서울행정법원-2012-구합-40469 (2013.08.22)

내국법인의 위탁 연구개발비세액공제대상요건, 재위수탁의 경우에 연구개발비 세액공제 가능여부

금융업의 전산시스템 개발 용역을 수탁한 경우도 연구개발비세액공제 대상이며, 재수탁에 지출되는 연구개발비 역시 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당함. 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에도 세액공제대상헤 해당한다고 봄이 타당하다

조세특례제한법 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)

서울고등법원2013누27380

〇〇보험주식회사

KK세무서장

서울행정법원 2013. 8. 22. 선고 2012구합40469판결

2014. 5.13.

2014. 6. 3.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2, 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2011. 6. 27. 원고에 대하여 한 2005. 4, 1~2006. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원의 부과처분을 취소한다는 판결

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고，원고의 청구를 기각한다는 판결

1. 처분의 경위

"가. 원고는 손해보험업을 영위하는 법인으로 2005. 4. 1. - 2006, 3, 31. 사업연도(이하 '2006 사업연도'라 한다)에 **정보기술 주식회사i이하**정보기술 이라 한다)와 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결한 다음 그 대금으로 00,000,000원(이하 사건 연구개발비1라 한다)을 지급하였다.",나. 원고는 2006 사업연도 법인세 신고시 구 조세제한특례법(2006. 12. 30. 법률 제 8146호로 개정되기 전의 것, 이하『구 조세특례제한법비라 한다) 제10조에 따라 0,000,000원의 연구개발비 세액공제를 한 후 위 사업연도의 법인세를 신고.납부하였다.

"다. 감사원은 피고에게 수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비는 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 지적하였고, 피고는 2011, 6. 27, 위 와 같은 감사원의 감사지적 에 따라 원고가 2006 사업연도에 지출한 연구개발비 중 이 사건 수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비 00,000,000원에 대한 연구개발비 세액공제를 배제하여, 원고에게 2006 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원을 경정.고지하였다(그 중; 연구개발비 세액공제 배제로 인한 부과금액은 7,183,671,479원이고 나머지는 수입배당금 관련된 부분인데, 이하 뒤에서 보는 바와 같이 위 부과금액에서 감액 경정되고 남은 0,000,000원의 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).", "라. 원고는 이에 불복하여 2012. 1. 20, 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2012. 6. 27. .피고가 2011. 6. 27. 원고에게 한 2006 사업연도 귀속 법인세 부과처분은 이 사건 수탁업체가 재위탁하고 지급한 금액 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액에 대하여 연구개발비 세액공제 대상으로 하여 2006 사업 연도 귀속 법인세를 경정한다'는 내용의 재조사 결정을 하였다.",마. 이에 피고는 2012. 8. 29. 위 2006 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 0,000,00원을 감액 경정하였다.

[인정 근게 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을

제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 〕

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는, 구 조세특례제한법 및 같은 법 시행령에 따르면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 연구개발비는 '국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁

함에 따른 비용'을 말하는 것으로 연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지 및 문언 해석상 전담부서를 두고 있는 수탁업체에 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 위하여 연구개발비를 지급한 경우라면 그 비용은 모두 연구개발비 세액공제의 대상에 해당하는 것인데, 피고는 수탁업체가 전담부서를 보유하고 있고i 않은 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비에 대하여 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다고 보고 이 사건 처분을 하였는바 이는 합리적 이유 없이|원고에 대한 세액공제의 범위를 축소한 것으로서 위법하다고 주장한다.

(2) 피고의 주장 |

"피고는, ① 원고가 주장하는 연구개발용역 위4에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았을 뿐만 아니라 ② 원고가 재수탁업체라고 주장하는 AAA 유한회사(이하 1 AAA라 한다)는 재수탁업체가 아니라 수탁업체이고, ③ AAA 가 재수탁업체라고 하더라도 수탁업체가 재위탁_ 부분에 해당하는 연구개발비는 세액공제 대상이 아니며，④ 설령 재위탁한 부분에 해|당하는 연구개발비가 세액공제대상에 해당한다고 하더라도 전담부서를 보유하지 않은i 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제 대상이 아니다고 주장한다.",나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다,

다. 판단

i

(1) 쟁점의 정리

구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호，같은 법 시행령…006. 12. 30. 대통령령 제19811호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 지ㅣ2항，[별높 6] 제1호 나목 ①，㉲에 의하면，중소기업이 아닌 내국법인이 국내외 기업의 연구tl관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위축함에 따른 비용은 연구개발비로 세액공제 대상에 해당한다고 규정하고 있다, 이와 관련하여 원.피고가 다투는 "①원고가 위탁한 용역이 연구개발용역에 해당하는지，②k연구개발용역에 해당한다면) AAA 가 수탁업체 인지 아나면 재수탁업체인지 , ③ AAA 가 재수탁업 체 라면) 수탁업체가 직접 연구개발용역을 수행하여야 하는지, ④ (위탁에 따른 용역비가 공제대상에 해당한다면) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유해야 하는지"가 문제 된다.

