점계약서에 기재된 쟁점거래가액이 진실한 것인지 여부는 소송상 실익이 없어 가리지 않은 것일 뿐 쟁점거래가액을 실지거래가액으로 인정한 것이 아니다.

쟁점①계약서는 특약으로 등기이전시 계약서를 재작성한다고 정하고 있어 재작성된 계약서에 대한 확인 없이 쟁점①계약서를 실제 계약서로 볼 수 없다. 쟁점②계약서는 쟁점토지를 청구인 명의로 소유권이전등기하는 과정에서 작성한 것으로 계약일자를 1990.4.6.로, 잔금청산일을 1998.6.20.로 기재하고 있으나 청구인이 소지한 영수증에는 1990.4.6.～1990.5.16. 5차례에 걸쳐 OOO을 지급한 것으로 기재되어 있는바, 이는 쟁점②계약서상 기재된 내용과 상이하고 1998.6.20.을 잔금일자로 특정한 점에 비추어 동 계약서는 쟁점토지의 취득을 위해서가 아니라 청구인 명의로 소유권이전등기하기 위하여 작성된 것으로 보아야 하고, 당시 취득세․등록세를 적게 납부할 목적으로 실제 매매계약서와 별도로 검인용 매매계약서를 작성하는 관행이 있었던 점에 비추어 금융증빙과 같은 객관적 증빙 없이 쟁점②계약서만으로는 쟁점거래가액을 실지거래가액으로 인정하기 어렵다 할 것이며 1990년대 거래가 이루어져 금융증빙이 확인되지 않고, 당사자 사이에 매매계약 내용대로 작성되었다고 보기 어려운 특별한 사정이 있다면 이를 실지거래가액으로 보기 어렵다고 할 것이다.

청구인이 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료할 당시 청구인과 OOO가 작성하여 공증받은 인증서에는, 청구인의 태만으로 소유권이전등기가 늦어진 것에 대하여 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」(이하 “부동산실명법”이라 한다) 위반에 따른 과태료, 모든 제세공과금 및 세금 등의 부담을 입을 경우 이를 청구인이 손해배상하는 것으로 되어 있고, 이에 비추어 청구인이 쟁점계약서상 거래대금 이외에도 부동산실명법 위반에 따른 과태료 등을 OOO에게 지급한 사실을 확인할 수 있으나 1998년 추가로 지급된 대가는 금융증빙을 확인하기 어려운 점에 비추어 쟁점계약서는 당사자 사이에 매매계약 내용대로 작성되었다고 보기 어려운 특별한 사정이 있다고 할 것이고 쟁점계약서상 기재된 쟁점거래가액을 근거로 산정된 쟁점취득가액을 실지거래가액으로 볼 수 없다.

또한, 청구인은 당초 쟁점토지의 양도소득세 신고시 이를 비사업용 토지로 보았다가 2016.10.31. 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 장기보유특별공제액을 양도소득에서 차감하여야 한다는 경정청구를 제기하였고 처분청은 이를 인정하여 양도소득세를 환급한 바, 당시 처분청은 상기 경정청구가 적절한 것인지를 충분히 검토하여 쟁점토지 취득가액은 환산가액으로 산정하는 것이 적법하다고 보아 환급결정 하였을 것임에도 이와 달리 쟁점토지의 취득가액을 쟁점취득가액으로 본 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점민사소송에서 확인되는 쟁점계약서상 매매대금인 쟁점거래가액이 쟁점토지의 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 청구인과 OOO는 쟁점민사소송과 OOO가 2015.10.2. 청구인 등을 횡령죄 및 사기미수죄로 OOO에 고소(이하 “쟁점형사고소”라 한다)하면서 쟁점토지의 매매계약일은 1990.4.6., 잔금지급일은 1990.5.16., 매매금액은 OOO으로 각 지분 1/2 상당액인 OOO을 청구인과 OOO가 각 지급하였다고 일관되게 진술하였고 이러한 내용은 쟁점민사소송 판결문에 반영되었으며, 일반적인 부동산 거래에 있어 매매대금의 수수증빙으로 매도인은 각 대금 수취시 매수인에게 매매대금 영수증을 발행하는데, 쟁점토지의 매도인 OOO는 청구인에게 계약금, 중도금, 잔금으로 구분하여 매매대금 영수증을 발행하였으며 그 영수증상 금액의 합계액이 쟁점거래가액과 일치하고 있다.

