1. 주위적 피고는 원고에게 251,304,150원 및 이에 대하여 2016. 8. 24.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의...

1. 처분의 경위

가. 원고의 내외국물품 혼용작업에 의한 선박 건조 원고는 해양경찰청으로부터 발주받은 B함정 3척(이하 '이 사건 각 선박‘이라 한다)을 원고의 보세공장에서 건조하기 위하여 C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다)로부터 2010. 11. 1. 및 2011. 11. 25. 이 사건 선박에 탑재될 주 기관 및 감속기(MAIN ENGINE & REDUCTION GEAR, 이하 ‘이 사건 물품’이라 한다)를 매수하였다

(C은 원고에게 이 사건 물품의 매매에 관한 세금계산서를 교부하여 원고로부터 그 매매에 대한 부가가치세를 징수하였고, 원고는 그 부가가치세를 해당 과세기간의 부가가치세 매입세액으로 공제받았다). 원고는 이 사건 물품을 C의 보세공장으로부터 원고의 보세공장에 반입하고, 예비적 피고에게 원고의 보세공장에서 외국물품 원료 또는 재료와 내국물품 원료 또는 재료를 혼용하여 이 사건 각 선박을 건조하는 내용의 내외국물품 혼용작업신청(원료 또는 재료 중 이 사건 물품은 내국물품으로 신청하였다)을 하여 예비적 피고의 승인을 받은 다음, 원고의 보세공장에서 이 사건 각 선박을 건조하였다.

나. 원고의 선박 수입신고, 부가가치세 신고와 수정신고 원고는 이 사건 각 선박의 건조를 완료하여 이를 원고의 보세공장으로부터 국내에 반입하면서 2012. 9. 28.과 2013. 1. 2. 및 2013. 7. 10. 이 사건 각 선박에 관하여 수입신고를 하였고, 예비적 피고는 2012. 10. 2.과 2013. 1. 10. 및 2013. 7. 18. 이 사건 각 선박에 관한 원고의 수입신고를 수리하였다.

원고는 예비적 피고에게 아래 표와 같이 이 사건 각 선박의 수입에 대한 부가가치세를 신고납부하였는데(외자비율은 외국물품 가격과 내국물품의 가격의 합산액 중 외국물품 가격의 비율이다), 이 사건 각 선박의 원료 또는...