조심 2015부0502 (2015.12.23)

법인

경정

기계장치의 하중에 의한 지반침하와 균열 및 기계 가동시의 진동을 방지하기 위하여 특별히 실시한 토목공사비는 기계장치의 취득원가로 보는 것이 합리적이고, 기계장치 가동에 소요된 전력사용량 비중이 총 사용량의 98%에 이르는 등 전기시설은 건물의 부대설비라기 보다는 기계장치 가동에 필수적으로 소요되는 전기를 공급하기 위한 장치로 보이는 점 등에 비추어 쟁점 토목공사비, 전기공사비 등을 전부 건축물의 취득 가액으로 분류하여 과세한 처분은 잘못이 있음

조세특례제한법 제26조 / 조세특례제한법 시행령제23조 / 법인세법 제24조 / 법인세법 제26조 / 국제조세조정에관한법률 제4조

조심2008서1588

조심2020부0542

OOO이 2014.9.12. 청구법인에게 한 법인세 2009사업연도분 OOO원의 부과처분, 농어촌특별세 2011사업연도분 OOO원의 환급처분 및 OOO에 대한 합계 OOO원(2009사업연도분 OOO원)의 이전소득금액통지처분은

1. 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 OOO 신축공사와 관련한 토목공사비 OOO원과 OOO의 취득가액 OOO원을 기계장치의 각 취득가액으로 하여 감가상각비 한도초과액을 재계산하고, 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제를 각 적용하며, 청구법인의 국외특수관계자 OOO에 대한 이전소득금액 OOO원)을 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 동 이전소득금액통지처분을 취소하며,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.2.14. 설립(2007.2.14. 및 2015.3.25. 상호 변경)되어 OOO 제품의 생산 및 판매업을 영위하는 법인으로 2009년에 미래 성장동력 확보를 위해 OOO 및 60톤 전기로 설치를 주축으로 하는 OOO의 신축 및 설비투자와 관련한 공사를 착공하여 2012년에 완공하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.6.9.부터 2014. 8.4.까지 기간 동안 청구법인에 대해 법인세통합조사를 실시하고 청구법인이 2009～2012사업연도 중 사업장 내 OOO 신축 및 설비투자에 아래 ＜표1＞과 같이 OOO원을 지출하고 기계장치OOO의 취득가액으로 하여 감가상각비 계상, 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제 금액을 산정하여 법인세를 신고한데 대하여,

1) 토목공사비 중 기계장치비OOO원(이하 “쟁점전기공사비”라 한다), 부대비용 OOO원을 건물의 취득원가로 보아 감가상각비 한도초과액 OOO을 손금불산입하고, ｢조세특례제한법｣상 임시투자세액공제 및 고용창출세액공제의 적용을 배제하였으며,

2) OOO 생산 과정에서 제품의 성분함량 및 품질을 분석하기 위해 2011년에 지출한 OOO를 합하여 이하 “쟁점성분분석기”라 한다)의 취득가액 OOO원을 ｢법인세법 시행규칙｣ [별표 5] 제1호의 “기구 및 비품”에 해당되는 것으로 보아 임시투자세액공제 및 고용창출세액공제 적용을 배제하여 위1)의 세액공제 배제액과 합하여 2011사업연도 OOO원의 세액공제액을 부인하였으며,

3) 청구법인이 2009～2013사업연도 중 국고보조금(현금)과 청구법인 부담금(현금+현물)으로 국책연구과제를 수행하는 과정에서 발생한 비용 중 현물지출액 OOO원(이하 “쟁점인건비 등”이라 한다)을 개발비로서 무형자산에 해당되는 것으로 보아 즉시상각의제 및 감가상각시부인을 통해 아래 ＜표2＞와 같이 한도초과액을 손금불산입하였고(부족액은 손금산입),

4) 청구법인이 국외특수관계자인 OOO에게 2009～2013사업연도 중 정상가격보다 낮은 가격으로 제품을 판매한 것으로 보아 아래 ＜표3＞과 같이 산정한 OOO원의 이전소득금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금산입 및 이전소득금액변동통지 하였으며,

5) 청구법인의 OOO”라 한다)의 설립 이전에 사업계획서 작성, 협상 등의 투자업무(이하 “쟁점투자업무”라 한다)에 종사한 임직원에 대한 인건비, 출장항공비 등의 계상액 2009사업연도 OOO원을 창업비로 보아 그 대가를 미수취하였다 하여 익금에 산입하였고,

6) OOO 공장 시운전 지원 및 조업표준구축을 통한 기술이전 용역료 상당액 OOO원(이하 “쟁점기술이전대가”라 한다)을 익금산입하는 등의 적출내역을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.9.12. 청구법인에게 아래 ＜표4＞와 같이 각 법인세의 경정․고지 및 이전소득금액통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청이 건물가액으로 재분류한 공사비(토목공사비, 전기공사비, 부대비용) 중 일부는 기계장치에 필수적으로 부수되는 공사로서 기계장치 취득원가로 분류하여 감가상각되어야 하고, 해당 금액은 임시투자세액공제 및 고용창출세액공제 대상이다.

(가) 처분청이 건물의 취득원가로 재분류한 토목공사비 OOO원(이하 “쟁점토목공사비”라 한다)은 OOO를 위한 고중량 기계장치의 하중에 의한 지반침하와 균열을 방지하고, 기계 가동시 기계장치의 진동을 최대한 막아주기 위한 기초공사비로서, 해당 공사를 실시하지 아니할 경우 기계장치가 생산설비로서의 정상적인 기능을 발휘할 수 없게 되는바, 기계장치의 정상적인 가동에 필수적인 기초공사로서 해당 기계와 구조, 용도 및 수명을 같이하고, 기계의 사용목적이 종료된 후에는 타 용도에 사용이 불가능한 것이므로 쟁점토목공사비를 건물의 취득원가로 분류하여 감가상각비를 시부인하고, 임시투자세액공제 적용을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

(나) 처분청이 건물로 분류한 쟁점전기공사비는 철강제조 시 막대한 양의 전력이 소요되어 수만볼트의 고전압을 사용하여야 하는 철강 제조용 기계장치 가동을 위해 특별히 실시된 공사비로 일반적인 범용성 있는 220볼트의 전기장치를 사용하기 위한 건물용 전기공사와는 그 성격이 확연히 다르고, 공장 내의 전기로 등 기계장치가 설치되지 않을 경우 실시할 필요가 없는 공사이며, 청구법인의 OOO의 전력사용량의 98% 이상이 기계장치의 가동을 위하여 사용되는 것인바, 쟁점전기공사비는 건물로서의 가치를 증가시킨 것이 아닌 기계장치의 가치가 증가된 것으로 봄이 타당하고, ｢법인세법 시행규칙｣【별표 5】2의 단서에 따라 전기설비를 건물과 구분하여 업종별 자산으로 회계처리 하는 경우에 해당하므로 기계장치로 보아 업종별 자산의 내용연수를 적용한 것은 경제적 실질을 반영한 정당한 것으로 전기공사비를 건물의 취득원가로 분류하여 감가상각비를 시부인하고, 임시투자세액공제 등의 적용을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

