주식회사 센트럴시티 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 한위수 외 1인)

반포세무서장

2013. 5. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에게 한, ① 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과 ② 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 법인세 774,158,470원(가산세 포함)의 부과처분, 2009 사업연도 법인세 1,384,456,880원(가산세 포함)의 부과처분 중 858,568,880원, 2010 사업연도 법인세 886,103,320원(가산세 포함)의 부과처분 중 406,014,320원을 초과하는 부분, 2008년 제1기분 부가가치세 54,961,450원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 (등기이사 겸 이사회의장이고, 38.1%의 주식을 보유한) 소외 1에게 아래 〈표1〉 기재와 같이 성과상여금을 지급하였다. 원고는 (원고로부터 33.3%를 출자받고, 터미널관리를 위탁받은) 주식회사 비앤에스디포(변경전 상호: 비앤에스맨파워, 이하 ‘비앤’이라 한다)에게 2008년 상반기 임금인상분 및 손실 보전 명목으로 용역비 599,550,000원을 지급하였다.

나. 피고는 원고에게 “소외 1의 성과상여금은 지급기준 없이 지급된 잉여금 처분이다. 비앤의 용역비는 용역 제공과 무관한 자금지원의 부당행위이다.”는 이유로, 각 손금불산입하고, 비앤의 용역비를 매입세액 불공제하여, ① 2012. 3. 2. 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함), ② 2012. 4. 2. 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 774,158,470원(가산세 포함), 2009 사업연도 법인세 1,384,456,880원, 2010 사업연도 법인세 886,103,320원(가산세 포함), 2008년 제1기분 부가가치세 54,961,450원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2012. 5. 15. 심사청구를 제기하였으나, 2012. 7. 20. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 세무조사의 위법성에 관하여

(가) 중복조사 및 예외적 허용사유에 관하여

2006 사업연도 및 2007 사업연도에 소외 1에게 지급된 성과상여금은 중복조사되었고, 중복조사의 예외적 허용사유에 해당하지 아니하므로, 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

(나) 조사범위확대통지에 관하여

(중복조사의 예외적 허용사유에 해당한다 하더라도) 2006 사업연도로 조사범위를 확대하면서 확대사유와 범위를 통지하지 아니하였으므로, 2006 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

(2) 성과상여금에 관하여

이익처분이 아니라 이사회결의에서 정해진 급여지급기준에 따라 지급된 점, 소외 1의 경영성과를 반영한 점, 소외 1은 지배주주가 아닌 점 등을 고려할 때, 성과상여금 전액을 손금산입하여야 하는데도, 이익처분에 의한 상여임을 전제로 전액 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 위법하다.

(3) 용역비에 관하여

① 계약상 인건비를 비롯한 공과잡비를 부담하고, 기업이윤보장을 위하여 손실을 보전해 줄 의무가 있으므로, 용역비는 임금협상 지연에 따른 임금인상분 및 누적된 손실 중 일부를 보전한 것이고, ② (계약상 의무가 없더라도) 인건비 증가분 보전은 인력파견 및 관리업체의 일반적인 거래관행인 점, 비앤의 용역은 원고의 사업수행에 필수적인 점, 임금 인상이나 물가 상승으로 비용 지출이 늘었는데도, 낮은 요율의 용역비를 정액으로 지급받았기 때문에 비앤의 누적손실이 발생한 점, 손실보전액은 과거에 적게 지급하였던 용역비를 물가 상승 및 임금 인상 수준에 맞추어 지급한 것이므로 매년 실비정산한 것과 동일한 점, 비앤의 노동조합에서 노동쟁의를 할 경우 발생하는 추가비용(원고의 사업 방해, 다른 용역업체를 물색하거나 직접 용역을 수행함에 따른 거래비용), 비앤이 파산할 경우 출자자로서의 손실 뿐만 아니라 원고의 영업에 큰 타격이 발생하는 점 등을 고려할 때, 누적손실 중 일부를 보전한 것에 경제적 합리성이 있으므로, 용역비 지급이 용역 제공과 무관한 특수관계인에 대한 자금지원의 부당행위임을 전제로 손금불산입하고 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분과 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 세무조사 관련

(가) ① 원고는 2008. 7. 3. 서울지방국세청장으로부터 아래와 같이 세무조사 사전통지를 받았다(이하 ‘1차조사’라 한다). 이에 첨부된 ‘세무조사 준비사항 안내’에 2003년 이후 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 제출하도록 되어 있다.

