조심 2019지2005 (2020.01.07)

취득

취소

쟁점①은 청구인은 2017.12.28. 쟁점부동산의 매매계약 특약사항에서 정한 방법으로 잔금을 지급하여 쟁점부동산을 취득한 것으로 보는 것이 타당하므로, 향후 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 2017.12.28.부터 3년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 종교용으로 사용하지 않는 경우 기 감면한 취득세 등을 다시 추징할 수 있음을 별론으로 하더라도, 이 건 취득세 등의 부과처분은 감면 유예기간이 경과하지 아니하여 추징요건이 완성되지 아니한 때에 한 처분으로서 잘못이 있다고 판단됨. 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리의 실익이 없어 이를 생략함.

지방세법 시행령제20조 제2항

조심2010지0842 / 조심2012지0646 / 조심2016지0079

OOO이 2019.2.8. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2015.9.8. OOO 외 4필지에 소재하는 건물 3,760.08㎡ 및 부속토지 1,848㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득한 것으로 보아 2015.9.11. 처분청에 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따른 종교단체가 종교 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 2016.4.20. 및 2018.10.4. 쟁점부동산에 현지 출장하여 확인한 결과, 전 소유자인 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 쟁점부동산을 사용하고 있는 것을 확인하고, 청구인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2019.2.8. 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2015.7.27. OOO와 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하고 2015.9.8. 소유권이전등기를 하려 하였으나, 매매계약의 무효 여부 등을 둘러싼 분쟁으로 잔금을 지급할 수 없어 청구인은 목적물의 보전을 위하여 2017.12.28. 근저당채권자인 OOO에게 OOO원을 지급하고 근저당권을 이전받았다.

유상승계취득의 경우 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건 또는 소유권 이전의 형식도 갖추지 아니한 이상 구 「지방세법 시행령」 제73조 제1항 소정의 잔금지급일이 도래하였다고 하여도 취득세 납세의무가 성립하였다고 할 수 없다고 판시(대법원 2013.10.23. 선고 2002두5115 판결)하고 있는바, 매매계약에서 잔금을 지급하기로 한 날짜에 잔금이 지급되지 않았다면 잔금지급일이 도래되었다 하더라도 취득세 납세의무가 성립되지 않았다는 것으로서 「지방세법 시행령」 제20조 제2항 제2호의 규정은 대금의 지급이 이루어졌으나 그 시점이 불분명한 경우에 취득시기를 명확히 하기 위한 규정으로 보는 것이 타당하다.

청구인이 2017.8.28. OOO를 상대로 소유권이전등기 청구소송을 제기하여 2019.2.15. 승소하였고, 피고는 항소 및 상고를 제기하였으나 2019.11.14. 대법원의 판결(2019.11.14. 선고 2019다258651 판결)로 확정되었는바, 위 판결내용을 보면 청구인이 OOO와 협의에 의해 정한 잔금 지급방법으로 OOO를 통하여 OOO에 대한 근저당채무 OOO원을 변제하였다고 보여 그로서 청구인의 잔금지급의무가 이행되었다고 볼 수 있다고 판단하였으며, 위 판결에 의하더라도 잔금지급일은 빨라도 2017.12.26.로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구인은 다음과 같이 쟁점부동산의 매매계약을 완결짓기 위하여 진지하게 노력하여 왔음에도 잔금지급 예정일인 2015.9.8.부터 3년 이상 경과하도록 쟁점부동산을 인도받지 못한 것은 매도자인 OOO 측의 사정에 기인한 것으로 정당한 사유가 있다 할 것이다.

쟁점부동산의 잔금 지급과 매매 목적물의 인도 및 소유권이전등기는 동시이행의 관계에 있으므로 소유권이전등기를 받기 어려운 상태에서 잔금을 먼저 지급할 수 없으며, OOO는 쟁점부동산의 명도일의 연기를 요청하여 연장하여 주었으나 그 약속이 이행되지 아니하여 소유권등기 이전서류를 요구하여 2015.10.12. OOO지방법원 OOO에 소유권이전등기를 신청하였지만, 등기소에서 OOO의 교인들로부터 진정이 들어와 소유권이전등기가 불가하다며 2015.10.23. 각하 하였다.

청구인은 OOO에 강력히 항의하면서 조속히 계약상의 의무를 이행하도록 독촉하였음에도 불구하고 이행하지 않아, 청구인은 2015.10.22. 부동산처분금지가처분을 설정하였고, 소유권이전 청구 소송을 제기하려 하였지만 OOO의 교인 중 7명이 OOO와 청구인을 상대로 매매계약무효확인 청구소송을 제기하였으며, 이전 소유자인 OOO의 무효확인 소송, OOO의 회생신청 등으로 소유권이전등기를 신청할 수 없는 상태에서 잔금을 지급한다는 것은 기대할 수 없었다.

