조심 2008서4180 (2009.06.23)

법인

취소

벤처기업 유효기간이 만료된 이후에 갱신 신청하여 재인증을 받은 경우 벤처기업 확인이 취소되지 않는 한 유효기간 만료 시점부터 재인증시점까지의 기간도 창업벤처기업에 대한 세액감면이 적용됨

조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】/ 조세특례제한법시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

국심2006중3453

조심2012서5377 / 조심2016중1262 / 조심2018서2607

OOO세무서장이 2008.11.14. 청구인에게 한 2005.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 47,843,210원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.4.11. 디지털사진 사업으로 개업하여 2001.11.23., 2003.11.3., 2006.6.3. OOO으로부터 벤처기업임을 확인(2001.11.23.자 유효기간 : 2001.11.23.～2003.11.22., 2003.11.3.자 유효기간 : 2003.11.23.～2005.11.22., 2006.6.3.자 유효기간 : 2006.6.3.～2008.6.2.)받아 2003사업연도부터 창업벤처기업에 대한 법인세액 감면을 신청하였고, 2005사업연도 법인세 신고시 61,981,104원을 창업벤처기업에 대한 법인세 감면세액으로 하여 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구인에 대한 사후관리 결과 청구인에 대한 벤처기업확인서의 유효기간이 2005.11.22.에 만료되어 2005.12.31. 현재 창업벤처기업에 해당되지 않는다 하여 위 감면세액을 배제하고 중소기업에 대한 특별세액 감면액을 24,792,441원으로 하고 납부불성실가산세 10,654,551원을 가산한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2008.11.14. 청구인에게 2005사업연도 법인세 47,843,210원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

벤처기업 확인서의 유효기간이 2005.11.22. 만료된 사실만으로 벤처기업 확인이 취소된 것으로 보아 감면세액을 추징한 것은 관계법령을 유추·확장해석하여 적용한 것으로서 위법·부당하며, 청구인은 단지 갱신신청이 지연된 것에 불과하고 2006년 6월에 재인증을 받았음에 비추어 볼 때 2005.12.31. 현재 벤처기업의 실체가 유지된 것으로 판단함이 타당하므로 감면세액을 추징하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 「조세특례제한법」제6조 제2항의 규정에 의한 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은 법에 의한 세액감면을 적용받을 수 없는 것이고, 이후 잔존 감면 기간 중에 벤처기업확인서를 재발급 받은 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 잔존 감면기간 동안 창업벤처기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 것이다OOO.

(2) 청구인은 유효기간 만료 후 6개월 이상 경과한 2006.5.26.에서야 벤처기업확인을 신청하여 2006.6.3.에 벤처기업 확인서를 교부받은 점, 2006.6.3.자 벤처기업확인서상으로도 유효기간이 2006.6.3.～2008.6.2.로 되어 있는 점, 당해연도 말 현재 부득이 벤처기업의 인증을 받지 못한 경우 벤처기업확인서상 유효기간 내에 재인증을 신청하였다거나 적어도 당해 사업연도말까지 재인증을 신청한 경우에 한하여 벤처기업으로서의 실체가 유지되는 것으로 보아야 할 것인 점, 창업중소벤처기업 세액감면의 적용을 받을 수 있는 벤처기업은「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업 확인을 그 요건으로 하고 있으므로 유효기간이 만료된 경우 특별한 사정이 없는 한 세액감면을 적용받을 수 없는 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어 볼 때 청구인은 2005년말 현재 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 따른 벤처기업에 해당된다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

벤처기업 유효기간이 2005.11.22.에 만료되어 2005.12.31. 현재 창업벤처기업에 해당되지 않는다 하여 창업벤처기업에 대한 법인세 감면세액을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업” 이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

④ 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의 2의 요건을 갖춘 중소기업(동조 제1항 제3호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2004.12.31. 법률 제7288호로 개정된 것)

제2조【정의】①이 법에서 “벤처기업”이라 함은 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

제2조의2【벤처기업의 요건】① 벤처기업은 다음 각호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것

2. 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제47조의 규정에 의한 중소기업진흥공단(이하 “중소기업진흥공단”이라 한다) 등 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술 및 경영혁신에 관한 능력이 우수한 것으로 평가받을 것

3. 다음 각목의 1에 해당할 것

가. 기업의 자본금중 다음 각각의 1에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율 및 그 비율을 유지하는 기간이 각각 대통령령이 정하는 기준 이상인 기업

