국심1990서1265 (1990.10.23)

법인

경정

자진신고 납부한 세액이 착오등으로 과다납부 되었다는 이유로 한 환급청구는 행정심판 또는 행정소송의 대상이 될 수 없으므로 이 건의 경우 경정처분에 의한 고지세액만을 한도로 하며 취소하는 것이 타당함

국세기본법 제79조【불고불리, 불이익변경금지】

국심1988서1427 / 국심1988전1653 / 국심1988서1302

1. 종로세무서장이 90.1.10 청구인들에게 경정고지한 87사업년

도분법인세 180,685,800원 및 OO위세 783,181,170원의 처분

은 쟁점부동산의 양도가액을 4,902,000,000원으로 하여 과세표

준과 세액을 경정하고 쟁점부동산중 74.12.31이전에 취득한

별첨명세서상의 부동산에 대한 양도차익은 양도 및 취득가액

을 모두 기준시가로 산정하여 특별부가세 과세표준과 해당세

액을 경정한다. (단 경정감세액은 당초 고지한 세액을 한도로

경정한다)

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1.사 실

청구인들은 서울특별시 종로구 OOOO O에 본점사무소를 둔 OO상사주식회사(이하“청구법인”이라 한다)와 청구법인의 사실상 과점주주들인 OOO 외 5인(이하“청구인들”이라 한다)으로 청구법인 소유이었던 서울특별시 종로구 OOOO O 외 10필지의 대지 1,521.2평방미터 및 지상건물 7,573.87평방미터(이하“쟁점부동산”이라 한다)을 87.1.9 청구외 OO주택주식회사[이하 “OO주택”이라 한다]에게 11,502,500,000원에 양도하는 것으로 계약을 체결하였다가 87.6.23 전시 매매계약을 경개하여 그 양도가액을 4,902,000,000원으로 경정하였고, 88.3 87사업년도분 법인세 신고시 쟁점부동산의 양도가액은 4,902,000,000원으로 취득가액은 장부가액인 3,774,483,176원으로 하여 동 양도차익을 산정한 후 제과세표준을 계산하여 그 신고를 이행하였으나 처분청이 쟁점부동산의 양도가액을 청구법인이 87.1.9 계약을 체결한 바 있는 11,502,500,000원으로 경정함과 동시에 87.12.31 현재 청구법인의 전 대표이사명의로 계상되어 있던 단기채무(가수금) 905,930,325원을 가공부채로 보아 익금산입하고, 90.1.10 87사업년도분 법인세 180,685,800원 및 OO위세 783,181,170원 [OO주택은 재개발사업시행자로 쟁점부동산에 대한 법인특별부가세는 조세감면규제법 제58조의 규정에 의거 면제하였음]을 경정고지하자 청구인들은 이에 불복 90.3.2 심사청구를 거쳐 90.6.26 이 건 심판청구를 제기한 것이다.

2. 청구주장

처분청은 청구법인이 87.3.10 쟁점부동산을 OO주택에게 11,502,500,000원에 양도한 것으로 보아, 양도가액으로 신고한 4,902,000,000원과의 차액 6,600,500,000원을 익금에 산입하였고, 또한 청구법인의 87.12.31 현재 주주임원 종업원 단기채무중 전 대표이사 OOO에 대한 채무 905,930,325원은 청구법인이 변제할 의무가 없는 가공부채로 보아 익금에 산입하고, 이 건 법인세등을 과세한 것이나,

가. 청구법인은 87.6.23 쟁점부동산의 양도가액을 4,902,000,000원으로 경개한 바 있음에도 불구하고 처분청이 이를 부인하였음은 부당하고,

나. 쟁점부동산중 토지 723.1평방미터등은 OO.1.1 이전 취득분으로 그 취득가액 및 양도가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하며,

다. 전 대표이사 명의로 된 가수금 905,930,325원은 변제할 의무가 있는 정당한 채무에 해당됨에도 불구하고 처분청이 이를 가공부채로 인정하였음은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