부동산에 담보된 채권최고액은 당해 부동산의 거래가액 등 시세를 반영한 가액이라 할 것인데, 1991.7.9. 쟁점토지에 채권최고액을 OOO으로 하여 설정한 근저당권 등기와 관련하여 청구인이 쟁점민사소송에서 매매가액으로 채권최고액을 설정하였다고 진술하였고, 쟁점민사소송 과정에서 쟁점토지의 매매를 주선한 OOO이 증인으로 출석하여 쟁점토지 매매금액은 OOO이며 근저당권 설정시 기재된 채권최고액은 매매가액과 같은 금액이라고 진술한 바 있다.

청구인은 1998.8.26. 쟁점②토지가 OOO에 수용되었을 때 당시 정부부과세목이었던 양도소득세에 대하여 신고․납부하면서 그 취득가액을 쟁점거래가액을 쟁점②토지의 가액으로 안분한 가액으로 하였고, 당시 과세관청은 그 신고가 적정한 것으로 보아 신고내용대로 결정한 점 등에 비추어 쟁점거래가액이 쟁점토지의 실지거래가액이 아니라는 청구주장을 인정하기 어렵다.

청구인은 쟁점①계약서상 특약사항과 쟁점②계약서가 이른바 검인계약서인 점에 비추어 쟁점거래가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 청구인이 쟁점민사소송에서 제출한 답변서에 ‘매매계약서는 1990년 4월경에 작성한 계약서 내용과 똑같이 작성하고 다만 잔금지급일만 변경하여 작성하였다’고 진술하여 쟁점①계약서상 특약에 따라 재작성하기로 약정한 계약서를 소유권 이전등기시 작성한 검인계약서인 쟁점②계약서로 보는 것이 타당하고, 검인계약서인 쟁점②계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 이를 주장하는 청구인이 입증하여야 할 것임에도 이에 대한 객관적인 증빙을 제시하고 못하고 있어 청구주장을 인정하기 어렵다.

청구인은 쟁점토지의 소유권이전 등기를 경료할 때까지 추가로 지급한 대가가 있다고 주장하나, 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료할 당시 청구인과 OOO가 작성하여 공증받은 약정서에는 ‘청구인의 태만으로 인한 쟁점토지 소유권이전등기 지체에 따라 이후 발생하게 될 OOO의 제세공과금 등을 부담하기로 한다’ 등의 내용이 기재되어 있으나, 그러한 약정에 따라 지급한 금액이 양도소득에서 필요경비로 공제되는 것인지가 불분명하고 구체적인 금액이 정해져 있지 않으므로 그에 따라 지출된 금액이 있다고 하여 쟁점토지의 실지거래가액이 불분명하다는 청구주장을 인정하기 어렵다.

또한, 청구인은 2016.10.31. 쟁점토지의 양도소득세와 관련한 경정청구에 대하여 처분청이 과세관청의 검증 후 환급결정이 이루어졌으므로 처분청이 환산가액이 적정한 것으로 인정하였다고 주장하나, 이 건 과세처분의 근거가 되는 쟁점민사소송 판결문, 쟁점계약서 등은 청구인이 OOO의 부동산실명법 위반 과징금 부과 사전예고에 대하여 의견을 제출하면서 함께 제출한 것을 조사관서가 수집한 것으로, 청구인은 쟁점토지에 대한 당초 양도소득세 신고나 경정청구시에는 이를 제출한 사실이 없었음에도 처분청이 경정청구에 대한 환급시 쟁점토지의 취득가액으로 환산가액이 적정한 것으로 판단한 것이라는 청구주장을 인정하기 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점토지의 실제취득가액을 확인할 수 없는 것으로 보아 환산가액을 적용한 것에 대하여, 쟁점취득가액을 실제취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 당초 1필지였던 것이 1998.6.30. 2필지로, 2003.6.27. 3필지로 분할된 것으로 분할내용은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점토지의 분할과정

(2) 쟁점토지의 등기부등본 등에는 1998.6.30. 청구인이 1990.4.6. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 경료하였고, 쟁점②토지는 1998.8.26. 공용용지 협의취득을 원인으로 OOO가 소유권이전등기를 경료하였다가 2003.6.27. 환매를 원인으로 다시 청구인에게 소유권이전등기가 경료되었으며, 쟁점토지는 2015.5.29. OOO가 2015.4.23. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 경료한 것으로 기재되어 있다.