② 원고는 2008. 8. 4. 서울지방국세청장으로부터 1차조사결과통지를 받았는데, 이에 첨부된 조사항목별 적출내역은 아래 〈표2〉 기재와 같다.

* ‘부가가치세’의 사업연도별 상단은 상반기, 하단은 하반기

③ 원고가 이 법원에 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 아래와 같이 기재되어 있다.

(나) ① 서울지방국세청창은 원고에게, 2007 사업연도 내지 2010 사업연도 법인제세 통합조사 사전통지 후(이하 ‘2차조사’라 한다), 2012. 2. 14. 아래와 같이 조사범위확대통지를 하고, 원고로부터 수령증을 교부받았다.

② 원고는 2012. 3. 14. 서울지방국세청장으로부터 2차조사결과통지를 받았다.

(다) 소외 2는 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(2) 성과상여금 관련

(가) 임원 성과상여금 지급내역

원고가 임원에게 지급한 성과상여금은 아래 〈표3〉 기재와 같다.

(나) 주주현황

2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 원고의 주주현황은 아래 〈표4〉 기재와 같다. 소외 1 지분을 제외한 나머지 지분의 소유자는 통일교 관련 단체이다(이하 ‘Meteor Limited, Winova JV Ltd., Great River Technology Ltd., Intersian Digital Technology Ltd.’를 통일교 관련 단체’라 한다).

(다) 대주주별 지급내역

원고가 소외 1에게 지급한 성과상여금, 통일교 관련 단체에 지급한 기부금 및 광고선전비는 아래 〈표5〉 기재와 같다.

(라) 임원 성과상여금 등 지급근거

1) 원고의 정관 제35조 제1항은 “전체 임원의 보수한도는 주주총회의 결의로서 정하고, 개별 임원의 보수는 이사회 의결로 정한다”고, 원고의 이사회운영규정 제15조는 “이사회의 결의를 거쳐야 할 사항 중 법령 또는 정관에 정한 것을 제외하고는 이사회의 결의로써 대표이사에게 그 결정을 위임할 수 있다”고 각 규정하고 있다.

2) 원고의 이사회는 2005. 11. 8. “소외 1은 창업주로서 건물을 분양하지 않고 임대시설로 유지하여 지속적인 수익가능모델을 만드는 데 일익한 점, 수익의 큰 부분을 차지하는 신세계백화점과 메리어트호텔 유치, 신세계백화점 임대면적 추가제공 및 수수료율 인상으로 인한 수익구조 개선 등의 장기적·지속적인 손익개선에 크게 기여한 점, 이사회 의장으로서 주도적으로 자금조달시 금리인하 유도, 지방세 절세방안 제시 등 경영상 업적이 지대한 점을 감안하여, 당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 및 금액 등은 원고의 여건, 자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다.”고 결의하였다.

3) 원고의 주주총회 및 이사회는 전체 임원 성과상여금의 한도만을 정하고, 이사회는 그 집행시기, 대상, 배분 기준을 대표이사에게 위임하였다.

4) 원고의 주주총회 및 이사회에서 아래 〈표6〉 기재와 같이 임원의 보수 및 성과상여금, 기부금에 관하여 결의하였다.

5) 원고의 내부문서인 ‘사별성과급지급현황’에 2006 사업연도 및 2007 사업연도 소외 1 성과상여금 지급기준은 지분율로 기재되어 있다. 원고의 경영기획팀에서 기안한 2008. 3. 27.자 ‘기부금/성과급 한도 설정 검토’에 아래와 같이 기재되어 있다.

6) 원고의 내부문서인 ‘대주주 주식수 및 성과·기부금 배분율’에 아래와 같이 기재되어 있다.

7) 원고는 기부금 및 성과상여금 지출내역을 함께 집계·관리하였다.

(마) 원고의 재무현황

1) 원고의 사업장인 서울 서초구 반포동 소재 서울고속버스터미널에 신세계백화점 및 메리어트호텔을 유치함에 따른 당기순이익은 아래 〈표7〉 기재와 같다.

2) 원고는 2004 사업연도부터 순이익이 발생되었고, 주주들에게 2011. 2.경 595억 원, 2012. 2.경 375억 원을 현금배당하였다.

