국심1989서0384 (1989.06.19)

법인

기각

특별부가세를 추징하면서 이에 적용되는 과소신고 가산세 및 무납부가산세를 적용하지 아니한다는 것은 부당한 것으로 판단됨

법인세법 제59조의3【비과세 및 면제】

심판청구를 기각합니다.

1. 사실

청구법인은 서울특별시 노원구 OO동 OOO소재 학교법인 OO학원으로서, 청구법인이 83.11.10 학교이전 목적으로 서울특별시 중랑구 OO동 O OOOO 임야 5,783평방미터 및 같은 동 O OOOO 임야 9,275평방미터(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 취득하였으나 사정상 학교를 이전하지 못하고 85.4.19 이를 양도하고 86.4.17 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점 토지를 413,000,000원에 양도한 것으로 하여 특별부가세 과세표준 및 세액 면제신청을 하고 방위세 2,350,530원을 납부(87.5.3 납부)한데 대하여, 처분청은 쟁점 토지가 847,000,000원에 양도되었으므로 434,000,000원의 양도소득금액이 신고누락되었고 또 양도일로부터 3년내에 교육사업에 사용되었다는 사실도 확인되지 아니한다 하여 88.11.2 과소신고가산세 및 미납부가산세를 가산하여 85.3.1-86.2.28 사업년도 법인세(특별부가세) 108,860,610원 및 동방위세 33,858,480원을 고지하자,

청구법인은 이에 불복하여 89.3.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인은 83.11.10 학교이전 목적으로 쟁점 토지를 취득하였으나 사정상 학교를 이전하지 못하고 85.4.19 이를 양도한 후 동 자금으로 서울특별시 노원구 OO동 OOO현 학교부지를 취득하여 학교를 이전운영하고 있는바, 위 양도가액 413,000,000원에 대하여 법인세 과세표준신고시 적법하게 특별부가세의 면제 신청을 하였으나 처분청은 쟁점 토지의 양도가액이 847,000,000원이라고 인정하여 그 차액(양도금액 신고 누락 금액) 434,000,000원에 대하여 이 건 특별부가세 및 방위세를 과세하였으나,

가. 양도가액이 847,000,000원이라는 것은 청구외 OOO의 일방적인 진술 및 확인일 뿐 양도가액은 413,000,000원이 정당하며, 만일 양수인이 지급한 금액이 847,000,000원이라 하더라도 차액 434,000,000원은 청구법인의 이사장이었던 OOO 개인에 귀속된 것이며 청구법인에 귀속될 수 없는데도 동 차액에 대하여 특별부가세를 추가로 부과하는 것은 부당하며,

나. 설령, 양도가액 847,000,000원이 청구법인에 귀속된다 하더라도 쟁점 토지 양도후 특별부가세 면제 신청을 한 것은 부분적인 양도금액을 감면신청한 것이 아니라 할 것이고, 또 하나의 양도행위가 분리될 수도 없다 할 것이므로 추후 양도가액이 증액되는 경우에도 동 증가액에 대한 특별부가세는 당연히 면제되어야 하며,

다. 특별부가세 면제신청이 있은 경우 과세 관청은 사후 관리하여 양도금액을 교육사업이외의 목적에 사용하였거나 양도금액을 양도일로부터 3년이내의 기한내에 사용하지 아니한 때에는 면제 세액을 추징하도록 되어 있으나 법인세법 시행규칙 제58조에서는 전액 면제되는 소득만이 있는 경우에는 가산세의 적용을 배제하고 있으며 국세청 예규(법인 22601-1586, 86.5.17)에서도 면제된 세액을 추징하는 경우 면제된 특별부가세 본세에 한하도록 함으로써 가산세 부과를 명백히 배제하고 있으므로, 이 건의 경우 정당한 면제 신청이 있은 후 양도금액을 양도일로부터 3년 이내에 사용하지 못한 것에 지나지 않는데도 불구하고 차액 434,000,000원(847,000,000원-413,000,000원)의 사용여부가 불분명하다 하여 과소신고 및 무신고 가산세까지 부과한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