이외에도 1991.7.9. 채무자 OOO근저당권자 청구인으로 하는 채권최고액 OOO의 근저당권 설정등기와 1996.7.18. 채권자를 청구인․OOO(OOO의 시매부)로 하는 처분금지 가처분 등기가 되었다가 1998.6.30. 상기 근저당권 설정등기가, 1998.8.7. 상기 처분금지 가처분등기가 말소되었고, 2006.11.10. 피보전권리를 소유권이전등기청구권으로 하여 채권자 OOO가 2016.11.10. 수원지방법원의 가처분결정(2006카단104017)을 원인으로 하여 소유권일부(1/2) 가처분등기를 한 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구인은 상기 쟁점토지 취득시 등기와 관련하여, 청구인과 OOO는 1990년 농지인 쟁점토지 각 1/2지분을 공동매수하였으나 청구인과 OOO는 농지취득자격을 갖추지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하였다가 청구인이 쟁점토지 인근인 OOO로 전입하여 농지취득자격을 갖추었으나 이를 갖추지 못한 OOO의 요청으로 쟁점토지 모두를 청구인의 소유로 하는 소유권이전등기가 이루어져 명의신탁에 이르게 되었다고 제시하였다.

(4) 청구인이 쟁점토지를 1998.6.30. 소유권이전등기한 후 그 중 쟁점②토지를 1998.8.26. OOO가 수용하였고 이에 대하여 청구인이 1998.10.29. 양도소득세 예정신고․납부한바, 처분청은 당시 양도소득세는 정부부과세목으로 기준시가에 따라 양도차익을 산정하는 것이 원칙이나 취득 후 1년 이내 양도하는 경우 그 예외로 실지거래가액으로 양도차익을 산정하도록 한 규정에 따라 청구인이 쟁점거래가액을 쟁점②토지의 면적으로 안분한 금액(OOO× 202㎡/1,982㎡)인 OOO을 쟁점②토지의 취득가액으로 신고하였고, 이에 과세관청은 청구인의 신고내용과 동일하게 결정하였다는 의견이다.

(5) 쟁점민사소송의 1심 판결(서울중앙지방법원 2016.9.27. 선고 2015가합538675 판결) 등에 따르면 청구인은 2015.4.23. OOO과 쟁점토지를 OOO에 양도하는 매매계약을 체결하였다가 이후 OOO가 상기 계약상 매수인의 지위를 양수하였고, 청구인은 OOO로부터 2015.5.23. 계약금 1,OOO과 5.29. 잔금의 절반인 OOO합계 OOO을 지급받았으며, OOO는 2016.3.10. 서울중앙지방법원에 나머지 잔금 OOO을 공탁하였다.

청구인은 2015.7.31. 쟁점토지 양도소득에 대하여 양도소득세를 신고하였고, 2016.10.31. 처분청에 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 내용으로 경정청구를 제기하여 양도소득세 OOO을 환급받은바, 청구인은 상기 양도소득세 신고와 경정청구시 쟁점토지의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 취득가액으로 하였고 이를 처분청도 인정한 것이라는 주장인바, 상기 경정청구시 기재한 쟁점토지의 양도가액과 취득가액 등은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구시 양도․취득가액 등

(단위 : 천원)