(바) 소외 1의 급여

원고가 소외 1에게 지급한 급여내역(상여금은 없다)은 아래 〈표8〉 기재와 같다.

(사) 소외 2 등 진술

1) 소외 2는 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 2는 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

2) 소외 14는 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

(3) 용역비 관련

(가) 원고는 비앤과 아래 〈표9〉 기재와 같이 ‘리무진버스운행용역계약’ 및 ‘터미널관리운영도급계약’을 체결하였다.

(나) ‘리무진버스운행용역계약’ 및 ‘터미널관리운영도급계약’의 각 내용은 아래와 같다.

(다) 비앤은 2008. 4. 16. 원고에게 아래와 같이 공문을 발송하였다.

(라) 원고의 2008. 6. 24.자 ‘결손금 보전계획서’에 아래와 같이 기재되어 있다.

(마) 원고는 2008. 6. 30. 비앤으로부터 “품목: 2008년도 매표대행용역비 소급분, 공급가액: 599,550,000원, 부가가치세액: 59,955,000원”으로 기재된 세금계산서를 교부받았다.

(바) 비앤의 수입금액 및 순이익 현황은 아래 〈표10〉 기재와 같다.

(사) 원고는 2012. 7. 31. 주식회사 하얀이앤씨와 아래와 같이 ‘센트럴시티 오/중수 처리시설 관리대행도급계약’을 체결하였다.

원고는 2012년경 상호불상의 회사(이하 ‘수탁회사’라 한다)와 아래와 같이 ‘미화관리도급계약’을 체결하였다.

[인정근거] 갑 제3 내지 15호증, 을 제3 내지 28호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 소외 2의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세무조사의 위법성에 관하여

(가) 중복조사 및 예외적 허용사유에 관하여

1) 중복조사의 해당성

국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3 은 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하고 있는 점, 국세기본법 제81조의11 은 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 경우[ 동 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의12 는 ① 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, ② 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급히 조사할 필요가 있거나 혐의 내용이 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에만 한정되어 그와 관련된 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, ③ 그 밖에 세무조사의 효율성, 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우로 한정하고 있다]를 제외하고는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 정하고 있는 점, 국세기본법 제81조의4 제2항 은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 “① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, ② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, ③ 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, ④ 제65조 제1항 제3호 에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우, ⑤ 그 밖에 제1호 부터 제4호 까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우”에만 재조사를 할 수 있다고 제한한 점 등을 고려할 때, 세무조사는 통합조사를 하여야 하고, 예외적으로 특정 세목만을 조사할 수 있으며, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 법에서 정한 예외적 사유가 있어야만 재조사를 할 수 있다.

나아가 특정 세목 중 일부 항목에 관하여 조사를 한 경우 나머지 항목에 관하여 재조사할 수 있는지에 관하여 보건대, 세무조사 과정에는 필연적으로 납세자에 대한 어느 정도의 권리침해가 수반되므로, 가급적 이를 제한할 필요가 있는 점, 국세기본법은 “통합조사를 원칙으로 하고, 특정 세목만을 조사하지 못한다”고 규정하고 있는데, 이는 조사로 인한 납세자의 권리침해를 방지하기 위한 규정인 점, 만일 같은 세목이라 하더라도 항목별로 아무런 제한 없이 재조사할 수 있다고 해석한다면, 재조사를 제한한 국세기본법 제81조의4 제2항 을 무력화하는 효과가 발생하는 점, 국세기본법 제81조의4 제2항 에 의한 사유가 있다면 재조사를 할 수 있으므로, 같은 세목 중 일부 항목에 대한 조사 후에도 재조사를 할 수 없다고 하더라도 조세포탈 등에 관하여 대처할 수 있는 점 등을 고려할 때, 같은 세목인 법인세 중 일부 항목에 관하여 조사를 한 경우에도 “ 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 정한 예외적 사유가 없는 한 재조사를 할 수 없다”고 해석함이 타당하다(조사사무처리규정 제12조 제3항도 국세기본법 제81조의4 제2항 에 의하여 재조사를 할 경우 이미 실시한 조사부분을 제외하는 취지로 해석할 수 있으므로, 이러한 해석이 조사사무처리규정과 반하는 것도 아니다).

