원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 중소기업 기술혁신 촉진법(2012. 12. 11. 법률 제11538호로 개정되어 2013. 6. 12. 시행되기 전의 것) 제31조 및 제32조는 ‘연구개발의 결과가 매우 불량한 경우(제1호)’ 등을 기술혁신 촉진 지원사업의 참여제한 및 출연금 환수의 사유로 규정하면서, 그 구체적 제재사유 및 처분기준 등을 대통령령에 위임하고 있다.

그 위임에 따라 구 중소기업기술혁신 촉진법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24586호로 개정되기 전의 것) 제20조 및 제21조의 [별표 2]는, 기술혁신촉진 지원사업에 참여한 중소기업자 등이 ‘연구개발과정을 불성실하게 수행함으로써 그 결과가 극히 불량한 경우(제1호 가목)’에는 3년 동안 위 지원사업의 참여제한 및 지급한 출연금의 전액 환수를, ‘연구개발과정은 성실하게 수행하였음에도 그 결과가 극히 불량한 경우(제1호 다목)’에는 출연금 환수 없이 1년 동안 위 지원사업의 참여제한을 각 규정(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)하고 있다.

위와 같은 참여제한 및 출연금 환수에 관한 법령의 규정 체계 및 내용, 불성실 연구수행 등에 대하여 제재를 가하도록 하는 규정을 둔 취지와 아울러 이 사건 시행령 조항이 연구결과가 극히 불량한 경우에도 그 연구개발과정 수행의 성실 여부에 따라 제재의 정도에 차이를 두고 있는 점 등을 고려할 때, 이 사건 시행령 조항의 제재사유 중 ‘연구개발과정의 불성실 수행 여부’와 ‘연구결과의 극히 불량 여부’는 별도로 판단하여야 하고, 연구결과가 극히 불량하다는 점이 인정된다고 하여 연구개발과정의 불성실 수행이 추정되는 것은 아니다.

나아가 이 사건 시행령 조항에서 정한 ‘연구개발과정의 불성실 수행 여부’는 연구개발사업의 전제가...