가. 쟁점 토지 양도가액에 대하여 살펴보건대, 청구법인은 쟁점 토지의 양도가액이 413,000,000원이라고 주장하고 있으나 쟁점 토지의 양수인 OOO는 84.9.6 청구법인(당시는 재단법인 OO문화재단 이었음) 으로부터 847,000,000원에 양수하였음을 확인하여 동 확인서를 처분청에 제시하였는바, 위의 사실은 당시의 청구법인의 이사장 OOO이 발행한 양도대금 영수증(7매)에 의하여도 확인이 된다. 위의 사실로 보아 쟁점 토지의 양도가액은 847,000,000원으로 판단되므로 양도가액이 413,000,000원이라는 청구주장은 이를 받아들이지 아니한다.

한편, 청구법인은 쟁점 토지 양도가액이 847,000,000원이라 하더라도 차액 434,000,000원은 청구법인의 이사장 OOO이 횡령하였으므로 동 금액을 청구법인의 수입금액으로 볼 수는 없다고 주장하고 있으나, 법인자산을 양도한 금액은 법인에 귀속되는 것은 회계 이론상 정당한 것이므로 양도대금의 일부를 이사장 개인이 횡령한 사실 여부와는 관계없이 양도가액 총액(847,000,000원)을 청구법인의 총 수입금액으로 결정한 것은 정당하다고 판단된다.

나. 또한, 청구법인은 쟁점 토지 양도가액을 413,000,000원으로 하여 법인세(특별부가세) 과세표준 신고시 특별부가세 면제 신청을 적법하게 하였으므로 양도가액이 증액되는 경우에도 증액 결정된 양도가액에 대하여는 특별부가세를 면제하여야 한다고 주장하고 있으나, 이에 관련된 법 규정을 보면, 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호는 사립 학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본 재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다라고 규정하고 대통령령인 소득세법 시행령 제124조의 8 제1항은 학교법인이 소유하는 기본 재산중 사립학교 법 시행령 제12조에 규정하는 재산외의 토지등에 대하여는 그 양도금액을 양도일로부터 3년내에 교육사업에 사용하는 경우에 한하여 법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정을 적용한다라고 규정하고, 제2항은 제1항의 토지등에 대하여 특별부가세를 면제받은 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하고

1. 양도소득 금액을 교육사업 이외의 목적에 사용한 때

2. 양도금액을 제1항에 규정하는 기한 내에 사용하지 아니한 때로 규정하고 있다.

그런데 청구법인은 전시한 바와 같이 쟁점 토지의 양도가액이 847,000,000원인데도 413,000,000원만을 받은 것으로 장부에 기장하고 동 금액에 대하여만 특별부가세 면제신청을 하였으며 특별부가세의 면제요건인 3년 이내의 교육사업에 사용한 실적도 413,000,000원에 대하여만 확인이 될 뿐 과소 신고한 양도가액 434,000,000원에 대하여는 그 사용처등이 확인되지 아니하므로 전시 법 규정에 비추어 과소 신고한 양도가액 434,000,000원에 대하여는 특별부가세 면제대상에 해당하지 아니한다고 판단된다.

다. 또한, 청구법인은 위의 과소 신고된 양도가액 434,000,000원에 대하여 특별부가세를 과세하는 경우에도 국세청 예규(법인 22601-1586. 86.5.17)를 근거로 과소 신고가산세 및 미납부 가산세 등을 과세할 수 없다고 주장하고 있으나 위 예규는 적법하게 면제신청된 양도가액을 양도일로부터 3년내에 교육사업 이외의 목적에 사용하거나 또는 3년내에 사용하지 아니함으로써 특별부가세의 면제를 배제하는 경우에 과소신고 가산세 또는 미납부 가산세를 적용하지 아니한다는 유권 해석인바, 이 건의 경우와 같이 양도가액의 일부를 기장 누락하여 과세 표준 신고시 과소 신고함으로써 특별부가세의 면제 신청이 누락되었으며 또 동 양도가액(과소 신고분)이 양도일로부터 3년내에 교육사업에 사용한 사실이 확인되지 아니하는 경우에도 과소신고 가산세 또는 미납부 가산세를 적용하지 아니한다는 해석으로 볼 수는 없다고 판단되므로 처분청이 이 건 특별부가세 결정시 법인세법 제41조 제1항 제2호(과소 신고가산세) 및 제3호(미납부 가산세)의 규정에 의하여 과소신고 가산세와 미납부 가산세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

