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[청구번호]
[청구번호]조심 2017전0964 (2017. 6. 29.)
[세목]
[세목]종합소득[결정유형]취소
[결정요지]
[결정요지]국세청이 발간한 책자에서 추계시에도 조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있는 점,2016.7.13. 국세청장의 유권해석이 있기 전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것으로 보임
[관련법령]
[관련법령] 소득세법 제70조 / 조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 제128조
[따른결정]
[따른결정]조심2018전0949
[주 문]
OOO세무서장이 OOO 청구인 OOO에게 한 2015년 귀속 종합소득세 OOO, OOO 청구인 OOO에게 한 2014년 귀속 종합소득세 OOO 및 2015년 귀속 종합소득세 OOO, OOO 청구인 OOO에게 한 2015년 귀속 종합소득세 OOO, OOO 청구인 OOO에게 한 2014년 귀속 종합소득세 OOO의 각 부과처분은 이를 모두 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 개인사업자들인 청구인들은 2014년 또는 2014년ㆍ2015년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고시 복식부기의무자임에도 기본경비율에 의해 추계로 소득금액을 산정하고,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “중소기업특별세액감면”이라 한다)을 아래 <표1>과 같이 적용하고 무기장가산세(20%)를 적용하여 종합소득세를 신고·납부하였다.
<표1> 중소기업특별세액감면 적용 내역
나. 처분청은 복식부기의무자가 종합소득을 추계신고한 경우 「소득세법」제70조 제4항 후문에 따라 무신고로 간주된다고 보아 조특법 제7조 중소기업특별세액감면의 적용을 배제하여 아래 <표2>과 같이, 청구인들에 대한 종합소득세를 각 결정ㆍ고지하였다.
<표2> 중소기업특별세액감면 적용 배제에 따른 결정ㆍ고지 내역
다. 청구인들은 이에 불복하여 2017.2.16. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 2006.12.30.「국세기본법」및 각 개별세법의 가산세 규정이 개정되었는데, 그 과정에서 「국세기본법」제47조의2에 신고불성실가산세가 신설되고 「소득세법」제81조 제1항에 규정되어 있던 거주자에 대한 소득세 신고불성실가산세 규정이 삭제되었다. 결과적으로 소득세 신고불성실가산세와 연관된 「소득세법」제81조 제3항에 규정되어 있던 내용이 「소득세법」제70조 제4항 후문으로 이동하였는데, 비록 법령의 개정 이유가 명시적으로 밝혀진 적은 없지만, 이러한 개정은 이전과 마찬가지로 복식부기의무자가 대차대조표ㆍ손익계산서ㆍ합계잔액시산표와 조정계산서를 과세표준확정신고서에 첨부하지 아니한 때에는 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 신고불성실가산세를 적용하기 위한 규정으로 판단될 뿐이다.
(2) 구「조세감면규제법」이 1998.12.28. 법률 제5584호로 전부개정되면서 법령명이「조세특례제한법」으로 변경되었으나, 이전의「조세감면규제법」과 같이 조특법 제128조 제1항은 추계를 하는 경우 조특법 제7조의 배제를 규정하고 있지 아니하고, 같은 조 제2항도 「소득세법」제80조 제1항에 따라 무신고 결정을 하는 경우에만 조특법 제7조의 배제를 규정하고 있을 뿐이다.
(3) 국세청이 ‘2001년 사업을 시작한 사업자가 소득세를 추계신고한 경우 창업중소기업에 대한 세액감면을 받을 수 있다’는 취지의 회신을 한 것과 같이(서일46011-11135, 2002.9.2.), 그동안 과세관청은 복식부기의무자가 추계로 소득을 신고한 것에 대하여 중소기업특별세액감면을 인정해 오고 있었다. 그런데 처분청은 1998년 조특법으로 전부개정된 때로부터 무려 17년의 기간 동안 아무런 논란 없이 추계로 소득금액을 신고한 경우에도 중소기업특별세액감면을 적용하고 있던 사항을 국세청의 과세기준자문에 대한 해석[국세청 2016-법령해석소득-0139(2016.7.13.)]을 근거로 추계신고시 중소기업특별세액감면을 배제하는 과세를 하고 있는바, 이는 소급과세금지 원칙에 반한다.
나. 처분청 의견
(1) 관련 법령의 문언적 해석에 의하면, 복식부기의무자가 종합소득세 확정신고를 추계로 신고하는 경우 「소득세법」제70조 제4항 2문에 따라 신고하지 않은 것으로 간주하고 있고, 이는 「소득세법」제80조 제1항에 따라 과세표준과 세액의 결정 대상에 해당하므로, 조특법 제128조 제2항에 의해 중소기업특별세액감면에 관한 같은 법 제7조는 배제되어야 한다.