(다) 부대비용은 토목공사비, 전기공사비 등의 건물 및 기계장치 분류금액에 따라 배분되는 공사비로서 쟁점토목공사비 및 쟁점전기공사비를 기계장치의 취득원가로 분류하여야 하므로 처분청이 건물 취득원가로 재분류한 부대비용 OOO원(이하 “쟁점부대비용”이라 하고, 쟁점토목공사비, 쟁점전기공사비, 쟁점부대비용을 합하여 “쟁점공사비”라 한다)은 기계장치의 취득원가에 포함하여야 한다.

(2) 쟁점성분분석기는 주문 제작이라는 청구법인의 특성상 제품생산 방식에 필연적으로 설치해야 하는 것으로 비록 생산설비에 고정되어 설치되어 있지는 아니하지만 OOO 생산과정에서의 1,600℃가 넘는 고열 및 강한 진동발생이라는 특수성에 기인한 것으로서 제강설비와 기송관을 통하여 유기적으로 연결된 바, 다른 생산설비와 함께 유기적으로 결합되어 제품생산에 필수적인 역할을 하는 성분분석기는 사업용 자산으로 보아야 할 것인데도 쟁점성분분석기가 기구와 비품에 해당되는 것으로 보아 임시투자세액공제 등의 적용을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

(3) 쟁점인건비 등은 기업회계기준상 자산인식 요건을 충족하지 못하여 당기비용으로 처리한 것으로서 무형자산에 해당하지 않는다.

｢법인세법｣상 개발비는 ‘당해 법인이 개발비로 계상한 것’에 한정하고 있는 것으로, 기업회계기준상 개발비로 계상하지 않은 금액을 현행 ｢법인세법｣상 임의로 개발비로 처리하는 것은 불가하고, 쟁점인건비 등은 기업회계기준상 각 과제별 비용을 신뢰성 있게 구분할 수 없으므로 무형자산 인식기준을 충족하지 못하는 것으로 판단하여 당기 비용으로 처리한 것이며, 이에 대하여 외부감사인인 OOO 역시 청구법인의 회계처리가 적정하다고 확인하였고, 처분청이 과세근거로 제시한 유권해석(국세청 법규과-667, 2011.5.27.)은 일반 납세자에게 비공개 상태의 문서로서 법령에 근거가 없는 해석일 뿐만 아니라, 동 유권해석 생산 이후 개정된 ｢법인세법 집행기준｣ 23-26-7 【개발비의 감가상각】(2014.11.30. 개정)에서도 개발비에 해당하더라도 자산으로 처리하지 않은 경우에는 당해 비용으로 처리하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 쟁점인건비 등에 대한 세무처리는 정당하다.

(4) 처분청이 산정한 정상가격은 법적 근거가 없을 뿐만 아니라 그 산출과정에서도 제3자 비교대상 선정, 평균값 산출방식, 일방적 증액 경정 등 비합리적이고 부당한 방식이 적용되었음이 명백하고, 청구법인이 OOO와 거래한 가격은 정상가격범위 내에 있다.

(가) 처분청은 ｢국제조세조정에 관한 법률｣(이하 “국조법”이라 한다) 제5조 제1항 제6호의 ‘기타 합리적이라고 인정되는 방법’을 적용하여 이 건 과세하였으나, 위 방법은 국조법에 명시된 5가지 정상가격산출방법을 적용할 수 없는 경우에만 보충적으로 적용되는 방법으로서(제5조 제1항 단서) 청구법인과 OOO 간의 거래에는 거래순이익률방법(OOO)을 적용할 수 있는바, OOO의 5년(2009년～2013년) 가중평균 OOO는 1.22로서 비교가능회사들(1.26～1.45)보다 낮은 것으로 나타나 OOO에 판매한 제품은 정상가격범위 내에 있다.

(나) 처분청의 이전소득금액 산정방법이 국조법에 따른 정당한 방법이라고 하더라도 다음과 같은 사유로 부당하게 산정되었다.

1) 처분청은 최종 수요지가 동일한 지역의 비특수관계 회사와의 거래분을 비교가능거래로 선정하였다고 주장하나 2012년 비교가능거래로 선정한 OOO의 경우 OOO의 최종 수요지는 중국인 반면, 처분청이 비교가능회사로 선정한 OOO 주식회사의 최종 수요지는 OOO으로 처분청의 주장이 사실과 다르고, 또한 처분청은 OOO 주식회사의 경우 2012년과 동일한 비교가능거래가 2013년에 존재함에도 불구하고, 2013년은 비교가능거래로 선정하지 않았는바, 이는 비교가능회사를 자의적으로 선정한 사실을 반증하는 것이다.

2) 처분청은 선재 제품의 비교가능거래로 5개의 OOO을 선정하여 이 건 이전소득금액을 산정하였는바, 증액경정이 발생한 과세연도는 모두 비교대상 거래로 선정하고서도 감액경정이 발생한 연도는 모두 비교대상 거래로 선정하지 않았는바, 처분청의 과세방법을 그대로 인정하더라도 정상가격에 미달하는 사업연도와 초과하는 사업연도가 함께 있는 경우 정상가격에 미달하는 사업연도에 대하여만 익금산입하는 것은 부당하고 정상가격을 초과하는 사업연도에 대해서도 익금불산입을 하는 것이 타당하다는 취지의 선결정례(조심 2008서1588, 2009.9.16.)에 따라 이 건 처분청이 비교가능거래의 감액경정을 반영할 경우 OOO원의 익금불산입액이 발생하게 되는바, 처분청은 이전소득금액을 부당하게 산정하여 과세한 것이다.