청구인은 회생사건에서 대리인을 선임하여 2017.6.20. 관리인을 상대로 계약을 해제할 것인지에 대한 답변을 촉구하였고, 2017.8.2. 회생절차 폐지 결정이 있은 후 2017.8.28. OOO를 상대로 소유권이전등기 청구소송를 제기하여 2019.2.15. 승소판결을 받았으나 인도를 거부하고 있다.

청구인은 쟁점부동산을 인도받지 못한 상태에서도 매매 목적물이 경매되지 않도록 2017.12.28. 쟁점부동산이 담보로 제공된 OOO(OOO에서 양도)에 대한 근저당채무를 대위변제하고 근저당권을 이전받을 조치를 하였다.

청구인은 쟁점부동산의 매매계약을 체결하고 매매대금 중 OOO원을 지출하였으나 현재까지 인도받지 못하고 있고, 목적물 보전을 위하여 2017.12.28. 잔금에 상응하는 OOO원을 투입하였으며, 쟁점부동산을 종교시설로 직접 사용하고자 하는 절박한 당사자는 청구인으로서, 적법한 절차에 따라 취득하였으나 이를 목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」 제50조 제1항에서 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고 다만, 다음 각 호(1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우. 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우. 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우)의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 종교단체가 취득한 부동산을 “종교행위를 목적으로 하는 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 종교사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 종교 단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이고, 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세대상이 되는 것은 취득자가 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것(조심 2010지0842, 2011.8.9.)이다.

「지방세특례제한법」 제50조에서 추징을 배제하는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되며, 이 때 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상‧사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 종교단체가 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(대법원 2013.9.12. 선고, 2012두20311 판결, 같은 뜻임)고 할 것인바,

청구인이 쟁점부동산에 대한 등기신청 당시 전 소유자의 교인들과의 분쟁이 발생하였고, 이로 인하여 소유권이전등기가 각하 결정되어 쟁점부동산에 대한 등기가 이루어지지 않았으므로, 취득 후 유예기간 내에 쟁점부동산에 대한 소유권을 이전함에 있어 장애 사유가 발생할 수 있는 것을 충분히 예측할 수 있었음에도, 취득일부터 60일 이내에 쟁점부동산에 대한 계약을 해제하지 않고 부동산처분금지가처분에 대한 소송을 제기한 점, OOO를 대상으로 한 소유권이전등기 청구소송도 2년여가 경과한 2017.8.28. 제기한 점, 청구인과 대표자 및 소재지를 달리하고 있고 별도의 신도가 존재하는 별개의 독립된 비영리사업자인 OOO가 사용하고 있는 점 등은 청구인이 쟁점부동산을 고유 업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기에는 무리가 있으며, 청구인이 쟁점부동산을 사용하고자 함에 있어 법령에 의한 금지, 제한 등이 있었던 것도 아니고 청구인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것(조심 2012지0646, 2012.11.12.)이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인이 쟁점부동산을 매매계약서상 잔금지급일에 취득한 후 그로부터 3년 이내에 종교목적으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

② 청구인이 쟁점부동산을 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때

(2) 지방세법(2015.7.24. 법률 제13427호로 개정된 것)

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

2. "부동산"이란 토지 및 건축물을 말한다.

제7조(납세의무자 등) ② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공안전법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」 또는 「수산업법」 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(3) 지방세법 시행령(2014.8.12. 대통령령 제25545호로 개정된 것)

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

가. 화해조서ㆍ인낙조서

나. 취득일부터 60일 이내에 작성된 공정증서 또는 「부동산 거래신고에 관한 법률」 제3조에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 교부한 거래계약 해제를 확인할 수 있는 서류 등

(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것)

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인은 기독교 선교 등을 목적사업으로 하여 설립된 종교단체로서, OOO을 소재지로 하여 2003.6.1. 설립된 것으로 고유번호증에 나타난다.

(나) 청구인은 2015.9.8. 쟁점부동산을 OOO로부터 OOO원에 매매로 취득한 것으로 보아, 종교 용도에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 2015.9.11. 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

(다) 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 청구인은 2015.7.27. 쟁점부동산의 계약금 OOO원과 중도금 OOO원을 지급하고 영수증을 수령하였으며, 잔금 OOO원은 2015.9.8. 지불하되, 특약사항에 잔금은 OOO을 매수인이 인수하여 변제한다고 되어 있다.

(라) 청구인은 2015.10.12. OOO지방법원 OOO에 소유권이전등기를 신청하였지만, OOO등기소는 OOO의 매각 관련 서류의 미제출 및 운영위원회의 결의 등의 요건을 충족하지 못하여 2015.10.23. 각하 하였다.

(마) 청구인은 2015.11.2. 쟁점부동산에 부동산처분금지가처분등기를 하였고, OOO지방법원은 2016.9.23. OOO 주식회사를 채권자로 하여 쟁점부동산의 임의경매를 개시하였으며, 2017.5.4. OOO의 회생절차가 개시되었으나 2017.8.2. 폐지 결정된 것으로 나타난다.