가. 이 건 쟁점토지의 양도가액이 얼마이며,

나. 특별부가세 면제신청에 누락된 양도가액 과소신고금액에 대하여도 특별부가세가 면제될 수 있는지의 여부와

다. 양도가액 과소신고금액에 대한 특별부가세 결정시 과소 신고가산세 및 미납부 가산세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 그 쟁점이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

가. 쟁점 “가”에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점토지의 양도가액이 양수인 OOO의 확인서 및 청구법인의 이사장 OOO이 발행한 양도대금 영수증등에 의하여 847,000,000원임이 확인되고 있으므로 양도대금 일부를 이사장 개인이 횡령한 사실 여부와는 관계없이 양도가액 총액을 청구법인의 총수입금액으로 결정한 것은 정당하다는데 대하여, 청구법인은 양도가액이 847,000,000원이라는 것은 청구외 OOO의 일방적인 진술 및 확인일 뿐 양도가액은 413,000,000원이 정당하고 만일 양수인이 지급한 금액이 847,000,000원이라 하더라도 차액 434,000,000원은 청구법인의 이사장이었던 OOO 개인이 횡령한 것이므로 동인에 귀속된 것이며 청구법인에 귀속될 수 없는데도 동 차액에 대하여 특별부가세를 추가로 부과하는 것은 부당하다는 주장인바,

살피건대, 84.9.7 쟁점 토지 매매계약서, 이에 따른 청구법인의 이사장 OOO이 발행한 양도대금 영수증 7매 및 양수인 OOO의 88.1.29 확인서등에서 쟁점 토지 양도가액이 847,000,000원임이 확인되고 있으며, 법인의 비업무용 자산이라는 것에 대해서는 다툼이 없는 이 건에 대해 이를 양도한 금액은 법인에 귀속되는 것은 회계 이론상 정당한 것이므로 양도대금 일부를 청구법인의 이사장 개인이 횡령한 사실에 대하여는 별론으로 하더라도 쟁점토지 양도가액 전액을 청구법인의 수입금액으로 보고 동 차액에 대하여 특별부가세를 추가로 부과한 것은 정당하다고 판단된다.

나. 쟁점 “나”에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점토지의 양도가액이 847,000,000원인데도 413,000,000원만을 장부에 기장하고 동 금액에 대하여만 특별부가세 면제신청을 하였으며 특별부가세의 면제 요건인 3년이내의 교육사업에 사용한 실적도 413,000,000원에 대하여만 확인이 될 뿐 과소신고한 금액 434,000,000원에 대하여는 그 사용처등이 확인되지 아니하므로 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호 및 동 법시행령 제124조의 8 제1항, 제2항의 규정에 비추어 과소신고한 금액 434,000,000원에 대하여는 특별부가세 면제대상에 해당되지 않는다는데 대하여, 청구법인은 양도가액 847,000,000원이 청구법인에 귀속된다 하더라도 쟁점 토지 양도후 특별부가세 면제신청을 한 것은 부분적인 양도금액을 감면신청한 것이 아니라 할 것이고, 또 하나의 양도행위가 분리될 수도 없다 할 것이므로 추후 양도가액이 증액되는 경우에도 동 증가액에 대한 특별부가세는 면제되어야 한다는 주장으로,

이에 대하여 검토하여 보면, 법인세법 제59조의 3(비과세 및 면제) 제2항 제3호는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 대통령령인 소득세법 시행령 제124조의 8(학교법인의 기본재산에 대한 비과세) 제1항은 학교법인이 소유하는 기본 재산중 사립학교법 시행령 제12조에 규정하는 재산외의 토지등(비교육사업용 토지)에 대하여는 그 양도금액을 양도일로부터 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우에 한하여 법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정을 적용한다라고 규정하고 제2항은 제1항의 토지등에 대하여 특별부가세의 면제를 받은 법인이나 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 면제받은 세액을 주장한다라고 규정하고

1. 양도금액을 교육사업이외의 목적에 사용한 때

2. 양도금액을 제1항에 규정하는 기한내에 사용하지 아니한 때로 규정하고 있다.