(5) 국조법 시행령 제6조의2에서 특수관계자 간 용역거래 인정요건으로, 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것, 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것을 규정하고 있고, OOO ｢법인세법｣ 제9조에서 생산 및 사업활동과 관련하여 실제로 지급되고, 법률에 규정된 바에 따라 적절한 청구서 및 증빙서류가 구비되어야 OOO 법인의 손금으로 인정되며, OECD Guidelines 7.9항에 모회사가 제공한 용역의 성격이 주주활동에 해당하는 경우 자회사에게 관련 비용을 청구할 수 없다고 규정하고 있는바, 청구법인이 OOO설립 전에 진행한 쟁점투자업무는 설립되지도 않았던 OOO가 약정을 체결할 수도 없었고, 증빙서류를 구비하여 청구서를 받을 수도 없었으며, 실제로 지급한 비용도 아닌 점, 청구법인의 자회사 투자허가를 받기 위한 것이지 OOO의 생산 및 사업활동에 관련된 비용이 아닌 점, 쟁점투자업무는 주주활동에 해당하는 것으로 보아야 할 것인 점 등에 비추어 OOO를 위한 용역제공으로 볼 수 없다.

(6) 청구법인이 2013년 T/F로 운영한 OOO은 국내에서 진행된 것으로 청구법인의 생산공정을 체계화하고 표준화하기 위한 품질관리 업무로서 그 편익은 청구법인이 취하였고, 이는 청구법인과 OOO는 생산제품 종류, 제조설비, 인프라 등 제반 조건에도 상당한 차이가 있어 동 OOO에서 수행한 업무에 따라 청구법인이 국내에서 시행 중인 품질관리 시스템을 정리하여 표준화하더라도 OOO에게 직접적인 편익은 없으며, 설령, 조업체계화업무가 청구법인 임직원들이 한국과 OOO에서 OOO를 위하여 진행한 용역제공과 어느 정도 관련성이 있다 하더라도 용역 준비행위로서의 부수적인 편익이 있더라도 직접적인 편익이 없는 이상 OOO를 위한 용역제공으로 볼 수는 없고, OOO가 구체적인 편익을 얻으려면 청구법인의 용역제공 행위에 의하여 청구법인의 품질관리 시스템이 OOO의 생산설비 및 관리과정에 맞게 수정·반영되어야 할 것인 바, 청구법인은 OOO에 맞는 품질관리 시스템 구축을 위하여 다수의 엔지니어들을 OOO에 파견하여 용역을 제공하였고, 현지 제공 용역에 대해서는 처분청에서 별도로 과세한바 있다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 OOO 신축 공사비 세부내역에 대해 검토하여 이 중 기계장치에 직접 관련되는 공사비를 청구법인 담당자의 의견 등에 따라 합리적인 근거로 재분류하여 감가상각비시부인, 임시투자세액공제 및 고용창출세액공제 적용대상 금액을 재산정하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인이 신축한 OOO은 높이 30여미터, 건축면적 22,871㎡, 건물정착면적 3,266㎡, 기계구축물 정착면적 11,148㎡로 주로 대형 H빔이 건물의 기둥을 유지하는 철골구조의 대형건물로서 전체 건축면적(22,871㎡) 대비 기계구축물 정착면적(11,148㎡)은 48.7%이며 이 중 청구법인의 주장과 같이 OOO 26m 깊이의 토목공사 관련 기계장치는 건축면적 대비 20% 내외로 전체 토목공사비용이 기계장치와 연계되었다는 청구주장은 타당하지 아니한바, 조사청 조사시 청구법인은 기계장치와 직접 관련된 토목공사비에 대한 합리적이고 구체적인 계산 근거를 제시하지 못하다가 시공사인 OOO 주식회사에 기계장치와 관련된 공사비의 산정을 요청하는 공문을 발송하였으나 조사 종결시까지 회신받지 못하였고, 청구법인 담당자는 구체적인 계산근거 없이 토목공사비 전체금액을 기계장치로 배분하였다는 취지의 확인서를 제출한 바 있으며, 조사청은 OOO 건설 당시 청구법인 담당자로부터 토목공사비 중 기계장치와 직접 관련된 공사비 산정을 요구하여 제시받은 자료에 따라 총 토목공사비의 32.17%에 해당하는 금액을 기계장치로 분류하고 나머지 금액은 건물 취득원가로 분류하였으며, 이에 대해 청구법인도 동 사실을 인정하는 취지의 확인서도 제출한바 있는 등 처분청은 합리적인 근거에 따라 기계장치취득원가에 해당하는 공사비를 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

(나) 전기공사비의 주내용을 보면 청구법인의 주 변전설비에서 건물까지 고압의 전기선을 포설하는 공사, 건물 외벽에 건물 내부로 인입하기 위한 변압설비의 설치공사, 기계장치에 전력을 공급하기 위해 건물 내벽에 설치되는 변압설비의 설치공사, 공장건물의 조명과 기타 엘리베이터 및 공장내부의 사무실 전력장치 등을 시공하는 내용으로 동 전기공사는 건물 신축과 관련하여 고압의 전력, 즉 어떠한 기준이 되는 전기용량을 사용할 수 있도록 설계된 공장건물로서의 가치를 증가시킨 공사이지 기계장치를 추가적으로 장착하기 위해서만 추가 시공한 내용의 기존 예규와는 사실관계가 달라 기계장치의 취득원가로 보기 어려우며, 청구법인이 향후 건물에 장착된 기계장치 매각 시 전기설비에 대한 부분도 같이 매각되는 것처럼 인식될 것이어서 위 전기공사비를 기계장치 취득원가로 회계처리하는 것은 합리성이 결여된 것이다.

(2) 쟁점성분분석기는 청구법인이 생산하는 제품의 제조과정 중 철의 용해 및 정련과정에서 니켈·크롬 등 용해액의 성분과 수소함량을 측정하는 장비인 시험기기로서 시험의 대상이 되는 용해액의 제조 공장과는 일정 거리가 떨어진 별도의 연구동에 설치되어 있는 장비로 임시투자세액공제 대상이 되지 아니하는 기구와 비품으로 분류되는 자산으로 청구법인은 쟁점성분분석기가 제강설비와 유기적으로 연결되어 있다고 주장하나 이는 고온의 용해액을 사람이 직접 연구동까지 가져오지 못하는 사유로 용해공장과 연구동 사이에 시험대상물인 용해액을 운반하는 통로(파이프)가 연결되어 있는 것에 불과하며 생산공정에 직접 연결된 센서로서 측정결과에 따라 공정이 실시간으로 제어되는 장비가 아니라 이미 생산된 결과물이 다음 공정으로 반출 내지 제품으로 출고할 수 있는 기준에 부합되는지 여부를 측정하는 장비로 다른 시험기기와 달리 볼 아무런 근거가 없으며 청구법인도 쟁점성분분석기가 기구와 비품에 해당된다는 취지의 확인서를 제출한 바도 있다.