(바) OOO의 회생절차가 2017.8.2. 폐지 결정됨에 따라 청구인은 2017.8.28. OOO(피고)를 상대로 OOO지방법원에 소송을 제기하였고, OOO는 2019.2.15. 청구인에게 쟁점부동산에 대하여 2015.7.25. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라고 판결받은 것으로 나타나며, 피고는 2019.2.25. 항소와 상고를 제기하였으나 OOO고등법원은 2019.7.24. 원고(청구인)는 OOO와의 협의에 의하여 정한 잔금 지급방법으로서 OOO를 통하여 OOO에 대한 근저당채무 OOO원을 변제하였다고 보이므로 이 사건 매매계약상의 원고의 잔금지급이무는 이행되었다고 봄이 상당하다고 판결하였으며, 대법원은 2019.11.14. 이를 확정하였다.

(사) OOO 주식회사는 2014.3.5. 채권최고액 OOO원으로 하여 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 근저당권자로 설정되어 있었고, 2017.12.27. OOO 안수집사인 OOO가 대위변제하고 이를 인수하였으며, 청구인이 2017.12.28. 확정채권대위변제를 하고 OOO의 근저당권을 인수하면서 OOO원을 지급하고 영수증을 수령한 것으로 나타난다.

(아) 처분청은 2016.4.20. 및 2018.10.4. 현지 출장하여 확인한 결과, OOO가 쟁점부동산을 사용하고 있는 것을 확인하고, 청구인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2019.2.8. 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「지방세법 시행령」 제20조 제2항에서 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다고 규정하면서 그 제1호에서 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일을, 그 제2호에서 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일을 규정하고 있다.

위의 「지방세법 시행령」 제20조 제2항 제2호에서 사실상의 취득가액이 입증되지 아니하는 유상승계취득의 경우 그 취득시기를 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 것은 「지방세법」 제7조 제2항에서 규정한 사실상으로 취득한 때가 분명하지 않거나 사실상의 취득이 계약상의 잔금지급일과 견련되었을 때 그 취득시기에 대한 의제일 뿐 현저하고 명백한 사실상의 취득시기를 배제하는 것은 아니라고 할 것인바, 비록 사실상의 취득가격이 입증되지 아니하는 취득이라 하더라도 사실상의 잔금지급일이 금융거래내역, 등기부등본 등에 의하여 확인되는 경우에는 사실상의 잔금지급일을 취득시기로 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2016지79, 2016.6.22., 같은 뜻임)이다.

처분청은 청구인이 쟁점부동산을 매매계약서상의 잔금지급일에 취득한 후 그로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징대상이 되었다는 의견이나, 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면 청구인은 2015.7.27. 계약금 OOO원과 중도금 OOO원을, 2015.9.8. 잔금 OOO원을 지급하되, 특약사항에 잔금은 OOO 주식회사 OOO원을 매수인이 인수하여 변제한다고 기재되어 있는 점, OOO 주식회사는 2016.9.23. 쟁점부동산의 임의경매를 신청한 사실이 있어 청구인이 계약상의 잔금지급일에 매도인의 부채를 인수하지 못한 것으로 보이는 점, 등기사항전부증명서에 의하면 OOO 주식회사는 2014.3.5. 채권최고액을 OOO원으로 하고 채무자를 OOO로 하여 쟁점부동산에 근저당권 설정등기를 하였고, OOO는 2017.6.16. 확정채권 양도를 원인으로 하여 2017.6.2.1. 위의 근저당권의 이전등기를, OOO는 2017.12.26. 확정채권 대위변제를 원인으로 2017.12.27. 위의 근저당권이전등기를, 청구인은 2017.12.28. 확정채권 대위변제를 원인으로 2018.1.4. 위의 근저당권이전등기를 한 것으로 기재되어 있는 점, OOO지방법원은 청구인이 제기한 쟁점부동산의 소유권이전등기 소송에서 청구인이 OOO와의 협의에 의하여 정한 잔금 지급방법으로서 OOO를 통하여 OOO의 근저당채무 OOO원을 변제하였다고 보이고, 이에 따라 청구인의 잔금 지급의무는 이행되었다고 봄이 상당하다고 판결(OOO지방법원 2019.7.24. 선고 2019나10919 판결, 2019.11.14. 대법원 판결로 확정)하고 있는 점 등에 비추어,

청구인은 2017.12.28. 쟁점부동산의 매매계약 특약사항에서 정한 방법으로 잔금을 지급하여 쟁점부동산을 취득한 것으로 보는 것이 타당하므로, 향후 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 2017.12.28.부터 3년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 종교용으로 사용하지 않는 경우 기 감면한 취득세 등을 다시 추징할 수 있음을 별론으로 하더라도, 이 건 취득세 등의 부과처분은 감면 유예기간이 경과하지 아니하여 추징요건이 완성되지 아니한 때에 한 처분으로서 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.