1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 서울지방국세청장은 2009. 3. 24.경부터 2009. 4. 20.경까지 의약품 도매업체인 원고에 대하여 2004년 사업연도부터 2008년 사업연도까지의 법인세 통합조사를 실시한 다음, 2004년 사업연도 말 현재 재고누락 매출환산액 240,480,938원과 2004년 사업연도부터 2008년 사업연도까지의 신고누락 판매장려금 1,997,983,688원을 익금 산입하고 아울러 대표자에 대한 상여 처분하는 내용의 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.

나. 피고는 위 통보 내용에 따라 원고에게, (1) 2009. 7. 1. 2004년 사업연도 법인세 132,150,220원, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원, 2007년 사업연도 법인세 30,310,690원, 2008년 사업연도 법인세 292,810,210원 및 2004년 제2기 부가가치세 37,569,940원을 부과하였고, (2) 2009. 7. 6. 원고의 대표자를 소득자로 하여 상여 처분액 2,238,464,626원(2004년 540,620,240원, 2005년 416,514,156원, 2006년 452,404,103원, 2007년 450,573,230원, 2008년 378,352,897원)의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 9. 29. 국세청장에게 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2009. 12. 31. 피고에게 위 재고누락 매출환산액 240,480,938원을 없는 것으로 하여 원고에 대한 법인세 및 부가가치세를 경정하도록 하는 한편, 제약사에서 회신한 2008년 제약사 외상매출금과 원고가 계산한 외상매입금과의 차액을 조정하여 경정하고, 원고가 부외손금이라고 주장하는 판매장려금 1,035,000,000원과 판매촉진비 217,000,000원에 대해 그 지급사실 여부를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 내용의 결정을 내렸다. 라.

서울지방국세청장은 위 심사결정에 따라 재조사를 실시한 다음, 2010. 3. 9. 원고에 대하여 2008년 사업연도 원고가 계상한 외상매입금과 제약사의...