(1)～(6) (생 략)

나. 기업( 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기업부설연구소를 보유한 기업에 한한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령이 정하는 기준 이상인 기업

다. 다음 각각의 권리 또는 기술을 이용하여 사업화하는 기업(창업하는 기업을 포함한다)으로서 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제47조의 규정에 의한 중소기업진흥공단 등 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술성 또는 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업

(1) 특허권(특허출원을 한 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)

(2) 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 조세감면대상이 되는 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업과 관련된 기술로서 자체개발한 기술이거나 외국인투자촉진법 제25조의 규정에 의하여 외국인과의 기술도입계약의 체결에 따라 신고한 기술

(3) 기술이전촉진법 제2조 제5호의 규정에 의한 공공연구기관으로부터 이전받거나 동법 제6조의 규정에 의한 한국기술거래소를 통하여 이전받은 기술

(4) 다른 법률에 의하여 중앙행정기관이 연구개발에 관한 과제를 특정하여 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하는 연구개발기술로서 대통령령으로 정하는 기술

제25조【벤처기업의 해당 여부에 대한 확인】①벤처기업으로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 중소기업청장은 제1항의 규정에 의하여 요청을 받은 경우에는 산업자원부령이 정하는 기간내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 당해 기업이 벤처기업에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

제25조의2【벤처기업 확인의 취소】① 중소기업청장은 벤처기업이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의한 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 때에는 확인을 취소하여야 한다.

1. 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인 받은 경우

2. 제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우. 다만, 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인을 받은 날부터 6월이 경과하지 아니한 기업은 제외한다.

3. 휴업·폐업 또는 파산 등으로 대통령령이 정하는 기간동안 기업활동을 하지 아니하는 경우

4. 대표자·최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용하거나 은닉하는 등 기업경영과 관련하여 주주·사원 또는 이해관계인에게 피해를 발생하게 한 경우 등 대통령령이 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 2003.11.3. 및 2006.6.3. OOO으로부터 벤처기업임을 확인받았으나 벤처기업확인서의 유효기간이 2005.11.22.에 만료되어 2005.12.31. 현재 창업벤처기업에 해당되지 않는다 하여 위 감면세액을 배제하여 청구인에게 법인세를 과세한 내용이 처분청 심리자료에 나타나고 있다.

(2) 청구인은 벤처기업 확인의 갱신신청이 지연되어 2006년 6월에 재인증을 받았으므로 벤처기업 확인서의 유효기간이 2005.11.22. 만료되었다 하여 감면세액을 배제한 이 건 처분은 부당하다고 주장한다.

(3) 처분청 심리자료에 의하면 청구인은 2000.4.11.부터 심리일 현재까지 OOO에서 디지털사진인화업을 영위하는 것으로 나타나고 있고, 처분청도 청구인이 2005사업연도를 제외한 2003사업연도부터 2007사업연도까지 「조세특례제한법」제6조 제2항에 의거하여 법인세를 감면받은 내용에 대하여는 다투지 아니하고 있다.

(4) OOO이 2001.11.23. 발행한 벤처기업확인서OOO에 의하면 청구인이 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 2001.11.23.부터 2003.11.22.까지 벤처기업으로 확인(확인기준 : 신기술개발기업)받았고, 2003.11.3. 발행한 벤처기업확인서OOO에 의하면 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 2003.11.23.부터 2005.11.22.까지 벤처기업으로 확인OOO받았으며, 2006.6.3. 발행한 벤처기업확인서OOO에 의하면 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 2006.6.3.부터 2008.6.2.까지 벤처기업으로 확인OOO받았다.

(5) 청구인이 2001년 10월, 2003.10.24., 2006.5.25. OOO에게 벤처기업확인서를 발급신청하면서 제시한 특허는 디지털 이미지 온라인 인화방법OOO으로 동일한 특허로 나타나고 있다.

(6) 살피건대, 청구인이 동일한 특허로 2003.11.3. 과 2006.6.3.에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업임을 확인받은 사실과 단지 갱신신청이 지연되었다는 청구주장 및 2005사업연도를 제외한 2003사업연도부터 2007사업연도까지 창업벤처기업으로 법인세액을 감면받은 사실 등을 감안할 때, 청구인에 대한 벤처기업 확인은 2005사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다.

또한, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의2에서는 벤처기업 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 「조세특례제한법」제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있음을 볼 때 처분청이 2005사업연도 종료일 현재 청구인이 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다OOO.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.