(2) 조특법 제128조는 세법상 기본적인 신고의무 이행을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하도록 하여 성실신고한 납세자와 차이를 두기 위한 것이고, 이는 「소득세법」제70조 제4항의 입법취지와 배치되는 것이 아니다.
(3) 국세청 예규[국세청 2016-법령해석소득-0139(2016.7.13.)]는 세법에 대한 새로운 해석이 아닌 2006.12.30.「소득세법」개정 전 해석사례에 불과하다. 즉,「소득세법」이 2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 제81조 제1항은 신고불성실가산세가 규정되어 있고, 제3항은 “복식부기의무자가ㆍㆍ(중략)ㆍㆍ 제1항의 적용(무신고가산세)에 있어서 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다”고 규정되어 있었으나, 개정 이후 소득세법은 위 규정을 삭제하였으므로, 개정 후 소득세법이 적용되는 것을 전제로 한 위 국세청 예규를 기존의 해석이나 관행에 반하는 새로운 해석이라 볼 수는 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 소득금액을 추계로 신고한 복식부기의무자에 대해 「조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 처분의 당부
② 중소기업특별세액 감면 등을 배제하는 것이 신의성실의 원칙이나 비과세관행 등에 반하는지 여부
나. 관련 법령
(1) 소득세법
제70조[종합소득과세표준 확정신고] ④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.
3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서
제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.
(2) 소득세법 시행령
제143조[추계결정 및 경정] ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
1. 감면 업종
마. 제조업
사. 건설업
제128조[추계과세 시 등의 감면배제] ① 「소득세법」제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」제66조 제3항 단서에 따라 추계를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25 및 제126조의7 제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서만 적용한다.
② 「소득세법」제80조 제1항 또는 「법인세법」제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
③ 「소득세법」제80조 제2항 또는 「법인세법」제66조 제2항에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
1. 감면 업종
마. 제조업
사. 건설업
제128조[추계과세 시 등의 감면배제] ① 「소득세법」제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서는 적용한다.
② 「소득세법」제80조 제1항 또는 「법인세법」제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
③ 「소득세법」제80조 제2항 또는 「법인세법」제66조 제2항에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
부칙<제12853호, 2014.12.23.>
제1조[시행일] 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)
제4조[중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례] 제7조 제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제57조[추계과세 시 등의 감면배제에 관한 적용례] 제128조의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정, 경정하거나 신고하는 분부터 적용한다.
제47조의2[무신고가산세] ① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」 제55조의2의 규정에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를, 상속세 및 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」제27조 또는 제57조의 규정에 따라 가산하는 금액을 각각 포함하고, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」제17조 및 제26조 제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "산출세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "일반무신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령이 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인이 소득세과세표준신고서 또는 법인세과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
(6) 국세기본법
제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.
제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인들은 2014년 또는 2014년ㆍ2015년 귀속 종합소득세 확정신고시 소득금액을 추계하여 종합소득세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하였으나, 재무상태표 등 「소득세법」제70조 제4항 제3호에서 규정한 서류는 제출하지 않았다.
(2) 처분청은 청구인의 추계신고를 소득세법 제70조 제4항 후문에 따라 무신고로 보아 중소기업특별세액감면을 배제하여 종합소득세 등을 결정하였다.
(3) 청구인들의 신고내용과 처분청의 결정내용은 아래 <표3>과 같다.
<표3> 청구인들의 추계신고내용 및 처분청의 경정·결정내용
(4) 처분청의 청구인들에 대한 경정·결정결의서에 있는 “경정사유 및 산출근거”는 아래 <표4>와 같다.
<표4> 경정·결정 결의서상 경정사유 및 산출근거
(5) 「소득세법」제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표5>와 같이 개정되었으나, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득세 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었다.
<표5> 2006.12.30.「소득세법」개정내용
(6) 2006.12.30. 「소득세법」제70조[종합소득과세표준확정신고] 개정에 대하여 간추린개정세법이나 재정경제부(現 기획재정부)의 보도자료에 개정이유 등 관련 내용은 찾을 수 없다.
(7) 추계신고시 조특법 제128조 제2항 무신고시 감면배제와 관련된 국세청 등의 유권해석은 아래 <표6>, <표7>과 같이 2006.12.30.「소득세법」개정 전·후로 그 내용이 다르다.
(가) 2006.12.30.「소득세법」개정 전 유권해석은 <표6>과 같이 추계신고·결정 시에 중소기업특별세액 감면 등을 적용받을 수 있다는 내용이다.