이 사건으로 돌아와 보건대, 위 인정사실에 의하면 1차조사에서 2003 사업연도 이후 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 제출한 점, 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 임원 보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정을 제출한 것으로 기재되어 있는 점, 이에 부합하는 소외 2의 진술이 있는 점, 1차조사에서 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 점, 2차조사에서 2006 사업연도 부분조사 및 2007 사업연도 전부조사를 조사한 점 등을 고려할 때, 중복조사에 해당한다.

2) 예외적 허용사유의 해당성

국세기본법 제81조의4 제2항 제3호 에 의하면, ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’ 같은 세목 및 같은 과세기간에 관하여 재조사를 할 수 있는바, 단일한 원인행위로부터 파생하여 매년 발생하는 비용에 대한 세무조정은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다.

이 사건으로 돌아와 보건대, 뒤에서 보는 바와 같이 소외 1의 성과상여금은 2005. 11. 8.자 이사회결의에 따라 급여지급기준 없이 소외 1의 지분율에 따라 지급된 점, 소외 1이 성과상여금을 지급받는 기간 동안 소외 1의 지분율에 변동이 없었던 점 등을 고려할 때, 소외 1의 성과상여금은 매년 동일한 원인으로 지급되었고, 이는 ‘2개 이상의 과세연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다

(나) 조사범위확대통지에 관하여

피고는 2012. 2. 14. 원고에게 “2006 사업연도를 부분조사한다”는 조사범위확대통지를 하였고, 원고로부터 수령증을 교부받았으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 성과상여금에 관하여

(가) 주식회사의 자본은 자본금과 잉여금으로 구분되는데, 잉여금은 일정시점에서 자본금을 초과하는 자기자본 초과액을 의미한다. 잉여금은 (주식의 납입, 환급 자본 수정 등 자본거래로 발생하는) 자본잉여금과 (기업의 경상적인 영업활동, 고정자산의 처분, 그밖의 자산의 처분 및 기타 임시적인 손익거래에서 발생하는) 이익잉여금으로, 이익잉여금은 미처분이익잉여금(세금공제 후의 당기순이익에서 임의적립금·특별충당금을 차감하고 전기이월액을 가산한 금액)과 처분필이익잉여금(특정 및 일반목적을 위하여 미처분이익에서 유보된 금액으로 적립금이라고도 한다)으로 각 분류된다. 한편 이익처분이란 회사가 미처분이익잉여금에 임의적립금이입액(전기 이전에 적립하여 둔 미사용분으로서 다시 잉여금으로 돌려놓은 금액)을 가산한 금액을 주주총회의 결의에 의해 처분하는 것을 말한다. 이익처분항목에는 사외유출항목으로서 배당금·임원상여금 등이 있고, 사내유보항목으로서 이익준비금·임의적립금·차기이월이익잉여금 등이 있다.

따라서 이익처분은 잉여금 처분이고, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항 은 잉여금 처분을 손금에서 제외하고 있으므로, 동 시행령 제43조 제1항 은 “이익처분에 의한 상여금을 손금불산입한다”고 규정하고 있다. 그런데 임원은 상여지급의 결정권을 갖고 있으므로, 이들에게 지급한 상여는 잉여금 처분으로서 본래적 의미의 상여인 경우가 많고, 잉여금 처분의 상여인지, 아니면 잉여금 처분이 아닌 상여인지를 구분하기 곤란하므로, 동 시행령 제43조 제2항 은 정관·주주총회 또는 사원총회나 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금에 한하여 손금으로 인정하고 있다. 따라서 잉여금 처분에 의하지 아니하고 급여지급기준 없이 지급된 상여라도, 실질이 잉여금 처분의 상여라면 손금불산입하는 것이 과세형평 및 실질과세의 원칙에 부합한다.

