1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가.

피고가 2009. 7. 1. 주식회사 A에 대하여 한 2004년...

1. 처분 경위 서울지방국세청장은 의약품 도매업체인 A에 대하여 2004～2008년 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 후 피고에게 ① 2004년 사업연도 재고 누락분 192,384,750원에 대한 매출환산액 240,480,938원을 익금산입 및 대표자 상여처분하고 매출원가 상당액 214,246,653원을 손금 산입하며, ② 조사대상기간 중 주식회사 종근당(이하 ‘종근당’이라 한다) 등 제약회사로부터 받은 판매장려금 신고 누락분 합계 20억 9,400만 원을 익금산입하고 그 중 A이 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제하였다고 회계처리한 아래 표 기재 금액 합계 1,997,983,688원은 허위이므로 대표자 상여로 소득처분하라는 취지인 조사결과를 통보하였다.

사업연도 2004 2005 2006 2007 2008 합 계 외상매입금 허위 변제 300,139,302 416,514,156 452,404,103 450,573,230 378,352,897 1,997,983,688 피고는 통보 내용에 따라 각 사업연도 소득금액을 조정하여 A에게 ① 2009. 7. 1. 2004년 사업연도 법인세 132,150,220원, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원, 2007년 사업연도 법인세 30,310,690원, 2008년 사업연도 법인세 292,810,210원 및 2004년 제2기 부가가치세 37,569,940원을 경정고지하고, ② 2009. 7. 6. 대표자 상여(소득자 C)로 2,238,464,626원(위 표 기재 금액 합계 1,997,983,688원 2004년 재고 누락 관련 240,480,938원)을 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.

A은 2009. 9. 29. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2009. 12. 31. 피고에게 ① 2004년 사업연도 재고 누락은 없는 것으로 하고, ② 2008년도분 익금산입액 895,613,735원은 제약회사가 회신한 판매장려금과 원고가 신고한 금액 간 차액 △220,575,948원을 반영하고, 제약회사 외상매출금과 원고 외상매입금을 조사확인 비교하여 그 차액을 손금 조정하며, ③ A이...