(6) 조사관서는 ＜별지2＞의 쟁점①계약서 및 ＜별지3＞의 쟁점②계약서와 쟁점민사소송의 판결 등에 비추어 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액은 쟁점거래가액으로 확인된다고 판단하여 쟁점①토지의 취득가액은 쟁점거래가액을 쟁점①토지의 면적으로 안분(1,780㎡/1,982㎡)하여 산정한 쟁점취득가액으로 산정하고, 쟁점②토지의 취득가액은 청구인이 2003.6.27. OOO로부터 환매할 당시 작성한 환매계약서에 기재된 환매대금 OOO에 기타 필요경비를 가산한 OOO으로 산정한바, 그 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 조사관서의 산정한 쟁점토지의 취득가액 등

(단위 : 원)

(7) 쟁점민사소송에 따른 1심 판결은 ‘청구인이 OOO에게 쟁점토지의 양도에 따라 계약금으로 받은 금액의 1/2인 OOO을 지급하고 OOO가 공탁한 나머지 잔금인 OOO에 대한 공탁금출급청구권을 OOO에게 양도하는 채권양도의 의사표시를 하라’는 등의 내용의 원고승 판결을 하였고, 동 판결문에서 쟁점토지의 취득가액 등과 관련한 내용은 아래 ＜표4＞와 같으며, 쟁점민사소송에 따른 2심 판결은 공탁금의 액수감소 등에 따른 원고 OOO의 청구금액 감축과 청구취지 확장에 대하여 원고일부승으로 판결하였고, 2017.5.30. 상기 판결은 확정되었다.

＜표4＞ 쟁점민사소송 1심판결 중 쟁점토지 취득가액 등과 관련한 것

(8) 청구인은 OOO와 약정서를 작성하고 이에 대하여 1998.6.30. 공증을 받은바, ‘쟁점토지의 소유권이전등기 지연에 따른 부동산실명법 위반 등에 따른 제재에 따른 부담이 있는 경우 청구인이 그 손해를 부담한다’는 내용으로 그 내용은 아래 ＜표5＞와 같고, OOO가 청구인에게 교부한 영수증(정형서식에 금액, 발행일자, 발행인이 수기로 기재된 것) 5매(합계 OOO)의 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표5＞ 청구인과 OOO간의 작성하여 공증 받은 약정서

＜표6＞ OOO가 청구인에게 교부한 영수증

(단위 : 원)

(9) OOO가 2015.10.2. 청구인 등을 서울중앙지방검찰청에 횡령죄와 사기미수죄로 고소하면서 제출한 고소장에서 쟁점토지의 취득경위와 취득가액에 대하여 기재된 부분은 아래 ＜표7＞과 같고, 청구인이 쟁점민사소송 중 1심 법원인 서울중앙지방법원에 제출한 답변서 중 쟁점토지의 취득경위와 취득가액에 대하여 기재된 부분은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표7＞ OOO가 청구인 등을 고소한 고소장 중 일부

＜표8＞ 청구인이 쟁점민사소송 중 제출한 답변서 중 일부

(10) 청구인은 쟁점민사소송과 관련하여 부당이득금 반환소송으로서 청구인과 명의신탁자 사이의 채권채무를 확인하고 부당이득금의 반환 여부를 판단하는 것이 목적이었으므로 소송 과정에서 청구인 등이 쟁점거래가액으로 거래하였음을 진술한 것은 쟁점거래가액이 이미 매도인의 소유권등기이전 및 양도소득세 신고 등에 반영된 가액이며 이를 신뢰하여 매도에 따른 법적 절차를 성실히 이행한 매도인에게 거래가액의 변동으로 인한 불이익이 발생하지 않도록 하기 위함이었고, 매도인은 쟁점토지를 취득할 수 있는 자격을 갖추지 못한 청구인과 명의신탁자의 사정으로 매도 당시 소유권 등기이전 및 양도소득세 신고를 진행하지 못하였고, 이를 8년이나 본인소유로 두면서 재산세 납부 등 행정적인 불편함을 감수하여 왔던 것이 사실이나, 이러한 사정에도 불구하고 8년이 지난 후 매매에 따른 법적 절차를 성실히 이행해 준 매도인에게 1998년 등기 이전 시 추가로 지급한 비용으로 인한 거래가액 변동으로 불이익이 발생하지 않도록 하는 것은 청구인 등이 매도인의 신뢰에 대해 마땅히 보호해야 할 의무가 있다고 판단하였기 때문이므로 이에 민사소송에서 청구인 등이 일관되게 쟁점거래가액으로 거래한 것임을 진술한 사정이 있음을 고려하여야 한다는 주장이다.

