재건축으로 취득한 아파트입주권의 장기보유특별공제 계산방법(경정)

OO세무서장이 2005.9.15 청구인의 경정청구(26,956,180원의 환급을 구하는 것)를 거부한 처분은 장기보유특별공제액 계산시 양도차익은 기존주택 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하고, 보유기간은 기존주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간으로 하며, 기준면적 미만 고가주택 해당여부는 입주권의 면적을 기준으로 하여 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구인은 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO OOOO OOOO(이하 “기존주택”이라 한다)를 1980.10.17. 취득하여 거주하던 중 기존주택이 2001.4.28. 재건축사업단지로 승인되어 2002.7.3 멸실등기되고, 기존주택에 대한 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOO OOOO OOOOO 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2003.6.26 김OO에게 1,122,015천원에 양도한 후, 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익 계산시 기존주택의 취득일로부터 재건축사업승인일(2001.4.28)까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 2003.5.30 2003년 귀속 양도소득세 92,994,610원을 신고·납부하였다.

청구인은 2005.9.15 쟁점입주권의 양도차익 계산시 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 재건축사업계획승인일 이후인 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 기 납부한 양도소득세 26,956,180원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2006.4.7 이에 대하여 거부처분을 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.4.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점입주권을 양도하고 양도소득세 예정신고시 재건축 사업승인전까지 보유기간에 대해서는장기보유특별공제를 적용하여 신고하였으나 쟁점입주권 부분에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하지 아니하였는 바, 소 득세법시행령 제155조 제16항의 규정에 의한1세대 1주택의 양도로 의제되는입주권의 양도는 그 입주권 전체 양도차익에 대하여장기보유특별공제를 한다는 국세심판결정례(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)가 있으므로‘부동산의 권리(쟁점입주권)에 대한 양도차익’에 대해서도장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

소득세법 제95조제2항 및 제3항, 동법시행령 제166조제1항제2호에서 고가주택의 장기보유특별공제는 소득세법 제94조 제1항제1호의 토지 및 건물에 대하여 적용한다고 규정하고 있고, 국세청예규에서도 1세대 1주택이지만 고가주택에 해당하여 양도소득세가 과세되는 재건축아파트 입주권의 양도인경우 장기보유특별공제는 기존주택 양도차익에만 공제할 수 있다고 유권해석하고 있어 이 건 쟁점입주권 양도시 장기보유특별공제를 배제한 경정거부처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재건축으로 취득한 아파트입주권의 양도가 소 득세법시행령 제155조 제16항에 의해 1세대 1주택의 양도로 의제되나, 고가주택으로 양도소득세가 과세되는 경우장기보유특별공제액의 계산방법

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (1999. 12. 28 개정)

1.～ 2.(생 략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 18 개정)

4. (생 략)

(2) 소득세법 제94조 【 양도소득의 범위】 ①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

(3) 소득세법제95조 【양도소득금액】 ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제1항제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. ～2. (생략)

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

③제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(4) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (2000. 12. 29 개정)

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다.이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 소득세법 제154조 【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 임대주택법에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년 이상인 경우 (1995. 12. 30. 개정)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우. 이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. (1999. 12. 31. 후단개정)

가.~다.(생 략)

3. 1년 이상 거주한 주택을 재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우 (1998. 4. 1. 직제개정)

(6) 소 득세법시행령 제155조 【 1세대1주택의 특례 】⑯도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다.

(7) 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】 ① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

(8) 소득세법시행령 제159조의 2【기준면적 미만 고가주택】 법 제95조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (2002. 12. 30 신설)

1. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택 (2002. 12. 30 신설)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택 (2002. 12. 30 신설)

(9) 소득세법시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】①법 제95조제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

법 제95조제1항의 규정에 의한 양도차익 ×((양도가액 － 6억원) / 양도가액)

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

법 제95조제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 ×((양도가액 － 6억원) / 양도가액)

②제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다

(10) 소득세법시행령 제166조【양도차익의 산정 등】①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]

2. 청산금을 지급받은 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

다. 사실관계 및 판단

(1) 기존주택의 등기부등본과 처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구인이 1980.10.17 기존주택을 취득하여 2001.6.22 신탁을 원인으로 기존주택의 아파트재건축조합에 소유권을 이전하였다가 신탁재산이 2003.6.27 청구인에게 귀속되었으며, 2003.6.26 김OO에게 쟁점입주권을 양도한 사실과 청구인이 공동주택에 해당하는 기존주택을 10년 이상 보유하다가 양도하였고, 쟁점입주권 양도일 현재 다른 주택을 소유하고 있지 않은 경우에 해당되어 쟁점입주권은 소 득세법시행령 제155조 제16호에 의한 1세대 1주택에 해당되며, 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 한편, 청구인은 1세대1주택으로서 고가주택에 해당하는 쟁점입주권을 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 부분의 양도차익을 계산하면서 기존주택의 취득일부터 재건축사업계획승인일까지의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제 114,769,776원을 적용하여 2003.5.30 예정신고를 하고 양도소득세 92,994,610원을 자진신고· 납부하였으나, 청구인은 2005.9.8 쟁점아파트의 양도차익 계산시 기존주택 부분만 아니라 입주권 부분에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 동 공제액을 당초 114,769,776원에서 238,822,302원으로 증액하여 기 납부한 양도소득세 92,994,610원 중 26,956,180원에 해당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 확인된다.

(3)위 법령에 의하면 장기보유특별공제는 토지·건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있다.

그러나, 예외적으로 재건축아파트 입주권 중 1세대1주택으로 의제되는 입주권(사업계획승인일 현재 철거된 종전주택이 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 것으로서 양도 당시 다른 주택을 소유하지 아니한 경우의 것)의 양도에 대하여는 1세대1주택 비과세제도 적용시 납세자간 과세형평 등을 도모하고자 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 조세정책상 이를 주택(부동산)의 양도로 의제하여 비과세하도록 규정하고 있고, 1세대1주택으로 의제되는 재건축아파트 입주권 중 양도가액이 6억원을 초과하는 입주권은 이를 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 분에 대한 양도차익에 대하여는 양도소득세를 과세함을 알 수 있는 바,

위 규정내용 등을 종합하면, 이 건 재건축아파트 입주권과 같이 1세대1주택으로 의제되나, 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원에 대하여는 비과세하고 6억원을 초과하는 분에 대하여 과세하는 경우, 소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택(부동산)인 것으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하고, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용률은종전주택의 보유기간 뿐만 아니라 입주권 상태로의 보유기간까지 즉,종전주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용하며,주택면적에 따른 적용률은 철거된 종전주택의 면적이 아닌 입주권에 의하여 분양받을 재건축아파트의 면적을 기준하여 적용함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문