(3) 청구법인은 현물부담분인 쟁점인건비 등의 경우 각 과제별 비용을 신뢰성 있게 구분할 수 없어 무형자산 인식기준을 충족하지 못하는 것으로 판단하였다고 주장하나, 조사청 확인결과 OOO 사업비 사용실적 보고서”에 의하면 매년 전담기관과 과제별로 사업비(현금+현물)에 대하여 정산을 하고 있고, 현물부담금은 협약서에 산정된 금액과 동일하게 집행되고 있음이 확인되었으며, 전담기관의 회계법인 소속 공인회계사가 과제 사업비(현금+현물)의 집행결과 적정여부를 검토하고 있는 사실이 확인되어 현물부담분의 각 과제별 비용이 명확히 구분되고 있으므로 쟁점인건비 등은 무형자산 인식기준을 충족하는 것으로 보아야 할 것인 점, ｢법인세법 시행령｣ 제24조에서 개발비를 “당해 법인이 개발비로 계상한 것”으로 규정하고 있어 무형자산의 인식기준을 충족한 개발비용 전체를 회사가 당기비용으로 계상할 수도 있고 무형자산으로 계상하여 감가상각비를 계상할 수도 있는 것이지 지출금액 중 일부만을 임의로 다르게 계상할 수 있다는 취지는 아니므로 이 건 청구법인은 쟁점인건비 등을 제외한 관련 개발비를 모두 무형자산으로 계상하여 감가상각을 실시하고 있으므로 쟁점인건비 등도 무형자산으로 계상하여야 할 것이므로 이 건 무형자산 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.

(4) 조사청은 국조법에서 정한 방법에 따라 산정한 정상가격보다 청구법인이 해외 특수관계법인으로부터 실제 거래한 가격이 더 낮아 이전소득금액을 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 국조법 제5조 1항에서 정상가격은 전통적 거래접근 방법인 비교가능 제3자 가격방법(CPU), 재판매가격방법(RP) 및 원가가산방법법(CP), 이익분할방법(PSM), 거래순이익률법(TNMM), 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다고 규정하고 있는바, 조사청은 다품종을 소량으로 생산하여 판매하고 있는 청구법인의 정상가격 산출방법으로, 국조법 제5조 제1항 제1호 내지 제5호 소정의 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 이익분할방법, 거래순이익률법은 적용할 수 있는 자료가 없어 부득이하게 같은 조 제1항 제6호 및 국조법 시행령 제4조 제3항의 “거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법”에 의하여 정상가격을 산정한 것이고, 청구법인에서 제출한 OOO의 청구법인 제품비중에 의하면 2009∼2013사업연도 중 청구법인의 OOO 전체 매출원가의 평균 0.5%에 불과해 OOO가 비교대상회사들이 달성한 정상가격범위를 하회한다고 해서 정상가격범위 내에 있는 것으로 보기 어렵다.

(나) 조사청의 이전소득금액 산정방법이 부당하다는 청구법인의 주장은 다음과 같은 사유로 받아들이기 어렵다.

1) 조사청은 청구법인이 제출한 매출 자료를 근거로 청구법인에서 생산·판매하고 있는 다양한 제품군을 형태·강종별로 분류하고, OOO 판매분과 동일한 형태 및 OOO을 구입하는 거래처 중 최종 수요지가 동일한 지역의 비특수관계 회사와의 거래분을 비교가능거래로 선정하여 이들의 평균판매가격을 정상가격으로 산출하였으며, 동 산출과정 및 정상가격산출 방법 등을 조사과정에서 청구법인에게 설명하고, 조사청이 제시한 정상가격산출방법에 대한 이견이 있는지와 청구법인에게 적용 가능한 합리적인 정상가격산출방법 있는지에 대하여 소명요구 하였으나 청구법인은 처분청이 제시한 정상가격 산출방법과 이전소득금액을 인정한다는 취지의 확인서도 제출한바 있어 비교대상 거래를 조사청이 자의적으로 선정하였다는 청구주장은 타당하지 않다.

2) 조사청은 청구법인이 국외특수관계자인 OOO 판매분과 동일한 형태 및 OOO을 구입하는 거래처 중 최종 수요지가 동일한 지역의 비특수관계 회사와의 거래분을 비교가능거래로 선정하고 이들의 연평균판매가격을 정상가격으로 산출하였는바, 평균값은 이미 정상가격보다 높게 판매된 가격이 조정된 것이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵고, 청구법인이 제시한 감액경정대상 OOO은 처분청이 비교대상거래로 선정한 OOO이 아니다.

(5) OOO는 2010.5.4. OOO으로부터 투자허가를 받아 2012년 6월경 공장을 착공하였고, 2014년 최초 시험가동을 실시하였으며, 2015년 2월경 공장 준공 및 사업개시 예정인바, 청구법인이 OOO가 투자허가를 받기 전에 진행한 OOO 법인설립지원 업무가 청구법인의 투자자로서의 주주활동으로 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나, 청구법인 해외출장 품의서 등 내부문서에 의하면 청구법인은 OOO이라는 T/F를 설치하고 환경영향평가 업무, 투자허가 신청, 부지임차, 법인설립 관련 업체 및 기관 미팅업무, 투자허가 승인행사 지원 등의 OOO 법인설립과 직접 관련된 업무를 수행하였으며 OOO 설립 후 T/F 소속 직원 대부분이 OOO로 파견된 것으로 확인되었는바, 위 OOO의 업무가 단순히 시장조사 비용 등의 주주활동 비용이 아닌 해외 현지법인을 설립하기 위하여 지출한 금액에 해당하므로 해외 자회사의 창업비에 해당하고, 이는 해외자회사로부터 회수하여야 할 성질의 것에 해당하는 점, 청구법인이 외부회계법인에 의뢰하여 작성한 “OOO와 국외특수관계거래에 대한 이전가격정책 수립 중간보고(2014.6.9.)”에 의하면 OOO의 인건비는 OOO 법인설립지원 용역비용으로 분류되어 있음이 확인되었으므로 관련 비용 등을 용역비로 보아 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.