(2) 인정사실

갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기^(가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. |

① 원고는 2005년경 전산시스템(ERP1〉, EDW2),| EAI1 2 3))을 새롭게 개발할 계획을 수립하고, 세부시스템 별로 구분하여 각기 다른 전문업체들로부터 입찰제안서를 받아 검토한 결과 내부적으로 ERP 관련 컨설팅 및 개발은| AAA 에게, ERP 중 기간계는 **정보기술에게，ERP 패키지도입은 BBB코리아 주식회사(이하 'BBB 라고 한다)에게, EDW는 HH정보기술 주식회사(이하 HH정보기술'이라 한다)에게, EAI는 WWW코리아 유한회사(이하 WWW'라고 한다])에게 각 위탁하기로 결정하였으나，전산시스템 구축은 업무적으로 상호 유기적으로 연관되어 있고 기술적인 측면에서 전체 통합 아키텍처를 고려하여 구성되어야 하며 프로젝트 진행 시 전체적으로 일관성있고 효율적으로 관리되어야 한다는 이유로 프로젝트 전반을 책임지고 통합.관리할 하나의 업체만을 수탁업체로 선정하기로 하였다. 한편 ERP 중 기간계의 수탁업체로 내정된 **정보기술은 EDW 관련하여서도 입찰제안서를 제출하였는 바, 위 회사를 제외하고 두 부분이상에 입찰제안서를 제출한 회사는 없었다,

② 위와 같이 내부적으로 선정된 5개 회사는 命고의 전산시스템 구축과 관련하여 위 전산시스템 구축 전반을 통합 관리할 주계약자| **정보기술을 선정하기로 합의하였다.

"③ 원고는 2005. 6. 27. **정보기술과 전산시스템 구축을 위한 연구개발용역계약(당사자 사이에 체결된 계약서에 1도급계약1을 체결하는 것으로 기재되어 있다. 이하이 사건 계약끼라 한다)을 체결하였는데, 그 계약서에 의하면 위 전산시스템 구축과 관련된 수급인은 **정보기술이지만, 위 전산시스템의 세부시스템과 소프트웨어를 어느 업체가 설치하고 구축할지는 **정보기술과 각 하도급업체 사이에서 합의하여 정하되 원고가 추후 승인하는 개별 하도급계약서에 따라야 하고(계약서 제3조), 납품과 검수 역시 **정보기술과 하도급업체 사이에서 합의하되 원고가 추후 승인하는 개별 하도급계약서에 기재사항과 일치하여야 한다(계약서 제7조).",④ 원고는 이 사건 계약에 따라 동부점보기술세 그 대금으로 22,236,195,000원을 지급하였고, **정보기술은 이중 9,017,814원을 자이 직접 수행한，부분에 대한 대금으로 수령하고，나머지 대금 중 8,454,996,000원살 AAA에게 , 0,000,000,000원

을 HH정보기술에게，000,000,000원을CC커뮤니케이션 주식회사(위 회사가 어떤 경위로 위와 같이 내부적으로 선정된 BBB와 WWW 대신 하도급업체로 선정되었는지는 명확히 알 수 없다) 지급하였는바,; **정보기술이 나머지 업체들에게 돈을 지급하는 과정에서 이윤을 취하지는 않은 것으로 보인다.

(3) 연구개발용역에 해당하는지 여부

구 조세특례제한법은 병구개발'에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않았으나, 현행조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있는바, I

"① 원고가 위탁한 용역은 대형 금융업의 실현, 핵심 혁업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동인 점, ②I국세청은 금융보험업을 영위하는 내국법인이 전담부서를 보유한 업체에 위화한 전산시스템 개발용역은 연구개발용역에 해당한다 고 해석한 점(2010. 7. 14. 법인세과-675)1 ③ 피고는 원고가 위탁한 용역이 연구개발용역임을 전제로 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제 대상에서 배제하여 당초 처분을 한 점, ④ 현행 조세특례제한법 제9조 제5항에진전'이나 '새로운'이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만, 여기에서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로, 피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인신규성과 '진보성'까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없는 점 등을 종합해 보면, 원고가 위탁한 용역은 연구개발용역에 해당한다고 봄이 타당하다.",(4) AAA 가 수탁업체인지 아니면 재수탁업체인지 여부

