기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적에 대하여 기 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부

가.청구법인은 2007.1.15. OOO주식회사 및 OOO주식회사와공동으로 경기도 OOO 소재 건축물31,926.24㎡를 취득하고, 동 건축물 중 청구법인의 소유지분(100분의 35.46)에 해당하는 건축물 11,454.58㎡ 중 10,363.26㎡(이하“이 건 건축물”이라 한다)에대하여 「지방세법」(2010.3.31. 법률제10221호로 전부 개정되기 전의것)제282조에서 규정하고 있는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

나.처분청은2011.11.17. 이 건 건축물에 대한 현지확인 결과 청구법인이 이 건 건축물 중 8,828.80㎡에 대하여만 그 취득일부터 4년이내에 OOO로부터 기업부설연구소로 인정받은사실을 확인하고, 인정받지 못한 1,534.46㎡(이하 “쟁점건축물”이라한다)의 취득가액OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」제112조 제1항 등의세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO,등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세포함)을 2012.1.17. 청구법인에게부과고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2012.4.20. 이의신청을 거쳐2012.9.28.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO 그룹의 변속기 및 OOO 부문의 연구개발 효율성과 시너지 효과를 높이기 위해서 그룹내 유사 부품업체인 OOO주식회사 및 OOO주식회사와 함께 통합공동연구소를 운영하기 위하여 2007.1.12. 처분청의 사용승인을 받고, OOO를신축·설립하게 되었고, 3사는 각각 “시험동”(연구개발품 제작실)을 1개씩독립적으로 소유하고 있고, “연구동”(설계 및 도면제작 등)은 연구개발효율성을 높이기 위해 각층을 분할해서 사용하는 형태로(공동 소유) 운영하고 있으며, “연구동”의 1층, 지하1층, 지하2층은 공동사용하고, 2층은 청구인법이 사용하며, 3층은 OOO주식회사가, 4층은 OOO주식회사가 각각 사용하고 있는 바,청구법인은 OOO에 청구법인이 독립적으로 소유한시험동 연면적 6,910.80㎡와 공동소유한 연구동에서 당사가 사용하는 2층 연면적 2,020.45㎡ 및 1층, 지하1층, 지하2층에서 신청이소유하는 비율(35.46%)에 해당하는 1,432.01㎡,합계 10,363.26㎡를 기업부설연구소 해당 면적으로 신청하였으나 결과적으로 8,828.80㎡에 해당하는 면적만을 기업부설연구소로 인정받았고,

당시 기업부설연구소 인증을 추진했던 청구법인의 담당직원(기획팀박OOO 과장)의 진술에 의하면, 연구동의 1층, 지하1층, 지하2층은3사가공동으로 사용하기 때문에 “배타적으로 사용하는 장소”에 해당되지않는다고 하고, 2층의 “공조실, 화장실”은 “직접적인 연구활동이 이루어지는 장소”에 해당하지 않는다는 사유로 OOO에서 제외시킨 것인 바,OOO는 전체가 연구활동에만 사용되는 기업부설연구소에 해당하고, 과세관청이 부과처분한 일부면적은 연구소의 운영을 위해서 필수적으로 사용되는 부수면적으로 OOO로부터 연구소로 인정받지 못하였더라도 주 사용면적이 연구소로서 인정받았기 때문에 부수되는 면적도 연구소로서 감면되어야 하며, 처분청에서 제시한 근거사례(행정안전부의 질의회신, 지방세운영과-5828, 2011.12.27.)는 본점 목적으로 사용하는 면적이 전혀 없는청구법인과는 다른 사례이기 때문에 청구법인에게 적용하는 것은 부당하며, 독자적으로 연구소를 운영하는 경우와 조세부담 차이가 발생하여조세평등주의에 어긋나기 때문에 기업의 연구개발활동을 장려하기 위한 「지방세법」 제282조의 취지 및 실질과세원칙에 의거 쟁점건축물에 대한 취득세 등은 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세법」 제282조에서 기업부설연구소를 취득세 등의 면제대상으로 규정하면서 면제대상의 전제요건인 기업부설연구소의 범위에대하여는 같은 법 시행령 제228조에 위임하고 있으므로 취득세 등의면제대상 기업부설연구소의 범위는 시행령의 규정에 따라야 할 것이고, 동 조항에서 “교육과학기술부장관의 인정을받은 것”의 의미는 「기술개발촉진법」상 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미한다고할 것이므로 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소의 범위는교육과학기술부장관에게 인정을 받은 것을 한도로 봄이 타당하다(대법원 2008.11.27. 선고2006두19570 판결 참조, 행정안전부 지방세운영과-5828, 2011.12.27.)할 것인바,

