1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고의 지위 원고는 2006. 6. 20. 주식회사 원당중공업(지분 90%, 이하 ‘원당중공업’이라 한다)과 A(지분 10%)이 3억 원을 출자하여 도장 및 기타피막처리업 등을 사업목적으로 하여 설립된 회사이다.

원고는 2007. 7. 27. 케이에스야나세산업 주식회사(이하 ‘야나세산업’이라 한다)로부터 전남 영암군 삼호읍 나불리 332-7 토지와 그 지상 건물 5,684.87㎡(공장면적 5,346.79㎡, 부속건물사무소 300㎡, 경비실 28㎡, 펌프실 10.08㎡, 이하 위 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)와 기계설비일체, 공구와 기구, 사무 집기비품 일체, 계약일 현재 사업장에 존재하는 자산(이 사건 부동산과 위 기계ㆍ기구 등을 합하여 ‘이 사건 부동산 등’이라 한다)을 대금 3,500,000,000원(부가가치세 별도)에 매수하였고, 2007. 11. 2. 피고에게 사업개시일을 2007. 4. 10., 사업의 종목을 도장및기타피막처리, 금속조립구조재로 하여 사업자등록을 마쳤다.

피고의 이 사건 처분 원고는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제64조, 제6조를 적용하여 2009년 법인세로 287,168,332원, 2010년 법인세로 451,037,130원, 2011년 법인세로 426,465,009원을 각 신고하였다.

피고는, 원고가 구 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호에서 정한 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’에 해당하여 이 사건 부동산 등을 창업중소기업의 사업용 재산이라고 볼 수 없으므로, 원고를 각 구 조세특례제한법 제64조, 제6조에 따른 법인세 감면대상이 아니라고 판단하고, 2013. 11. 1. 원고에게 구 조세특례제한법 제7조를 적용하여 2009년 법인세 160,044,650원(가산세 45,177,322원 포함),...