(6) 청구법인은 2013년 중 OOO 공장시운전 지원 및 조업표준구축을 통한 OOO에 대한 기술이전을 위해 국내에 OOO이라는 T/F를 설치하고, OOO와 유사한 설비가 있는 5개 공장의 유사설비만을 대상으로 조업표준구축작업(이하 “조업체계화”라 한다)을 하였으며, 동 조업체계화 작업에 OOO에 파견된 직원들이 OOO에서 참석하였음이 내부 문서에 의하여 확인되었고, 글로벌 T/F 소속 직원 대부분(35명가량)이 2014년 2월 OOO 공장시운전을 위하여 OOO에 파견되었음을 확인할 수 있어 청구법인의 업무를 위한 것이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않고, 위 “OOO와 국외특수관계거래에 대한 이전가격정책 수립 중간보고(2014.6.9.)”에도 글로벌품질경영추진반의 인건비가 OOO에 대한 기술지원 용역비로 분류되어 있어 OOO에 소속된 직원에 대한 인건비에 적정이익(5.6%)을 가산하여 산정한 용역료 상당액 OOO원을 익금산입하여 과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점공사비를 기계장치의 취득원가로 보아 감가상각비 한도초과액 재계산, 임시투자세액 및 고용창출투자세액 공제를 적용할 수 있는지의 여부

② 쟁점성분분석기를 “기구 및 비품”으로 보아 임시투자세액공제 등의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

③ 쟁점인건비 등을 개발비(무형자산)로 보아 과세한 처분의 당부

④ 쟁점금액을 국외 특수관계법인과의 거래에 대한 이전소득금액으로 과세한 처분의 당부

⑤ 청구법인이 쟁점투자업무에 대한 용역제공 원가를 미수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

⑥ 청구법인이 해외 현지법인에 대한 쟁점기술이전대가를 미수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 OOO 신축공사와 관련하여 계상한 토목공사비와 부대비용에 대해 처분청이 기계장치 및 건물의 취득원가로 분류한 금액과 청구법인의 주장액은 다음과 같다.

(나) 처분청은 토목공사비의 기계장치 및 건물가액으로 분류한 근거로 조사청의 조사 당시 징구한 확인서 및 공사비 분류내역 사본을 제시하였다.

(다) 청구법인은 토목공사비 중 OOO원은 기계장치의 취득원가로 분류되어야 한다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1) 동 토목공사비의 구체적인 공사내용은 다음과 같고, 이는 기계장치를 설치하기 위한 필수공사로서 기계장치가 없다면 불필요한 공사로서 기계장치의 용량, 형상 변경 시 동일하게 변경되어야 한다는 주장이다.

2) 위 토목공사비는 주로 토공사(암반발파 및 굴착), 구체조성 및 기계연결공사로서, 고중량, 고진동의 기계설비를 설치하기 위하여 OOO을 26m 깊이까지 발파, 굴착하고, 직접 암반에 지지할 수 있도록 철근 배근, 콘크리트를 타설한 후, OOO로 이질재인 기계설비와 연결하여 기계설비의 하중을 지반에 분산, 전달하도록 하는 공사의 단면도를 제시하였다.

3) 토목공사는 해당 기계장치와 구조ㆍ용도 및 수명을 같이 하게 되고, 만약 기계장치를 폐기하고 다른 기계장치를 설치하기 위하여는 설치위치나 중량 및 가동상 발생되는 진동에 의한 영향 등이 기존의 것과 달라 별도의 설계를 통하여 기초공사를 수행한 후 기계장치를 설치하여야 하는 것이어서 순수한 건물만을 시공할 경우에는 특별히 필요하지 않은 공사이며, 해당 기계의 사용목적이 종료된 후에는 다른 용도로의 사용이 불가능한 것으로 건물자체의 구조와는 관련이 없다는 주장이다.

(라) 조사청은 조사 시 전기공사비 중 기계장치에 직접 연결되는 전기공사비의 합리적․구체적 자료를 제시할 것을 요구하였으나 이에 대한 자료를 제시하지 못하여 시공사인 OOO 주식회사에 기계장치에 관련 전기공사비를 산정해 줄 것을 공문으로 요청하였으나 이에 대한 회신이 없었고, 전기공사비는 건물의 취득원가로 분류되어야 한다는 취지의 청구법인 담당자 확인서를 제시하였다.

(마) 청구법인이 제시한 전기공사비의 공사내용은 다음과 같다.

(바) 청구법인은 위 전기공사비는 기계장치 가동에 소요되는 전력을 충당하기 위한 것의 근거로 2013년 9월부터 12월까지 기간 동안 OOO 전력사용량을 제시하였다.

(사) 청구법인이 주장하는 쟁점공사비의 연도별 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제 대상금액 지출내역은 다음과 같다.

(아) ｢조세특례제한법｣(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항에서 대통령령으로 정하는 투자를 한 경우에 일정금액을 세액공제하여 주던 임시투자세액공제 제도를 운영하다가 ｢조세특례제한법｣이 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되면서 기존 임시투자세액공제 제도를 일몰로 폐지하는 대신 지방․중소기업을 우대하여 기업의 투자를 지원하고 기업의 고용창출형 투자를 유도하기 위해 고용창출투자세액공제 제도를 도입하였는바, 위 2개 세액공제의 적용대상이 되는 대통령령으로 정하는 투자에 대해서는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제23조 제1항 제4호에서 제조업을 영위하는 내국인이 사업에 사용하기 위해 기획재정부령으로 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하는 경우를 의미하는 것으로 규정하고 있고, 여기서 기획재정부령으로 정하는 사업용 자산에 대해서는 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제3조 제1항 제1호 및 제14조에서 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산으로서 토지와 같은 법 시행규칙 [별표 1]의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다고 규정하고 있다.

또한, ｢조세특례제한법 시행규칙｣ [별표 1] 제3호 및 제4호에서 세액공제 대상 사업용 유형자산에서 제외되는 건축물 등 사업용 유형자산에 대해 제3호 및 제4호에서 건물 및 구축물을 규정하면서 제3호 및 제4호를 적용할 때 부속설비에는 해당 건물과 관련된 전기설비, 급배수․위생설비, 가스설비, 냉방․난방․통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함한다고 되어 있고, 같은 법 시행규칙 [별표 5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표에서 부속설비에 당해 건물과 관련된 전기설비를 포함하고 있으나, 후단 단서에서 부속설비를 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 회계처리하는 경우에는 [별표 6]에서 규정하고 있는 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표를 적용할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(자) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