나아가 동 시행령(2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세는 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 나머지 사업연도 법인세는 위 대통령령으로 개정된 것) 제43조 제3항 은 과세관청으로 하여금 정당사유 또는 ‘동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급한 금액의 범위’만을 입증함으로써 손쉽게 손금불산입할 수 있도록 한 규정인 점, 제4항 은 부당행위계산부인의 범위를 제외한다는 일반 규정을 그대로 확인하는 의미밖에 없는 점 등을 고려할 때, (지배주주 등인지, 상근, 비상근인지를 불문하고) 임원에게 잉여금 처분에 의하지 아니하고 급여지급기준 없이 지급된 상여라도 실질이 잉여금 처분의 상여라면 상여금 전부를 손금불입하여야 한다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 급여지급기준: 주주총회 및 이사회는 임원보수한도만을 정한 점, 주주총회나 이사회에서 정한 임원보수한도액을 급여지급기준이라고 한다면 지배주주에 의한 이익처분을 허용하는 결과가 되어 법인세법 시행령 제43조 제1항 의 규정을 무력화하게 되는 점, 이사회는 대표이사에게 상여금의 개별적·구체적인 지급기준이나 성과평가방법을 정함이 없이 지급을 위임한 점, 구체적인 지급사유나 성과평가에 관한 근거자료 없이 이사회결의로 지급액만 의결하거나 대표이사의 결정만으로 혹은 지급결정 없이 임의로 지급된 점 등을 고려할 때, 급여지급기준이 없는 경우에 해당하고, ② 소외 1의 공로: 소외 1이 경영에서 물러난 후 흑자법인으로 된 점, 소외 1의 경영성과를 뒷받침할 만한 자료가 없는 점 등을 고려할 때, 원고의 성장과 수익창출이 소외 1의 능력만으로 발생하였다고 단정할 수 없고, ③ 배분방식: 소외 1의 성과상여금, 통일교 관련 단체 기부금 및 광고선전비 한도를 대주주 지분율에 근거하여 함께 검토·책정하고, 이를 이사회결의로 확정하였으며, 그 지출내역을 연도별로 함께 관리한 점, 지분율과 성과상여금 지급비율의 일부 차이는 소외 1과 지배주주의 상호양해에 의하여 용인된 점 등을 고려할 때, 대주주간 이익배분을 도모하기 위하여 지분율에 따라 성과상여금을 지급하였다고 봄이 타당하고, ④ 지급의 특성: 당기순이익 발생연도에만 지급된 점, 당기순이익은 주주총회를 거쳐 이익잉여금으로 대체되는 항목인 점, 2010 사업연도까지 성과상여금 이외에 소외 1에게 배당이 이루어지지 않은 점, 원고의 성과상여금 중 90%는 소외 1에게 지급된 점 등을 고려할 때, 성과상여금은 잉여금 처분의 상여에 해당한다.

따라서 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 적법하다.

(3) 용역비에 관하여

(가) 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 동 시행령(2006 사업연도 법인세는 2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 2007 사업연도 법인세는 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 2008 사업연도 법인세는 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 2009 사업연도 및 2010 사업연도 법인세는 2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호 에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고, 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여, 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다( 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 참조).

한편 부가가치세 제17조 제1항 에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액이고, 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대한 세액이다. 따라서 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입과 무관한 지출에 대한 세액은 매입세액에 해당하지 않으므로, 매입세액으로 공제하여서는 아니된다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 계약내용: 비앤과의 계약상 용역비는 정액이고, 용역비 변경은 사전에 서면합의에 의하며, 용역비에 가산되는 기업이윤의 지급기준은 별도합의하도록 되어 있는 점, 용역비 변경에 관한 사전 서면합의나 용역비에 가산되는 기업이윤의 지급기준이 없는 점, ”누적 결손금을 보전하여 달라“는 비앤의 요청을 받고 지급된 점 등을 고려할 때, 용역비 변경이 아니라 누적 결손금을 보전하여 준 것인데, 누적 결손금 보전은 계약상 의무가 아니고, ② 사회통념: 기업은 최대한 이윤창출을 위하여 통상 제3자와의 거래에서 매출가액을 최대한 높게, 원가를 최대한 낮게 책정하는 것이 일반적이므로, 거래상대방의 결손금 보전은 이례적이고, ③ 상관행: 원고가 제3자와 체결한 용역계약상 용역내용을 변경, 추가하거나 용역의 전부나 일부를 중지하는 등의 사유로 계약금액이 증감되거나, 물가변동 등의 불가항력적인 사유로 추가비용이 발생하는 경우 상호합의로 장래에 향하여 계약금액을 조정하거나 추가비용을 부담하도록 되어 있으므로, 용역제공과 무관하게 결손금 보전목적으로 자금지원한 행위는 상관행이라고 볼 수 없다.

따라서 비앤의 용역비는 부당행위에 해당하므로, 손금불산입하거나 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]