가. 쟁점 “가”에 대한 의견

이 건과 관련된 관계서류에 의하면 청구법인과 OO주택은 87.1.9 쟁점부동산의 매매대금을 11,502,500,000원으로 정하고 그 대금의 지급은 별도 약정에 의하기로 하며 쟁점부동산의 명도는 87.3.10 하기로 하였고, 87.3.11 전시매매대금 지불에 관한 약정에서 매매대금 11,502,500,000원은 OO주택이 청구법인과 주식회사 OO의 채무액 [87.3.10 현재 도합 11,506,174,566원으로 원금 및 미지급이자의 합계액이며 청구법인의 채무는 6,941,988,018원, (주)OO채무는 4,564,186,548원임]을 인수하되 매매대금과 채무인수액과의 차액은 추후 정산하기로 하고 채무인수시점은 명도일인 87.3.10로 한다고 하였는 바, 청구법인은 쟁점부동산의 소유권을 약정서의 명도시기인 87.3.10 청구외 회사에게 이전등기하였으며, OO주택은 청구법인과 (주)OO의 채무액을 87.12.23 변제상환하였고 그 금액은 15,237,059,590원이며 이는 OO주택이 쟁점부동산과 다른 부동산을 OO생명주식회사에 33,885,000,000원에 양도하고, 중도금으로 받은 21,605,000,000원중의 일부로 지급하였으며, 일반적으로 부동산 거래에서 매매대금이 확정되어 그 대금의 청산이 완료된 이후에 소유권이전등기를 하고 있는 상관례에 따라 이 건의 경우를 상식적으로 판단해 보면 OO주택은 쟁점부동산의 매매대금을 이미 확정된 11,502,500,000원을 지불하는데 있어서 87.3.10 현재의 청구법인과 (주)OO의 채무액 11,506,174,560원을 인수하는 것으로 확정하고 쟁점부동산의 소유권을 이전등기하였던 것이며 채무인수금액의 변제만을 87.12.23 한 것으로 판단되고 매매대금과 채무인수후의 상환금광의 차액은 양자간에 추후에 정산되어질 문제라 할 것이므로 쟁점부동산의 양도시기를 87.3.10 로 하고 양도가액을 11,502,500,000원으로 본 당초처분은 정당하다는 의견이다.

나. 쟁점 “나”에 대한 의견

청구법인은 쟁점토지중 723.1평방미터는 74.12.31 이전에 취득한 토지로서 OO.1.1 현재의 시가가 불분명하므로 취득 및 양도가액 모두를 기준시가로 산정하여 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나 법인세법 제59조의2 제3항에서 『양도차익은 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 한다. 다만,양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한다』고 규정하고 있으므로, 이 건의 경우 양도 당시의 실지거래가액이 확인되고 있으므로 양도가액은 실지거래가액으로 하여야 할 것이며 74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액에 관하여 법인세법시행령 부칙(대통령령 제7464호) 제7조에서 『OO.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 OO.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액과 74.12.31이전 장부가액에 74.12.31이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가 상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액중 많은 금액을 취득가액으로 한다』고 규정하고 있는 바,

전시규정에 따라 이 건의 경우를 비추어 볼 때 74.12.31 이전에 취득한 토지 723.1평방미터의 양도가액은 실지거래가액(2,291,297,770원)으로 산정하여야 할 것이고 또 취득가액은 OO.1.1현재의 기준시가와 74.12.31 이전 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액중 많은 금액을 취득가액으로 할 것인 바, OO.1.1 현재의 기준시가는 287,532,300원이며, 74.12.31 이전 장부가액이 매매로 인한 실지거래가액이므로 취득가액의 실지거래가액이 확인되어 그 기준시가 287,532,300원도 실지거래가액으로 보아야 할 것이다.

따라서 취득가액과 양도가액을 모두 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산하는 것이 정당하다.

그렇다면 74.12.31 이전의 실지거래가액에 물가상승율을 곱한 금액이 OO.1.1 기준시가보다 적은 이 건은 OO.1.1 현재의 기준시가 287,532,300원을 당해 토지의 취득가액으로 보아야 할 것이나, 처분청의 당초 처분치 당해토지의 취득가액을 환산가액인 742,356,109원으로 산정하였으므로 OO.1.1 현재의 기준시가 287,532,300원을 당해토지의 취득가액으로 채택할 경우 청구법인에게 불이익을 초래하게 되므로 국세기본법 제79조의 규정에 의한 불이익변경금지에 따라 처분청이 취득가액으로 산정한 742,356,109원을 당해토지의 취득가액으로 하여야 한다는 의견이다.