<표6> 2006.12.30. 「소득세법」개정전 유권해석
(나) 2006.12.30.「소득세법」개정 후 유권해석은 아래 <표7>과 같이 감면을 배제하는 내용이나 약 10년간 감면을 배제하는 내용의 유권해석은 없었다.
<표7> 2006.12.30. 「소득세법」개정 후 유권해석 등
(8) 국세청 고객만족센터에서 발간한「전화·인터넷상담을 위한 확정신고 안내 및 실무」책자 및 상담사례로 추계신고 시 중소기업특별세액감면의 적용여부에 대한 내용이 일치하지 않는다.
(가) 국세청 고객만족센터의 2015.5.21. 상담사례는 “복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 「소득세법」제70조의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 「소득세법 제80조 제1항을 적용받게 되는 것이며, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음”이라고 되어 있다.
(나) 반면에 국세청 고객만족센터에서 발간한「2014년 귀속 전화·인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무」책자의 295쪽부터 300쪽까지에는 “나. 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법7)”에 대한 부분에 “① 추계시에도 적용가능”이라고 기재되어 있으나, 같은 책의 384쪽에는 “무신고·기한후 신고시 감면배제”에 대한 내용에 “창업중소기업 등에 대한 세액감면”과 “중소기업에 대한 특별세액 감면”이 기재되어 있다.
위의 내용은 2015년 귀속분에 대한 같은 책자에도 동일하게 기재되어 있다.
(9)「소득세법 시행규칙」[별지 제40호 서식(1)]의「종합소득세 과세표준신고서」등에는 기준경비율이 적용되는 복식부기의무자의 추계신고를 신고유형의 하나로 기재하고 있다.
(가) 종합소득세 신고서의 앞면에는 “⑧신고유형”에 “????추계－기준율”, “????추계－단순율”이라고 기재되어 있다.
(나) 종합소득세 신고서의 부속서류 중 하나인 추계소득금액계산서의 작성방법에는 “이 서식은 기준경비율에 따라 추계신고하는 경우에만 작성”이라고 기재되어 있다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 우선 쟁점①에 대하여 살펴보면, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임),
「소득세법」제70조 제4항 후문이 ‘복식부기의무자가 재무상태표 등 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다’고 규정하고 있고, 같은 법 제80조 제1항은 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장이 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다고 규정하고 있으며, 조특법 제128조 제2항은 「소득세법」제80조 제1항에 따라 결정하는 경우에는 중소기업특별세액감면을 규정하는 같은 법 제7조를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 청구인들은 복식부기의무자에 해당함에도 종합소득 과세표준확정신고시 재무상태표 등의 서류를 제출하지 아니한 채 기준경비율에 의한 추계로 소득금액을 신고하여 「소득세법」제70조 제4항 후문에 따른 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 간주하는 경우에 해당하고, 같은 법 제80조 제1항에 따라 관할 세무서장에 의해 해당 과세기간 과세표준과 세액을 경정·결정 받았으므로, 조특법 제128조 제2항에 의거하여 중소기업특별세액감면의 대상에서 제외되는 것으로 해석되는 점, 입법기술상 “본다”라는 표현은 추정과 달리 어떠한 사실을 권위적으로 단정한 뒤 일정한 법률적 효과를 부여하되 반증을 들어 그 효과를 전복할 수 없는 간주를 의미하는 것이므로, 「소득세법」제70조 제4항 후문의 ‘추계신고를 무신고로 간주한다’는 문언적 해석을 초월하여 추계신고를 다시 신고로 취급할 수는 없는 점, 2006.12.30.「소득세법」이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인들은 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없는 것이라 하겠다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 신의칙이나 「국세기본법」제18조 제3항의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것(대법원1992.4.28. 선고 91누9848 판결 참조)이고, 동 조항의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원 1992.3.31. 선고 91누9824 판결; 1987.8.18. 선고 86누537 판결 등 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1987.5.26. 선고 86누96 판결 참조)인바,
「소득세법 시행규칙」[별지 제40호 서식(1)]의「종합소득세 과세표준신고서」에 복식부기의무자의 추계신고가 하나의 신고유형으로 기재되어 있는 점, 간추린 개정세법 등을 보아도 2006.12.30.「소득세법」개정내용을 확인하기 어려운 것에 더하여 국세청이 발간한 「2014년 귀속 전화·인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무」책자에서 추계로 소득금액을 산정한 경우에도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있고 2015년 귀속 책자에도 동일한 내용이 나타나는 점, 2006.12.30. 개정된 후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업특별세액감면을 받아도 특별하게 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139)이 있기 전까지는 거의 없어 그동안 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 종합적으로 고려하면 청구인에게 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 신의칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다고 하겠다.
따라서 처분청이 위 세액감면을 배제하고 청구인들에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지 1> 청구인 목록