앞서 인정한 사실에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정，즉 ① 원고가 내부적으로 전산시스템의 각 부분별로 대상업체를 따로 정하였다가 전체적으로 일관성 있고 효율적으로 관리되어야 한다는 이유로 프로젝트 전반을 책임지고 통합・관리할 수탁업체 **정보기술을 선정 한 점, ② **정보기술은 위 상업체들 중 유일하게 두 부분에 대해 입찰제안서를 제출하였고，대상업체로 선정된부분도 금융희사의 영업을，위한 메인시스템인 기간계 시스템에 대한 부분이므로, 대상업체들 중에서 전체 전산시스템 개발을 관리하기에 적정해 보이는 점③ 원고는 **정보기술을 유일한 수탁업체로 선정하여 2005. 6. 27. **정보기술과 전산시스템 구축을 위한 이 사건 계약을 체결한 점，③ **정보기술은 이，사건 계약 내용 중 일부에 대해 AAA 등과 하도급 계약을 체결하였고, 그 후에 사후적으로 원고로부터 승인받은 점, ④ 원고는 이 사건 계약에 따른 대금을 모두 **정보기술에 지급하였고 AAA 는 **정보기술로부터 하도급계약의 내용에 따른 대금을 지급받은 점，⑤ 원고가 입찰제안서를 제출받아 내부적으로 대상업체를 정하고 각 업체가 수행할 부분을 정하였지만, 이 사건 계약을 체결한 니후 대상업체 및 대상업체가 수행할 부분이 **정보기술과의 하도급계약을 통해 일부 변경된 점 등을 종합하여 보면, 비록 AAA 가 **정보기술 사이의 하도급계약 내용을 원고로부터 승인받는 절차를 거쳤다고 하더라도 원고로부터 직접 연구개발용역을 위탁받은 수탁자로 보기는 어렵고, 단지 이 사건 수탁업체인 **정보기술로부터 연구개발용역을 하도급의 형식으로 재위탁받은 업체라고 봄이 타당하다.

(5) 수탁업체가 재위틱1한 부분에 해당하는 연구개발비가 세액공제 대상이 아닌지 여부

"구 조세특례제한법 제10조에서 규정하고 있는 연구+인력개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 연구개발서비스업을 영위하는 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 기술인력개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 그액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 취지가 있으므로 위와 같이 일정한 자격을 갖춘 :연구기관 등의 연구 및 인력개발에 소요된 비용만을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것이다.",이렇게 볼 때, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6]에서 세액공제의 대상으로

"열거한 비용 중 1호 나목 ①에서 규정하는 "위탁"이라i 함은 그 아래 ㉮에서 ㉷까지 열거하는 대학, 연구기관 또는 기업 등에게 기술개발용_을 의뢰하는 것을 가리키고，이때 체결되는 연구개발용역계약은 개개의 약정에 의하여 그 내용이 결정될 것이지만 연구개발이 가지는 특성상 일의 완성을 목적으로 삼기 어려운 면에서 대체로 위임계약에 유사할 성질을 가질 것이지만 목표로 삼은 기술개발의I 성취를 지향하는 면에서 도급의 성질도 아울러 가지는 일종의 무명계약의 형태를 취할 가능성 크다. 그리고 세액공제의 대상이 되는 비용은 위 별표에서 열거하고 있는 ㅘ학，기관 또는 기업 등에게 지급된 비용으로서 위탁에 따른 것이어야 하므로 만일 수i탁자가 위탁받은 연구개발용역의 일정부분을 제3자에게 재위탁함으로 인하여 발생한 비용도 여기에서 말하는 세액공제의 대상이 되는위탁함에 따른 비용이 되는지가 문제로 된다.",살피건대，원만한 기술개발을 위해서는 여러 분야의 전문가로부터 기술적 지원을 받을 필요가 당연히 생;길 뿐만 아니라 굳이 다른 전문가의 협력을 배제하여야 할