1) 쟁점토목공사비의 경우 처분청은 건축면적 대비 기계장치 면적에 비해 기계장치 배분금액이 과다하고, 구체적인 계산근거 없이 토목공사비를 건물과 기계장치에 배분하였으므로 이 건 과세처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점토목공사비가 고중량․고진동의 기계설비 설치를 위해 OOO을 26m 깊이까지 발파․굴착하는 토공사(암반발파 및 굴착), 하중을 지지할 수 있는 암반 위에 철근을 조립하여 레미콘을 타설함으로서 기계설비 하중을 직접 받아 전달․분산하는 구체조성공사, 철근콘크리트 구체와 이질재인 기계설비를 연결하여 기계설비 하중을 구체, 암반으로 전달하기 위한 공사기계연결공사로 각 구성되어 있다는 청구주장이 신빙성이 있어 보이는 점, 위와 같은 토목공사비는 건물자체의 구조․하중․바닥과는 직접적인 관련성이 없고, 통상의 건축물 신축공사에는 불필요한 것으로 보이는 점, 기계장치의 하중에 의한 지반침하와 균열 및 기계가동시의 진동을 방지하기 위하여 특별히 실시한 토목공사비는 기계장치의 취득원가로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토목공사비를 건물의 취득가액으로 보아 재계산한 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하고, 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제의 적용을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

2) 쟁점전기공사비의 경우 처분청은 공장건물로서의 가치를 증가시킨 공사로서 기계장치를 추가적으로 장착하기 위하여 그 기계장치를 위해서만 추가 시공한 것으로 보기 어려워 건물의 취득원가에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 제시한 OOO의 2013년 9월부터 12월까지 기간 동안 총 전력사용량을 보면 기계장치 가동에 소요된 사용량 비중이 98.2% 내지 98.3%에 이르는 등 쟁점전기공사비는 건물자체의 효용가치를 증대시키거나 건물의 부대설비에 해당하는 것이라기 보다는 기계장치 가동에 필수적으로 소요되는 전기를 공급하기 위한 공사로서 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ [별표 1]에서 세액공제 대상의 사업용 유형자산에서 제외되는 해당 건물과 관련된 부속설비로 보기 어려운 점, ｢법인세법 시행규칙｣ [별표 5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용범위에 건물과 관련된 전기설비를 포함하고 있으나, 후단 단서에서 부속설비를 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 회계처리하는 경우에는 [별표 6]에서 규정하는 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수를 적용할 수 있도록 하고 있고, 청구법인이 쟁점전기공사비를 건축물과 구분하여 기계장치 취득원가로 하여 회계처리한 점, 다만, 쟁점전기공사비 중 조명공사에 소요된 OOO원은 OOO 설비 가동을 위해 필요한 조명등의 구입․설치 및 케이블 포설 공사로서 해당 공사비는 건물과 관련된 부속설비로 보이는 점 등에 비추어 쟁점전기공사비 OOO원은 기계장치의 취득가액으로 분류하여 감가상각비 시부인을 하는 한편, 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제 적용대상에 포함하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

3) 또한, 부대비용은 토목공사비, 전기공사비 등의 건물 및 기계장치 분류금액에 따라 배분되는 공사비로서 위 1), 2)에 따라 쟁점토목공사비와 쟁점전기공사비 중 기계장치 취득가액으로 분류되어야 하는 공사비 재산정 내역에 따라 재배분 하는 경우 부대비용 OOO원을 기계장치의 취득가액에 포함하여 이 건 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 조사청은 쟁점성분분석기가 ｢법인세법 시행규칙｣ [별표 5] 제1호의 “기구 및 비품”에 해당되어 임시투자세액공제 적용대상이 아니라는 의견과 함께 청구법인의 확인서를 제시하였다.

(나) 청구법인은 쟁점성분분석기는 OOO을 생산하기 위한 용해 및 정련 과정에서 니켈(Ni)ㆍ크롬(Cr) 등 용해액의 성분과 수소함량을 실시간으로 모니터링하여 제품 품질의 편차를 개선하는 고가의 정밀 검사설비로서 온도ㆍ진동ㆍ분진에 노출될 경우 정확한 계측결과를 산출하는 것이 불가능하고, OOO 가동시 평균 온도가 1,600℃를 상회하고 진동ㆍ분진이 심한 전기로에 직접 연결되어 설치될 수 없어 불가피하게 별도 시험연구동에 설치되어 제강 설비와 기송관(air- shooter pipe)을 통하여 유기적으로 연결된 검사설비로서 고객이 제품별로 요구하는 성분 함량을 충족하는 제품을 생산하기 위하여 필수적으로 설치되어야 하는 장비로 이를 설치하지 아니하는 경우 제품을 생산하더라도 OOO의 성분이 요구수준에 부합하지 않게 되어 판매가 불가하게 되는 등 제품생산에 필수장비이므로 쟁점성분분석기 취득가액은 기계장치로 분류되어야 하고, 임시투자세액공제 대상 자산으로 보아야 한다고 주장한다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 제조업을 영위하는 내국인이 다른 생산설비와 함께 유기적으로 결합되어 생산라인에 고정설치되고, 제품생산에 필수적인 역할을 하는 검사 및 측정설비는 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제3조의 사업용자산에 해당되어 임시투자세액공제를 적용할 수 있는 것으로 볼 수 있다 할 것인바, 쟁점성분분석기는 비교적 고가의 정밀 검사설비로서 범용성 있는 단순 계측기기로 보기는 어려운 점, 쟁점성분분석기는 고객이 제품별로 요구하는 성분 함량을 충족하기 위한 것으로 OOO 제강 설비와 OOO를 통하여 유기적으로 연결되어 용해 및 정련과정에서 동 분석기를 통한 분석값이 OOO에게 실시간으로 전송되고 있는 점 등에 비추어 쟁점성분분석기는 청구법인의 OOO 생산과정에서 필수적인 역할을 하는 측정설비로서 기계장치에 해당되는 것으로 보이므로 임시투자세액공제 및 고용창출세액공제를 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 OOO 협약에 따라 국고보조금과 자부담분으로 집행하는 사업비의 세부내역은 다음과 같다.

(나) 청구법인은 현물부담금인 쟁점인건비 등을 제외한 사업비는 개발비(무형자산)으로 계상하여 매년 감가상각을 실시하고 있으나, 쟁점연구비 등을 당기비용으로 계상한 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

(다) 처분청은 쟁점인건비 등 현물부담금은 협약서에 산정된 금액과 동일하게 집행되었음이 확인되었고, 전담기관의 공인회계사가 사업비(현금 및 현물부담금)의 집행결과 적정여부를 검토하고 있는 것이 확인되었다며 OOO를 제시하였고, 쟁점연구비 등이 개발비(무형자산)에 해당된다는 청구법인의 확인서를 제시하였으며, 개발비의 경우 법인이 무형자산으로 계상하여 감가상각을 실시할 것인지 아니면 발생연도의 비용으로 계상할 것인지는 선택할 수 있다는 점에 대해서는 인정하나, 동일한 사업의 개발비에 대해 특정 비용만을 임의로 다르게 회계처리할 수 없다는 의견이고, 청구법인은 쟁점인건비 등을 제외한 사업비는 개발비(무형자산)로 계상하였고, 개발비에 해당하는 쟁점인건비 등이 확인되므로 무형자산으로 감가상각을 실시하여야 한다는 의견이다.

