원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 소득세법 제19조 제2항은 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제26조 제10항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 “조세특례제한법 제106조의2 제2항에 따라 석유판매업자가 환급받은 세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다.”고 규정하고 있다.

그리고 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제106조의2 제2항은 석유판매업자가 개별소비세, 교통에너지환경세, 교육세 및 주행세(이하 ‘개별소비세 등’이라 한다)가 과세된 석유류를 공급받아 농어민 등에게 공급한 석유류가 농어민 등이 농업임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 개별소비세 등 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있도록 규정하고 있다.

따라서 석유판매업자가 농어민 등에게 개별소비세 등을 더하지 아니한 면세가격으로 조특법 제106조의2에서 정한 면세유를 판매하는 경우 총수입금액에 개별소비세 등 금액이 포함될 수 없음은 분명하다.

그런데 필요경비는 총수입금액을 얻기 위하여 사용하거나 소비한 비용을 의미하는 것인바, 판매시점에 이미 개별소비세 등의 환급이 예정되어 있고 이후 석유판매업자가 세무서로부터 개별소비세 등 금액을 환급받더라도 그 환급세액이 총수입금액에 산입되지 아니하므로, 당초 석유판매업자가 정유회사 등으로부터 석유류를 구입할 때 지출한 개별소비세 등 금액은 총수입금액을 얻기 위하여 사용하거나 소비한 비용이라고 할 수 없다.

그리고 조특법 제106조의2...