다. 쟁점 “다”에 대한 의견

청구법인은 처분청이 가공부채로 본 당초처분은 부당하다는 주장이나 처분청이 과세근거로 삼은 89.12.18자 OOO의 확인서를 보면 『87.12.31 현재 OO상사(주)의 결산서에 본인명의로 가수금 905,930,325원이 있는 것으로 처리되어 있는데 이 모든 것은 그 당시 경리실무자들이 처리한 것으로 본인은 잘모르는 사실이며, 채권관계도 없음을 알려드리오니 양지하시기 바랍니다.』 라고 되어있어 청구법인의 87.12.31 현재 결산서에 OOO의 채무로 표시된 905,930,325원은 실질적인 채권, 채무 발생없이 청구법인이 임의로 부채계정에 계상한 가공부채임이 틀림없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은

가. 세법상 양도시기가 경과한 후에 당초 매매계약서상 양도가액을 경개한 경우 그 경정된 양도가액으로 양도차익을 계산할 수 있는지의 여부

나. OO.1.1 이전에 취득한 부동산의 양도차익 산정시 기준시가에 의하여 그 차익을 계산할 수 있는지의 여부 및

다. 87.12.31 현재 청구법인의 장부에 계상되었던 전 대표이사에 대한 채무가 가공채무인지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

가. 쟁점 “가”에 대하여 본다.

우선 청구법인과 OO주택간에 쟁점부동산이 매매된 사실관계를 보면, 87.1.9 위 두 법인은 쟁점부동산의 매매대금을 11,502,500,000원으로 하여 계약을 체결함에 있어 쟁점부동산의 명도는 87.3.10에 하기로 하고 (계약조건 제3조) 이 건 매매계약에 대하여 행정상의 규제에 따른 문제가 발생할 시에는 쌍방간 합의하에 해약 또는 경정계약을 할 수 있다(계약조건 제5조)라는 유보사항을 명시하였고, 매매대금의 지불은 쌍방합의하에 별도 약정에 의한다(계약조건 제2조)라고 되어있는 바 전시 매매계약조건에 따라 위 두 법인이 작성한 87.1.10 합의약정서에 의하면 매도자(청구법인)는 쟁점부동산에 가하여진 권리제한(근저당·가등기·가압류등)을 조속히 해제하는데 노력할 것을 약정(제2조 제1호)하였고, 전시 권리제한이 해제되는 시점에서 매수자[OO주택]는 매도자의 채무액(87.1.10 현재 청구법인의 채무액은 6,970,567,699원이었음)을 인수함으로서 쟁점부동산의 매매대금지불에 갈음하고 잔액은 명일에 지불하는 것으로 약정(제2조 제2호)한 바 있고, 청구법인은 87.3.10 쟁점부동산의 소유권이전등기를 OO주택명의로 넘겨주었으므로 법인세법 제59조의2 제4항 및 동법시행령 제124조의2 제11항과 소득세법 시행령 제53조 제1항 규정에 의거 법인세법상 양도 및 취득시기는 87.3.10이 된다고 할 것이다.

그후 87.6.3위 두법인은 87.1.9 체결한 당초 매매계약서 제5조 및 제6조의 계약조건에 따라 쟁점부동산이 국토이용관리법 제21조의 7 및 동 시행령 제28조(토지등의 거래계약신고)등에서 부여된 책임과 의무조항을 거래 당사자 쌍방이 숙지하고 동 부동산이 도시계획확인원에 의거 대부분이 도로로 편입되는 점(전체토지중 45%인 648.3평방미터가 도로 및 광장으로 편입됨)과 세입장의 명도소송 및 제비용발생등을 감안하여 토지매매거래대금을 재조정하여 조만간 당초 매매계약을 경정하기로 합의약정하였으며, 전시 87.6.3 합의약정을 근거로 OO주택은 87.6.21 이사회의결을 거쳐 매매대금을 4,902,000,000원으로 감액하는 것으로 하고 위 두 법인은 87.6.23 쟁점부동산의 매매가액을 4,902,000,000원으로 감액경정하기로 하면서 다음과 같은 계약조건을 붙여 재계약을 체결하였다.

(제2조) 매매대금에 대한 지불방법은 매도자, 매수자 쌍방 합의하에 별도약정서에 의한다.

(제3조) 매도인은 다음 각호에 열거하는 사항에 대하여는 책임을 지지 아니한다.

