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주문
1. 피고가 2014. 7. 7. 원고에게 한 2012년 사업연도 법인세 942,608,530원의 부과처분을 취소한다.
2....
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1996. 6. 20. 설립되어 자동화 설비 제작, 무역업 등을 영위하는 회사이다.
나. 원고는 2009년 사업연도까지 조세특례제한법의 중소기업으로서 조세특례를 받다가, 2010년 사업연도에 매출액이 100,000,000,000원을 초과하면서, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항 본문, 제1항 단서에 따라 2010년 사업연도부터 2013년 사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.
다. 원고는 2012. 10.경 종속회사인 톱텍HNS 주식회사를 설립(지분 약 94% 투자)하였다.
2012년 사업연도 기준 원고는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이고, 2012. 12. 31. 기준 톱텍HNS 주식회사의 매출액은 없으나, 원고의 매출액은 148,319,631,037원이며, 자기자본은 104,500,000,000원이다. 라.
원고는 2013. 4. 1. 피고에게 2012년 사업연도 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조에 따라 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용한 세액을 신고하였다.
마. 피고는 2012. 12. 31. 기준으로 원고가 톱텍HNS 주식회사와 관계기업으로 매출액 합계가 100,000,000,000원 이상이므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다.
목에 정한 기준을 충족하지 못하여, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 유예기간이 적용되지 않는다고 판단하고, 2014. 7. 7. 원고에게 2012년 사업연도 법인세 신고시에 원고가 적용한 중소기업특별세액감면을 배제한 법인세 942,608,530원을 경정ㆍ고지 이하 ‘이 사건 처분’이라...