2004-0306 (2004.10.27)

등록

취소

유예기간을 3개월 경과하여 사업시행인가를 받아 현재 취득목적대로 사용하고 있는 사실을 보면 정당한 사유가 있다고 보는 것임

조세특례제한법 제119조【등록면허세의 면제 등】 / 조세특례제한법 제120조【취득세의 면제 등】 / 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면 】

처분청이 2004.6.10. 청구인에게 부과고지한 취득세 158,505,900원, 농어촌특별세 14,529,700원, 등록세 237,758,950원, 지방교육세 43,589,110원, 합계 454,383,560원(가산세 포함)을 취소한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 2001.9.27. 설립한 창업중소기업인 청구인이 2001.12.3. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 2필지 토지 39,304㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 데 대하여 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 확인결과 청구인이 이 사건 토지를 그 취득 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 목적사업에 사용하지 있지 아니하므로 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액 6,604,412,730원에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 158,505,900원, 농어촌특별세 14,529,700원, 등록세 237,758,950원, 지방교육세 43,589,110원,합계 454,383,560원(가산세 포함)을 2004.6.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 화물터미널사업 등을 목적사업으로 하여 설립한 중소기업으로서, ○○시가 민자로 조성한 ○○종합유통업무설비단지중 화물터미널 사업에 대하여 부대사업으로서 숙박업 등이 가능하니 참여하라는 요청을 받고, 화물터미널사업을 영위하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 ○○시에 사업시행인가 신청을 하자 ○○시는 2000.1.28. 화물유통촉진법 개정시 같은 법 제37조제2항제1호의 규정이 삭제되었으므로 화물터미널내에 숙박시설 및 목욕장 시설인가를 할 수 없다고 하였고, 이에 따라 사업시행인가 신청을 취하하고 건설교통부장관에게 숙박시설 등이 가능한 지 여부를 질의하자 건설교통부장관은 법 개정 이후에도 숙박시설이 가능하다고 회신하였으며, 청구인은 이를 근거로 다시 사업시행인가 신청을 하였으나 ○○시는 다시 도시계획법 등을 근거로 유통업무설비단지내에 설치할 수 있는 편익시설에 숙박시설 등이 포함되어 있지 아니하므로 도시계획심의위원회의 심의를 거쳐야만 숙박시설을 설치할 수 있다는 사유로 사업시행인가를 거부하였으며, 이에 따라 청구인은 여러 차례 진정 및 행정심판을 거치다가 유예기간으로부터 3개월 정도 경과한 시점에서 숙박시설을 제외한 화물터미널사업만을 위한 사업시행인가 신청을 하여 인가를 받고, 현재 화물터미널을 신축하여 운영중에 있는 바, ○○시장이 당초 숙박시설이 가능하다고 약속을 하였고, 화물유통촉진법상 별다른 장애요인이 없었는데도 그 후 화물유통촉진법이 개정된 것을 근거로 당초 사업시행인가를 취하하도록 하였고, 그 이후에도 화물유통촉진법이 아닌 도시계획법 등을 법령을 근거로 적극적으로 도시계획시설로서 화물터미널내에 숙박시설이 가능한 지 여부에 관하여 검토함이 없이 사업시행인가를 거부한 것은 행정기관에 그 귀책사유가 있다고 보아야 할 것이며, 이러한 행정기관의 소극적인 행정처리로 인하여 유예기간을 3개월 경과하여 사업시행인가를 받아 건축공사에 착공한 데에는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 처분청이 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 취득한 토지를 유예기간 내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 조세특례제한법(2003.12.31. 법률 제07030호로 개정되기 전의 것) 제6조제1항에서 2003년 12월 31일 이전에 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 "수도권 과밀억제권역"이라 한다)외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업지원법 제5조제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세년도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세년도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세년도)와 그 다음 과세년도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세년도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 정보처리 및 그 밖의 컴퓨터운영관련업과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제119조제3항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기라고 규정하고 있고, 같은 법 제120조 제3항에서는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며, 구 화물유통촉진법 제37조제2항에서는 화물터미널사업자가 제28조의 규정에 의한 화물터미널의 공사를 완료하고 건축법 제18조의 규정에 의한 사용승인을 얻은 경우에는 다음 각호의 사항에 관하여 소관행정기관의 면허 또는 허가를 받거나 소관행정기관에 신고 또는 등록한 것으로 본다. 