(라) 청구법인은 쟁점인건비 등은 무형자산 인식기준을 충족하지 못한다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1) 개발과제를 진행하는 과정에서 발생하는 비용은 성격에 따라 각 개발과제에 직접 대응되는 직접비와 직접 대응되지 않으나 공통적으로 발생하는 공통비가 있으며, 기업회계기준상 관련 비용에 대한 측정기준 및 계정과목 처리는 다음과 같다.

2) 기업회계기준 제11장 무형자산 문단 20의 (6)에서는 개발과정에서 발생한 무형자산 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있어야 한다고 규정하고 있는 바, 상기 표의 인건비 등 공통비는 연구개발과정에서 발생한 비용이나 각 개발과제별로 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 없어 당기비용 처리하였던 것으로 이는 무형자산 인식기준을 충족하지 못한 것으로 보아야 할 것이고, 청구법인의 외부감사인OOO 역시 쟁점인건비 등의 회계처리가 적정하다고 하여 감사보고서상 주석으로 기재하였다는 감사보고서 주석 사본을 제시하였다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢법인세법 시행령｣ 제24조에서 개발비를 당해 법인이 개발비로 계상한 것으로 규정하고 있어 이는 무형자산의 인식기준을 충족한 개발비용 전체를 회사가 당기비용으로 계상하는 방법 또는 무형자산으로 계상하여 감가상각비를 계상하는 방법을 선택할 수 있다는 것으로 동일한 사업추진 과정에서 지출된 개발비 중 일부만 다른 방법으로 손금에 산입할 수 있다는 것으로 볼 수는 없는 점, 조사청 확인결과 OOO 사업비 사용실적 보고서”에 의하면 매년 전담기관과 과제별로 사업비(현금+현물)에 대하여 정산을 하고 있고, 현물부담금은 협약서에 산정된 금액과 동일하게 집행되고 있음이 확인되었으며, 전담기관의 공인회계사가 과제 사업비(현금+현물)의 집행결과 적정여부를 검토하고 있는 사실이 확인되어 현물부담분의 각 과제별 비용이 명확히 구분되고 있는 점, 청구법인은 위 OOO 사업비 중 쟁점인건비 등을 제외한 나머지 사업비는 개발비로 계상 및 감가상각을 하여 회계처리하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비 등을 개발비로서 감가상각 대상으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 2009～2013사업연도 기간 중 해외 특수관계법인인 OOO에게 정상가격보다 낮은 가격으로 제품을 판매한 것으로 보았는바, 정상가격 산정과정은 다음과 같다.

1) 조사청은 이전가격조정 대상거래로 청구법인이 총 23개 중개회사와의 거래 중 4개 회사를 비교대상회사로 선정하고, OOO에 판매한 OOO을 각 선정하였다.

2) OOO 판매제품과 동일한 형태의 강종을 구입하는 거래처 중 최종 수요지가 동일한 지역의 비특수관계 회사와의 거래분을 비교가능거래로 선정하여 OOO와 연평균 판매가격과 비교대상 거래의 연평균 판매가격을 비교하여 다음과 같이 연도별 익금산입액을 산정하였다.

3) 처분청은 위 이전가격조정금액 산정이 타당하다는 청구법인 확인서를 제시하였다.

(나) 청구법인은 처분청의 이전가격조정 방법이 부당하다며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

1) 처분청은 OOO에 대한 연평균 판매가격과 비교가능회사의 연평균 판매가격을 비교하여 이전가격조정을 하였는바, OOO에 대한 연평균 판매가격이 비교가능회사의 연평균 판매가격에 미달하는 거래만을 추출하여 과세하였고, OOO에 대한 연평균 판매가격이 비교가능회사의 연평균 판매가격을 초과하는 거래는 고려하지 않았으며, 해당 기간의 OOO 판매가격 총액이 비교가능회사 판매가격 총액보다 오히려 더 크게 나타나 처분청의 이전가격조정 방법이 부당하다.

2) 선재 제품의 경우 처분청은 5개 OOO을 선정하고서도 아래 ＜표15＞와 같이 동일한 OOO인데도 증액경정이 발생한 연도는 비교대상 거래로 선정하고서도 OOO 평균 판매가격이 비교대상회사 판매가격보다 높은 경우에는 비교대상 거래로 선정하지 않아 일관성이 결여된 방법이다.

3) 청구법인의 원가구조를 보면 OOO 등 원재료의 비중이 높고(청구법인 사업보고서에 의하면 매출원가 중 원재료비 비중이 평균 64%에 이름), 특히 니켈가격 변동에 판매가격이 크게 변동하는 구조이다.

4) OOO 매출원가 중 청구법인 제품비중은 다음과 같다.

(다) 국조법 제4조 제1항에서 거래당사자 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항에서 정상가격은 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 이익분할방법, 거래순이익률방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 방법으로 계산한 가격으로 하되, 위 방법으로 산정할 수 없는 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법을 적용하여 계산하도록 규정하고 있으며, 국조법 시행령 제4조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법”이란 법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 말한다고 규정하고 있고, 국조법 시행령 제5조 제1항 제1호 및 제2항에서 정상가격을 산출할 때는 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높아야 한다고 규정하고 있다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO 판매제품과 동일한 형태의 강종을 거래한 4개 회사를 비교대상회사로 선정하고, OOO에 대해 최종 수요지가 동일한 지역의 위 4개 비특수관계회사의 연평균판매가격과 OOO에 대한 연평균판매가격을 정상가격으로하여 이전가격소득금액을 산정하였는바, 청구법인의 판매제품 가격은 원자재 가격변동에 연동되는 특성으로 인해 연중 원자재가격의 변동이 심할 경우 같은 사업연도 내의 동일제품의 거래라도 거래시점에 따라 정상가격이 크게 변하여 비교가능성이 낮아질 가능성이 높고, 2009년～2013년의 연중 니켈 가격등락폭이 커 처분청이 적용한 정상가격 산정방법의 비교가능성이 낮은 것으로 보이는 점, OOO와 비교대상 4개 회사는 무역상사업을 영위하는 사업자들로서 청구법인과 청구법인 판매제품 수요처 간의 거래를 중개하는 역할을 수행하면서 일정 중개수수료를 지급받는 영업구조여서 청구법인이 정상가격산정방법으로 제시한 가중평균 Berry Ratio를 적용하는 것이 비교가능성이 높는 것으로 보이나 위 방법 적용시 OOO의 2009년～2013년 기간 중 청구법인과의 거래로 인한 Berry Ratio이 1.22로서 비교가능회사들(1.26～1.45)보다 낮은 것으로 나타나 정상가격범위 내에 있는 점, 국조법 제4조 제1항에서 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있는바, 과세당국이 이전가격의 적정여부에 대한 검증에 착수하였다면 정상가격에 미달하는 사업연도와 초과하는 사업연도가 함께 있는 경우 여러 사업연도 중 정상가격에 미달하는 사업연도에 대하여만 익금산입하는 재량을 허용하는 것으로 보기 어려움에도 처분청이 비교가능거래로 선정한 5개의 OOO 중 익금산입액이 발생한 특정 사업연도에 대해서만 비교대상 거래로 선정하고 손금산입액이 발생한 사업연도는 비교대상 거래에서 제외하는 방식으로 이 건 이전소득금액을 산정한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인과 OOO와의 거래에 대해 쟁점금액(이전가격소득금액)을 익금산입하여 청구법인에게 법인세 과세 및 이전소득금액통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점⑤․쟁점⑥에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점투자업무 관련 OOO 설립 후 청구법인의 현지지원활동비에 대해 익금산입하여 과세하였는바, 그 세부내역은 다음과 같다.