청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서교육과학기술부장관으로부터 이 건 건축물 전체에 대하여 기업부설연구소로 인정을 받았어야 함에도 이 건 건축물 중 쟁점건축물에 대하여는기업부설연구소로 인정받지 못하였고, 청구법인이 주장하는 바와 같이다른 기업과 공동으로 사용하여 배타적으로 사용하는 장소가 아니라거나 청구법인이 전용으로 사용함에도 직접적인 연구활동 장소가 아니어서 교육과학기술부장관이인정하지 아니한 것이라면, 교육과학기술부장관은 쟁점건축물에대하여 「기술개발촉진법」에서 규정하는 연구소에해당하지 아니한다고 판단하여 이를 인정하지 아니하였다고 할 것이므로 처분청에서 기업부설연구소로 인정하지아니한쟁점건축물에 대하여기 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

실제 기업부설연구소로 사용하고 있지만기업부설연구소로인정받지 못한공용면적 등이취득세 감면대상에 해당하는지 여부

제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다.다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와등록세를 추징한다.

(2)지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제228조(기업부설연구소)법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.

(3) 기술개발촉진법

제7조(특정연구개발사업의 추진 등) ① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2.연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

(4) 기술개발촉진법 시행령

제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다.이 경우 교육과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 2009년 7월 1일부터 2011년 6월 30일까지는 3명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상

3. 교육과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상

③ 제1항 및 제2항에 따른 연구전담요원은 「대학설립·운영 규정」에따른 자연과학계열·공학계열 및 의학계열(이하 “자연계분야”라 한다)의학사 이상의 학위를 가졌거나 「국가기술자격법」에 따른 기술·기능분야의 기사 이상의 기술자격을 가진 자이어야 한다. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인 분야의 연구전담요원의 경우에는 자연계분야가 아닌 분야의 학사학위를 가진 자로 할 수 있다.

(5) 기술개발촉진법 시행규칙

제7조(기업부설연구소의 신고 등) ②영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

4. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)

5. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)

6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)

7. ～ 8. (생략)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면청구법인은1998.12.28. 본점소재지를 OOO로, 목적사업을 기타 자동차 부품 제조업 등으로 하여 설립되었고, 2007.1.15. 이 건 건축물 취득한 후, 2007.3.22. 청구법인 사단법인 OOO으로부터 이 건 건축물 중8,828㎡에 대하여 기업부설연구소로 인정받은 사실을알 수 있으며, 처분청 담당공무원이 작성한 이 건 건축물현지조사서(2011.11.17.)에는당초 기업부설연구소 인정면적이 8,828㎡이었으나 전체면적을 연구소로 사용 중에있다고 기재되어 있다.

(2)청구법인은 쟁점건축물은연구소의 운영을 위해서 필수적으로 사용되는 부수면적으로 기업부설연구소 면적으로 인정받지 못하였더라도 주 사용면적이 연구소로서 인정받았기 때문에 쟁점 건축물도 연구소로서 감면되어야 한다고 주장하지만,

「지방세법」 제282조 및 같은 법 시행령 제228조에 의한 취득세등의 면제대상이 되는 기업부설연구소라 함은 과학기술부장관으로부터기업부설연구소로 인정받을 당시 제출한 신고서상에 기재된 면적에 한정된다고 봄이 타당하다 하겠는 바,

청구법인의 경우, 이 건 건축물 중 소정의 절차에 따라 기업부설연구소로 인정받은 면적이8,828㎡인이상 취득세등의 면제대상은 이에한정된다 하겠고, 쟁점건축물을 연구소로 인정받은 면적의 부수시설 등으로 실제 기업부설연구소용에 직접 사용하였다 하더라도 지방세법령 상의 면제요건을 충족하였다고 볼 수는 없으므로청구법인의 주장을 받아들이기는어렵다고 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은잘못이 없다고판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문