① 행정상 규제(환지·개발제한·기타 모든 도시계획)로 인한 관리 제한

② 권리의 일부가 타인에게 귀속함으로서 받는 권리의 제한

③ 등기부상 목록과 현상과의 상이

(제4조) 위 표시 부동산의 명도는 1987년 1월 9일 부동산 매매계약서에 의하여 효력이 존속된다.

(제5조) 위 표시 부동산과 관련하여 매도인과 제3자 사이에 발생한 법률적인 문제(소유권 및 저당권 관련 쟁송등)는 매도인이 책임진다.

(제6조) 위 표시 부동산의 명도후 발생하는 세입자의 명도소송 및 제비용은 매수자가 책임지고 매도자는 세입자 명도에 협력한다.

전시 87.6.23 경정매매계약서 제2조를 근거로 위 두 법인은 87.6.26 쟁점부동산의 매매대금 지불방법 및 채무인수액에 대한 수정합의 약정서를 작성하였는 바, 그 제2조에 의하면 매수자는 채무인명세서(청구법인의 채무 4,844,955,795원과 청구법인의 관계회사인 주식회사 OO의 채무 57,044,205원)상의 채무액 4,902,000,000원을 인수하기로 약정하였다.

또한 쟁점부동산의 양도에 따른 청구법인의 장부기장내용을 보면 청구법인은 쟁점부동산을 OO주택에 명도한 87.3.10 양도대금을 받을 채권인 미수금 11,502,500,000원을 기장하였다가 87.6.23 경정매매계약서를 근거로 받을채권(미수금)을 4,902,000,000원으로 감액하였으며, 87.12.23 OO주택이 청구법인의 은행채무등을 대위변제함에 따라 전시 미수금 4,902,000,000원은 청구법인의 기존 차입금과 상계처리된 것으로 쟁점부동산 양도에 관련 청구법인은 전시 경정된 양도가액 4,902,000,000원외에 추가로 영수한 금액은 없었음이 청구법인의 관계장부상 나타나 있다.

또한 국세청장 심사결정서에서는 OO주택이 쟁점부동산과 다른 부동산을 OO생명보험주식회사에게 33,885,000,000원에 양도하고 영수한 중도금 21,605,000,000원중 일부로 87.12.23 청구법인과 주식회사 OO의 채무액 152,237,059,590원이 상환되었다는 의견이 있어 OO주택이 청구법인의 은행채무를 대위변제한 내용을 보면 OO주택은 87.12.23 OO생명보험주식회사로부터 중도금조로 영수한 21,605,000,000원중 11,227,350,720원은 청구법인의 금융기관채무 4,244,622,257원을 대위변제 [양도대금 4,902,000,000원중 657,377,743원은 OO주택이 87.4.3부터 87.6.30까지의 기간중 3차례에 걸쳐 이미 대위변제한 바 있음] 하였고 6,367,940,410원은 금융기관에 예탁하였으며 나머지 613,788,053원은 OO주택의 은행차입금에 대한 이자조로 지급하였고, 잔여 영수금액 10,377,649,280원은 출자자인 청구외 OOO가 경영하는 OO상사에게 대여하고, 동 자금을 대여받은 OO상사는 87.12.23 주식회사 OO에게 8,313,800,426원을, 청구법인에게 2,000,000,000원을 대여하였으며(주식회사 OO과 청구법인은 전시대여금을 주주임원의 단기채무로 계상하고 금융기관채무를 변제하였음) OO주택은 87사업년도 법인세 신고시 출자자인 청구외 OOO가 경영하는 OO상사에 대한 대여금 인정이자를 7,041,738,198원(동 인정이자금액에는 87.12.23 대여한 10,377,649,280원에 대한 인정이자도 포함되었음)으로 계산하여 익금에 산입하였는 바 OO주택이 쟁점부동산 취득에 관련 청구법인의 금융기관채무를 직접 대위변제한 금액은 87.6.23 경정한 양도가액(4,902,000,000원)을 초과하지 않았음을 알 수 있다.

위와같은 쟁점부동산의 매매사실에 대하여 청구법인은 87.6.23 경정한 매매계약서를 근거로 88.3 법인세등을 신고하였던 것이나 처분청은 청구법인이 신고한 쟁점부동산의 양도가액을 부인하고 87.1.19 체결한 바 있는 당초 매매계약서상 금액인 11,502,500,000원으로 하여 이 건 법인세등을 경정고지하자 청구법인은 당초 매매계약서 제5조 및 제6조의 규정에 의거 사정변경을 이유로 87.6.23 그 매매계약을 경정하였던 것으로 쟁점부동산 양도에 관련 경정한 양도가액 이외에 추가로 영수한 금액이 없음에도 불구하고 처분청이 이를 인정하지 않은 당초처분에는 부당함이 있었다는 주장이다.