(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」제97조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제176조의2는 양도소득의 필요경비인 취득가액을 자산 취득에 든 실지거래가액으로 규정하면서, 이러한 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 및 환산취득가액을 순차로 적용하도록 규정하고 있는바, 동 규정에 의하면 취득가액은 실지거래가액을 우선으로 하되 이를 확인할 수 없고 매매사례가액과 감정가액을 적용할 수 없는 경우에 한하여 환산취득가액을 적용하여야 할 것이다.

쟁점계약서는 쟁점토지와 관련한 청구인과 OOO간의 쟁점민사소송과정에서 현출된 것으로 비록 쟁점민사소송이 쟁점토지의 매매대금이 아니라 쟁점토지 양도대금의 귀속과 관련하여 부당이득금이 존재하는지 여부를 다투는 것이라고 하나, 쟁점계약서는 그러한 과정에서 증거로 채택된 것이고 그에 기재된 쟁점거래가액은 쟁점계약서 뿐만 아니라 OOO가 청구인 등을 OOO에 횡령죄 등으로 고소한 고소장과 OOO가 청구인에게 교부한 영수증 등에서도 반복적으로 제시되고 있으며, 청구인이 쟁점민사소송 중 제출한 답변서에도 쟁점거래가액으로 쟁점토지가 매수된 것으로 기재되어 있을뿐만 아니라 쟁점②토지가 OOO에 수용될 당시 양도소득세를 예정신고․납부할 때에도 쟁점거래가액을 쟁점②토지의 면적으로 안분한 가액을 실제 거래가액으로 신고한 점 등에 비추어 보아도 쟁점①계약서에 기재된 쟁점거래가액이 1990.4.6. 청구인과 OOO가 쟁점토지를 매수한 실제거래가액에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 이에 쟁점①계약서상 등기이전시 계약서를 재작성한다고 기재되어 있음에도 재작성한 계약서를 확인할 수 없다거나 등기이전과정에서 지방자치단체장의 검인을 받은 쟁점②계약서의 잔금일자가 상기 영수증과 상이하다는 등의 사정을 들어 쟁점거래가액이 쟁점토지의 실제거래가액이 아니라고 단정하기 어렵다고 판단된다.

청구인은 청구인과 OOO가 작성하여 1998.6.30. 공증을 받은 약정서상에 부동산실명법 위반 등에 따른 과징금 등을 청구인이 배상하기로 하는 내용이 있다고 하나, 그러한 약정서에 터잡아 청구인이 OOO에게 과징금 등을 지급하였는지 여부가 확인되지 않고, 설령 지급된 사실이 있다고 하여도 그러한 비용이 「소득세법」제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 따라 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하는지 여부가 불분명한 이상 그러한 사정을 들어 쟁점토지의 실제취득가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보기도 어렵다고 보인다.

또한, 청구인은 쟁점토지의 장기보유특별공제액과 관련한 경정청구에 대하여 처분청이 이를 검토하여 양도소득세를 환급하면서 쟁점토지의 취득가액으로 환산가액이 적정하다고 판단한바 있다고 주장하나, 쟁점계약서는 당초 양도소득세 신고․납부 및 그에 대한 경정청구와 처분청의 환급 결정 당시에는 제출되지 않았다가 그 이후 부동산실명법상 과징금 처분과 관련하여 청구인이 지방자치단체장에게 제출한 것을 조사관서가 확인한 것으로 청구인의 경정청구에 대한 처분청의 환급 결정시 처분청이 쟁점계약서의 존재에도 불구하고 환산가액을 적용하는 것이 타당하다고 판단한 것으로 보이지도 아니하므로 쟁점토지의 실제거래가액을 쟁점취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련법령

(1) 소득세법

제97조 (양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목 이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 제1항 제1호 가목 본문을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

제100조 (양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조 (양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」제10조 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액( 「법인세법」제16조 제1항제 5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3.「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조제1항제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2 (추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액