다만, 제5호 및 제6호의 규정은 복합화물터미널의 경우에만 이를 적용한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 공중위생법 제4조의 규정에 의한 위생접객업중 숙박업 및 목욕장업(사우나탕업 및 터키탕업을 제외한다)의 허가 또는 신고 라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.9.27. 화물자동차터미널사업 및 운영업 등을 목적사업으로 하여 법인설립 등기를 하고, 2001.12.3. 화물터미널 부지로 사용용도가 지정된 이 사건 토지를 ○○공사로부터 취득한 후 2002.7.9. 숙박시설(2개동 6층), 관리동, 화물취급소, 창고 및 집배송장, 주유소, 주차장 등 화물터미널용 건축물을 신축하기 위한 공사시행인가 신청을 하였다가, 2002.7.26. 공사시행인가 신청을 자진취하하고, 2002.8.1. 화물유통촉진법 제37조제2항제1호가 삭제된 이후에도 화물터미널내 숙박업 등이 설치가능한 지 여부를 건설교통부장관에게 질의하였고, 건설교통부장관은 2002.10.7. 화물터미널내 숙박시설은 도시계획시설기준에관한규칙 제35조제1항제2호의 규정에 의한 편익시설에 해당하므로 설치 운영 가능: 숙박업 등 설치가 가능하다고 청구인에게 회신하였으며, 이러한 회신을 근거로 청구인은 2002.10.11. 다시 공사시행인가 신청을 하였으나, ○○시장은 2002.10.14. 숙박시설 가능여부에 대하여 건설교통부장관에게 질의를 하였고, 건설교통부장관은 2002.10.23. ○○시장에게 유통업무설비는 중요한 세부시설에 대한 조성계획을 도시계획으로 결정하도록 되어 있으니, 당해 시설에 숙박시설 설치 여부는 도시계획결정권자 및 실시계획인가권자가 판단할 사항이라는 내용의 회신을 하였으며, 이에 따라 ○○시장은 유통업무설비의 세부시설은 도시계획으로 정하도록 되어 있으며, 이 사건 토지에 대한 세부시설로서 숙박시설이 지정되어 있지 아니하다는 사유로 2002.11.2. 청구인에게 공사시행인가신청 불인가 통보를 하였으며, 이러한 불인가처분에 불복하여 청구인은 2003.1.16. 행정심판을 청구하였다가 기각결정을 받았으며, 행정심판이 진행중이던 2003.3.20. 숙박시설을 제외한 나머지 건축물에 대하여 공사시행인가 신청을 하여 시행인가를 받았으나 2003.4.25. 스스로 공사시행인가 취소 신청을 하여 2003.4.28. 공사시행인가가 취소되었으며, 2003.7.9. 이 사건 토지를 대규모 점포 및 전문상가 단지로 용도변경 신청을 하였지만, 2003.7.29. 용도변경신청에 대하여도 ○○시장으로부터 불허가 통보를 받고, 2004.2.23. 숙박시설을 제외하고 화물터미널 1단계 공사시행변경인가 신청하여 변경인가 승인을 받고, 2004.3.23. 건축허가를 받아 현재 화물터미널을 신축하여 사용중인 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 유예기간내에 화물터미널로 사용하지 못한 귀책사유가 행정기관에 있으므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인이 이 사건 토지를 취득하기 이전에 교통영향평가 심의 당시 처분청은 숙박시설이 포함된 화물터미널에 대하여 이를 승인하였고, 그 후 토지를 취득한 후 공사시행인가신청을 하자 화물유통촉진법 제37조제2항제1호가 삭제된 것을 이유로 신청을 취하하고 유권해석을 받도록 하였으며, 이에 따라 청구인이 건설교통부장관에게 질의를 하자 3개월이 경과하여서야 질의회신을 받았으며, 그 후 즉시 다시 청구인이 공사시행인가 신청을 하자 ○○시장은 건설교통부장관에게 재질의를 하여 그 질의회신을 받고 1개월이 경과할 무렵 불인가 통보를 한 사실과 그 후 청구인이 계속하여 사업추진을 위하여 청원 등의 노력을 기울였으나 결국 ○○시장의 인가 불허가로 인하여 숙박시설을 제외한 화물터미널용 건축물에 대하여 유예기간을 3개월 경과하여 시행인가를 받아 현재 화물터미널을 운영중인 전체적인 과정을 볼 때, 비록 청구인이 사업의 수익성을 이유로 계속하여 화물터미널내에 편익시설로서 숙박시설을 설치하고자 노력하다가 유예기간을 경과한 것으로서, 다소간의 절차상의 하자는 있다 하겠지만 사업추진을 위하여 행정기관과 협의하는 등 계속하여 정상적인 노력을 다하였으며, 청구인이 당초 사업추진을 위하여 토지 취득이전부터 숙박시설을 포함한 화물터미널 신축계획을 수립하였으며, ○○시장도 이에 대하여 별다른 이의를 제기하지 아니하였다가 이 사건 토지 취득이후에 화물유통촉진법의 개정을 이유로 유권해석을 받도록 하였고, 유권해석을 받은 후 다시 공사시행인가 신청을 하자 도시계획법에 저촉된다는 사유로 불인가하는 과정에서 상당한 기간이 경과된 점을 감안할 때 결국 청구인이 유예기간을 3개월 경과하여 사업시행인가를 받아 현재 취득목적대로 사용하고 있는 사실을 보면, 청구인이 이 사건 토지를 유예기간내에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 합리적이라고 하겠으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27.

행 정 자 치 부 장 관