살피건대, 쟁점부동산을 취득한 OO주택의 기장내용과 위 두 법인의 제세신고내용등을 보면 OO주택은 87.3.10 쟁점부동산의 취득가액을 당초 매매계약서에 따라 11,502,500,000원으로 기장하였다가 87.6.23 경정 매매계약서에 의거 그 취득가액을 4,902,000,000원으로 경정한 사실에 대하여 종로구청장이 88.11.21 쟁점부동산 취득가액을 당초 매매계약서상 금액인 11,502,500,000원으로 하여 OO주택에게 취득세 504,686,000원과 등록세 OO7,029,000원 및 OO위세 151,405,800원을 결정고지하였던 바 OO주택은 89.1.20 감사원장에게 심사청구를 제기하였고 이에 대하여 감사원장은 89.12 89년 감심 제90호(89.12.7)로 청구주장을 인용하여 OO주택은 “87.6.23 경정된 취득가액”으로 취득세 및 등록세등을 경정결정받은 바 있다. 또한 OO주택은 쟁점부동산을 포함하여 보유하고 있던 부동산을 88.8.17 OO생명보험주식회사에게 38,885,000,000원에 양도(전체부동산의 양도가액을 기준시가로 안분한 쟁점부동산의 양도가액은 19,454,343,408원임)하고 89.3 법인세등 과세표준 및 세액을 신고납부함에 있어 양도한 쟁점부동산의 양도차익 계산시 그 취득가액을 87.6.23 경정한 매매가액 (4,902,000,000원)으로 계산하였는 바, 그 당시 청구법인과 OO주택은 세법상 특수관계가 성립되고 있었으므로 [처분청은 OO주택의 출자자인 청구인들(OOO 외 5인)을 청구법인의 실질적인 주주로 인정하였음] 위 두 법인간의 쟁점부동산의 매매에 관련 조세의 부담을 회피하고자 한 의도가 있었는지에 대하여 보면, 청구법인은 많은 금융기관의 채무로 누적결손상태로 OO주택의 재무구조가 청구법인의 재무구조보다는 양호한 실정이었으므로 쟁점부동산 매매당시 조세의 부담을 경감하기 위한 의도가 있었다면 위 두 법인은 87.1.9 체결한 바 있는 당초 매매가액을 고수하였을 것으로 추정[OOO 외 5인은 위 두 법인의 실질적인 출자자로 쟁점부동산의 총 양도차익(청구법인의 양도차익＋OO주택의 양도차익)은 일정한 바, 총양도차익중 청구법인측에 양도차익이 많이 발생하도록 하는 것이 세부담면에서 유리하다 볼 수 있음]되는 바, 쟁점부동산의 매매행위가 법인세법상 행위계산의 부인대상이 될 경우 그 계산을 부인하는 것은 별론으로 한다.

앞에서 살펴본 쟁점부동산의 매매에 관한 제사실관계와 위 두 법인의 기장상태 및 제세신고납부상황등을 종합하여 볼 때 청구법인은 87.1.9 체결한 당초 매매계약을 정당한 절차에 따라 87.6.23 경개하였을 뿐만 아니라 두 법인간에 경정된 매매대금 이외에 추가로 수수한 금액이 없었던 점을 감안하면 부동산의 매매계약을 체결하고 세법상 양도시기가 경과한 후에 그 계약이 변경된 경우라도 그 양도차익의 계산은 변경된 계약내용에 따라 계산하여야 한다는 청구주장은 이유가 있다고 판단된다[법인세법 기본통칙 7-4-1....(59의5) 제1항도 같은 취지임].

나. 쟁점 ”나”에 대하여 본다.