"아무런 이유가 없으므로 연구개발용역계약의 경우에 재위탁의 길을 폭 넓게 열 필요가 있고 이 점은 연구개발을 위한 세액공제제도에서도 적극 장려할 사항이므로 재위탁을 포함한다는 명문의 규정이 존재하는지 여부를 위탁'의 개념 속에 재위탁'도 당연히 포함된다고 해석하여야 할 것이다{이 점에서 2012. 2.| 2. 대통령령 제23590호로 구 조세특례제한법 시행령을 개정하면서 [별표 6] 1호의 나목을 개정하면서 위탁(재위탁을 포함한다)'라고 규정한 것은 단자 주의적인 의미를 가질 뿐 위탁의 범위에 재위탁을 새롭게 포함시키는 창설적 개정은 아니라고 보인다. 다만，제1차적 연구개발용역계약의 상대방 증 수탁자가 위 별표에서 열거하고 있는 기관이나 기현에 해당하지 않는다고 할지라도 그로부터 재위탁받은 자가 그 자격요건을 갖춘 기관이나 기업이라면 그 재수탁자에게 지출되는 연구개발비용 역시 여기서 말하는 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당하는지 여부가 문제될 수 있는데, 이 경우에도 세액i공제의 대상이 됨을 밝히는 의미를 가질 수 있다}",(6) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않은 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부

앞서 본 법리에 위 인정사실에 의해 인정되는 다i과 같은 사정들을 종합해 보면, 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에도 세액공제대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 이 사건 규정은 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용"이라고 규정하고 있는바j 문언 해석상 원고가 지출한 비용이 국내외 기업의 연구기관 또는 전달부서에" 기술개발용역을| "위탁1'함에 따른 비용에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 것이^.로, 수탁업체(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서)는 수탁받은 연구개발용역을 모두 자신의 전담부서에서 수행할 필요는 없고, 전담부서 외의^ 다른 부서 또는 재수탁업체(전담부서 보유 불문)로 하여금 수행하게 할 수 있다.

② 대규모 전산개발용역의 경우 개별 시스템을 합+연결하는 것이 개발의 핵심적인 요소라 할 것이고, 수탁업체는 원고에 대하여 계약이행책임，하자보수책임，이행지체책임, 유지보수책임，손해배상책임 등 직접 계약상의 의무를 부담하는 등 수탁업체의 역할과 책임이 중요하AM로，이 사건 규정은 수탁업체의 전담부서 보유를 연구개발비 세액공제의 요건으로 정하고 있다. 반면, 재수탁업체는 원고에 대하여 직접적으로 아무런 책임을 부담하지 않고，수탁업체가 원고에 대하여 최종적인 책임을 부담하므로, 연구개발비 세액공제에 있어서 재수탁업체까지 전담부서를 보유해야 할 필요는 없어 보인다(이는 수탁업체가 전담부서 외의 다른I 부서로 하여금 연구개발용역 일부를 수행하게 하는 것과 마찬가지이다).

③ 용역수행의 결과물이 연구개발용역에 해당하고，그 연구개발용역이 전담부서를 보유한 수탁업체와의 위탁 계약에 따라 수탁업체의 계산과 책임하에 이루어졌다면, 연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지에 어긋나지 金는다고 볼 수 있고，수탁업체가 이를 전담부서를 보유하지 않은 제3자에게 재위탁하였다고 하여 위탁자인 원고가 연구개발비 세액공제 규정을 악용하였다고 보기는 어렵다.

④ 한편 2013. 2, 15. 대통령령 제24368호로 개|정된 조세특례제한법 시행령 [별

표 6] 제1호 나목은 이 사건 규정 중 국내i| 기업의 |연구기관 또는 전담부서" 부분을 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 에서 직접 수행한 부분에i 한정한다)"으로 개정하여 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용을 명시적으로 세액공제 대상에서 배제하였다(위 개정| 규정은 2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용된다).

⑤ 피고가 들고 있는 서울고등법 원 2010누25635 판결은 자체 연구개 발의 경우

그 지출 비용(전담부서 등에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자」의 인건비)이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지가 문제되는 사안으로, 위탁연구재발의 경우와는 연구개발비 세액공제의 대상，요건 등이 다르므로 이 사건에 이를 그대로 원용하기에는 적절하지 아니하다[자체연구개발의 경우에는 자체 지출 비용(전담부서 직원의 인건비)을 연구개발비 세액공제의 대상으로 하고, 위탁연구개발의 경우에는^독립적인 제3자와 체결한 위탁| 계약에 따라 지출한 비용(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁함에 따른 비용)을 그 대상으로 하는 바, 자체연구개발의 경우 위탁연구개발보다 세액공제 대상을 더 엄격하게 해석할 필요가 있으므로，위와 같은 해석이 자체 연구개발의 경우와의 조세형평에 반한다고 볼 수 없다.

(7) 소결

따라서 AAA 에게 지급된 연구개발비도 세액공제대상에 해당하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바，제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기ㅘ하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.