(나) 청구법인은 2008년경부터 OOO 현지법인 설립을 검토하여 2010.5.14. OOO 투자허가를 받았다며 투자허가서 사본 및 번역본을 제시하였고, 2012년 6월경 공장을 착공하여 2014.7.1. 최초의 시험가동 후 2015년 공장을 준공하고 사업을 개시할 예정이라고 주장한다.

(다) 처분청이 쟁점투자업무 용역비로 계상한 내역은 다음과 같다.

1) 쟁점투자업무 중 OOO(이하 "TF팀“)의 용역료의 경우 2009년부터 2010년까지 기간 동안의 연간 실제 발생 인건비 총액을 TF팀 근무일수로 안분하고, 이에 5.06%의 이익을 가산하여 다음과 같이 산출하였다.

2) 쟁점투자업무 중 TF팀 외 인원의 용역료 및 경비의 경우, 2009년에서 2010년까지의 부서별 출장일수에 일당 정상 지원서비스료OOO원을 반영하고, 실제 발생한 출장비를 가산하여 산출하였다.

3) 처분청은 과세처분 근거로 청구법인이 외부 용역기관으로부터 2014.6.9. 중간보고 받은 ‘OOO와 국외 특수관계거래에 대한 이전가격정책 수립 중간보고’ 문건을 제시하였는바, OOO의 인건비가 OOO 법인설립지원 용역비용으로 분류되어 있는 사실이 나타나고, 조사청 조사 당시 청구법인 담당자로부터 징구한 확인서를 제시하였는바, 쟁점투자업무는 용역제공 활동이라는 내용이다.

4) 청구법인은 쟁점투자업무는 청구법인이 OOO 정부로부터 투자허가를 받기 위해 수행한 투자자로서의 주주활동 비용으로 특수관계자 간 용역거래의 인정요건에 해당하지 않고, OOO ｢법인세법｣상 손금인정기준에도 해당하지 않으므로 OOO에게 용역료를 청구할 수 없다고 주장한다.

(라) 처분청은 OOO 용역료의 경우 연간 실제 발생 인건비 총액을 근무일수로 안분하고 이에 5.06%의 이익을 가산하여 다음과 같이 산출하였다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 해외출장 품의서 등 내부문서를 보면 OOO이라는 T/F를 설치하여 OOO 법인설립과 직접 관련된 업무를 수행한 사실이 나타나 T/F팀의 업무가 단순히 시장조사 등 주주활동 비용으로 보기 어려운 점, 청구법인이 외부회계법인에 의뢰하여 작성한 이전가격 관련 보고서에도 T/F팀 소속 직원들의 인건비를 OOO 법인설립지원 용역비에 해당하는 것으로 되어 있는 점, 청구법인은 조업체계화 업무의 편익이 국내 공장에 귀속되는 것이라 주장하면서도 해당 사실을 입증할 만한 객관적이고 구체적인 입증자료의 제시가 없는 점, OOO T/F에 파견된 직원들이 OOO에서 참석하였음이 내부 문서에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점투자업무 제공에 따른 그 대가 및 조업체계화를 통해 청구법인이 OOO에 용역을 제공하고 쟁점기술이전 대가를 각 미수취한 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제26조【고용창출투자세액공제】① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 기본공제금액 : 해당 투자금액의 100분의 4(중소기업이 아닌 자가 ｢수도권정비계획법｣ 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3)에 상당하는 금액

부칙 (법률 제10406호, 2010.12.27.) 제14조 【고용창출투자세액공제에 관한 적용례】② 2011년 12월 31일까지의 투자분에 대하여는 종전의 제26조에 따른 임시투자 세액공제 및 제26조의 개정규정에 따른 고용창출투자세액공제를 동시에 적용할 수 있다. 이 경우 종전의 제26조 제1항 중 “금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을”은 “금액에 100분의 4(수도권 밖의 투자 및 중소기업의 수도권과밀억제권역 밖의 투자에 대하여는 100분의 5로 한다)를”로 본다.

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제26조【임시투자 세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(3) ｢조세특례제한법 시행령｣(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 투자”란 농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수ㆍ폐기물처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터프로그래밍ㆍ시스템통합 및 관리업, 뉴스제공업, 그 밖의 과학기술서비스업, 연구개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 창작 및 예술관련 서비스업, 수리업, 광고업, 기타 개인서비스업, 엔지니어링사업, 물류산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한정한다), 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따라 등록한 관광숙박업ㆍ국제회의기획업ㆍ전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 유원시설업, 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2010년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용 자산(이하 이 조에서 “사업용 자산”이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용 자산에 대한 투자만 해당한다)를 말한다.

(4) 조세특례제한법 시행규칙(2011.4.7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것)

제14조【임시투자세액공제 대상 사업용 자산의 범위】영 제23조 제1항에서 “기획재정부령으로 정하는 사업용 자산”이란 제3조에 따른 사업용 자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. 다만, 「관광진흥법」에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을 영위하는 자의 경우에는 제5호의 자산에 한정한다.

제3조【사업용자산의 범위】① 영 제4조 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다)

【별표 1】

건축물 등 사업용 유형자산(제3조 제1항 관련)