청구법인은 쟁점부동산의 특별부가세 과세표준금액을 계산함에 있어 양도가액은 87.6.23 경정한 매매가액으로, 취득가액은 쟁점부동산중 74.12.31 이전 취득분은 환산가액으로, OO.1.1이후 취득분은 장부가액으로 하여 그 양도차익을 계산하였으나 처분청이 쟁점부동산의 양도가액을 87.1.9 체결한 당초매매금액으로 경정하자 청구법인은 쟁점부동산중 74.12.31 이전에 취득한 대지 723.1평방미터 및 지상건물 3,949.54평방미터(이 부동산의 명세서는 별첨과 같다)의 양도차익은 취득 및 양도가액을 모두 기준시가로 하여 경정하여야 한다는 주장인 바, 먼저 이 건 특별부가세 과세 표준금액을 계산함에 있어 쟁점토지의 양도가액과 취득가액의 산정이 적법한지의 여부에 대하여 살펴본다.

쟁점부동산 양도당시 시행하던 관계법령을 보면 법인세법 제59조의2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법시행령 제124조의2 제6항에서는 “법 제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 OO.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 OO.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 OO.1.1 현재의 기준시가. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가 상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 OO.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정하고 있어 74.12.31 이전 취득자산에 대하여는 특례규정을 두고 있는 바, 전시 법인세법 제59조의2 제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 동법시행령 제124조의2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 동법시행령 어디에도 소득세법시행령 제170조 제4항 제1·2호(국가·지방자치단체 외의 거래·부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익 계산방법을 규정한 소득세법시행령 제170 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 위 법인세법 및 동법시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제1·2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수는 없다 할 것이다[동지 대법원판결88누6269 (88.12.13)].

또한 대법원판례와 최근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의2 제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하는 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 74.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 OO.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 그 시가를 알 수 없다면 OO.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액이 기준시가보다 큰 경우에는 물가상승감안가액)에 의하여 취득가액을 경정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다[동지 대법원판례 86누935 (86.10.28), 86누671 (87.10.26), 심판결정 88서1427 (89.2.5), 88전1653(89.3.22)].

그렇다면 74.12.31 이전에 취득하고 OO.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점부동산의 경우에는 취득가액을 OO.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액도 역시 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법 타당하다 할 것으로 청구주장에는 이유가 있다고 할 것이다.

그러나 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 경우에는 이 건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하여 청구법인이 자진납부한 세액까지를 취소(환급)하게 되는 바, 자진신고 납부한 세액이 착오등으로 과다납부 되었다는 이유로 한 환급청구는 행정심판 또는 행정소송의 대상이 될 수 없으므로[대법원의 전원합의부판결 88누6436 (89.6.15)과 당심판결정(88서1302, 89.3.2) ] 이 건의 경우 경정처분에 의한 고지세액만을 한도로 하며 취소하는 것이 적법하다고 판단된다.

다. 쟁점 “다”에 대하여 본다.

처분청은 청구법인의 전 대표이사 OOO의 확인서를 근거로 87.12.31 현재 청구법인의 장부에 계상되어 있던 청구외 OOO에 대한 채무 905,930,325원을 가공부채로 인정한 것인 반면 청구법인은 전시채무는 후임대표이사 OOO이 전 대표이사로부터 인수받은 것으로 장부상 기재내용을 정리하지 않았을 뿐 정당한 채무라는 주장으로 청구외 OOO의 사실확인서를 그 증빙으로 제시하고 있다.

살피건대, 89.12.18 청구외 OOO이 처분청에 제출한 확인서에 의하면 “87.12.31 현재 OO상사(주)의 결산서에 본인의 명의로 가수금 905,930,325원이 있는 것으로 처리되어 있는데 이 모든 것은 그 당시 경리 실무자들이 처리한 것으로 본인은 잘모르는 사실이며 채권관계도 없음을 알려드리오니 양지하시기 바랍니다.” 라고 되어 있는 바, 이 건 심판청구시 청구법인이 증빙으로 제시한 청구외 OOO의 사실확인서는 89.12.18 당초확인서의 내용을 번복한 것으로 그 진위여부가 불분명할 뿐만 아니라 그 확인서는 번복한 내용이 사실이었음을 뒷받침할 수 있는 객관적이고도 구체적인 거증제시가 없는 단순한 사실확인서로 신빙성이 없어 보여 청구 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

청구인 인적사항

성 명

주 소

비 고

OO상사(주)

서울시 종로구 OOOO O

주납세의무자

(대표이사 OOO)

OOO

서울시 OO구 OO동 OOOOOOO

OOO

〃

OOO

〃

OOO

〃

2차납세의무자

OOO

〃

[별첨]쟁점부동산중 74.12.31 이전에 취득한 부동산의 명세서