원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 등록세와 같은 신고납부방식의 조세의 경우에는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정된다.

따라서 그와 같이 확정된 납세의무를 이행함에 따라 지방자치단체가 납부된 세액을 보유하는 것은 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 부당이득이 된다고 할 수 없다.

이때 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지 여부는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다

(대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결, 대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81257 판결 등 참조). 한편 신고납부방식의 조세채무와 관련된 과세요

건이나 조세감면 등에 관한 법령의 규정이 특정 법률관계나 사실관계에 적용되는지 여부가 법리적으로 명확하게 밝혀져 있지 아니한 상태에서 과세관청이 그 중 어느 하나의 견해를 취하여 해석운영하여 왔고 납세의무자가 그 해석에 좇아 과세표준과 세액을 신고ㆍ납부하였는데, 나중에 과세관청의 해석이 잘못된 것으로 밝혀졌더라도 그 해석에 상당한 합리적 근거가 있다고 인정되는 한 그에 따른 납세의무자의 신고ㆍ납부행위는 하자가 명백하다고 할 수 없어 이를 당연무효라고 할 것은 아니다.

2. 가.

원심은 채용한 증거에 의하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.

① 원고는 회사정리절차가 진행 중이던 인천정유 주식회사(이하 ‘인천정유’)와 흡수합병계약을 체결하고 2006. 1. 18....