그런데 청구법인은 쟁점 토지를 847,000,000원에 양도하고서도 동 양도금액중 413,000,000원만 기장하고 동 금액에 대해서만 특별부가세 면제신청을 하였으며 특별부가세의 면제요건인 3년이내에 교육사업에 사용한 실적이 확인되고 또 다툼이 없다 하겠으므로 그 사용처도 확인되지 않는 과소신고한 금액 434,000,000원까지 전시 규정에 의거 그 특별부가세가 면제된다고는 볼 수 없다 할 것이다.

다. 쟁점 “다”에 대하여 살펴본다.

처분청은 적법하게 면제신청된 양도가액을 양도일로부터 3년내에 교육사업이외의 목적에 사용하거나 또는 3년내에 사용하지 아니함으로써 특별부가세의 면제를 배제하는 경우에 한해서 과소신고가산세 및 무납부 가산세를 적용하지 아니하는 것이지 이 건과 같이 양도가액의 일부를 기장누락하여 과세표준 신고시 과소신고함으로써 특별부가세의 면제신청이 누락되었으며 또 과소신고분이 양도일로부터 3년내에 교육사업에 사용한 사실이 확인되지 아니하는 경우에도 과소신고가산세 및 미납부가산세를 적용하지 아니한다고는 볼 수 없다는 의견인데 대하여, 청구인은 특별부가세 면제신청이 있은 경우 과세관청은 사후관리하여 양도금액을 교육사업이외의 목적에 사용하였거나 양도금액을 양도일로부터 3년이내의 기한내에 사용하지 아니한 때에는 면제세액을 추징하도록 되어 있으나 예규(법인 22601-1586, 86.5.17)에서는 면제된 세액을 추징하는 경우 면제된 특별부가세 본세에 한하도록 함으로써 가산세 부과를 명백히 배제하고 있으므로 이 건의 경우 정당한 면제신청이 있은 후 양도금액을 양도일로부터 3년이내에 사용하지 못한 것에 지나지 않는데도 불구하고 차액 434,000,000원의 사용여부가 불분명하다 하여 과소신고가산세 및 무신고 가산세까지 부과한 것은 부당하므로 이를 배제한 과세표준과 세액으로 과세되어야 한다는 주장인바,

살피건대, 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호 및 동법 시행령 제124조의 8 제1항 제2항에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산중 비교육사업용 토지를 양도하고 동 양도가액을 교육사업에 사용할 목적으로 특별부가세의 면제를 받았으나 동 양도가액이 양도일로부터 3년내에 교육사업이외의 목적에 사용되었거나 또는 3년내에 사용되지 아니한 경우에는 면제받은 특별부가세가 추징되는 것으로 규정되어 있는바, 이때 추징되는 세액은 면제받은 특별부가세 본세에 한하고 가산세(과소신고가산세 및 무납부가산세)는 적용되지 아니함이 타당할 것으로 판단된다 할 것이다 (국세청 예규 22601-1586, 86.5.7도 같은 뜻이나 청구법인은 이를 잘못 이해하고 있다). 그러므로 청구법인과 같이 쟁점 토지를 847,000,000원에 양도하고서도 동 양도대금중 413,000,000원만 기장하고 동 금액에 대해서만 특별부가세 면제신청을 하고 특별부가세 면제요건인 3년내에 교육사업에 사용한 실적이 확인되고 있을 뿐 당초부터 과소신고되고 교육사업에 사용할 의사도 없었던 금액(434,000,000원)에 대해 특별부가세를 추징하면서 이에 적용되는 과소신고 가산세 및 무납부가산세를 적용하지 아니한다는 것은 부당한 것으로 판단된다 할 것이다.

6. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.