[청구번호]조심 2018지0425 (2018. 4. 30.)

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]청구법인은 이 사건 토지가 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 것으로 취득세 면제대상이라고 주장하나, 청구법인은 이 사건 토지를 취득하기 전에 이미 본사를 이전함으로써 지방이전을 완료했다고 보이는 점, 청구법인의 규모 확장에 따라 이 사건 토지를 추가로 취득했다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

[관련법령] 「지방세특례제한법」제81조 제1항

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 이전공공기관으로서 2011.1.17. 공공기관 지방이전계획 승인을 받아 2013.11.25. 지방이전을 완료(본사 이전)한 이후, 2016.12.1. OOO토지 29,252.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고 2016.12.7. 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다.

나.청구법인은 2017.9.26. 이 사건 토지가 「지방세특례제한법」제81조 제1항에 따라 이전공공기관이 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 부동산에 해당하므로 기납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 이 사건 토지의 취득이 국토교통부장관의 승인을 받은 지방이전계획에 포함되어 있지 아니하다고 보아 2017.11.16. 이를 거부하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2018.1.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2011.1.17. 국토교통부장관으로부터 OOO에 있던 본사 청사를 OOO으로 이전하는 내용의 지방이전계획을 최종 승인받았고, 동 계획에는 본사와 그 부설기관인 OOO인원을 포함한 228명이 29,822㎡ 면적의 현 OOO청사로 이전하는 내용이 포함되어 있으며, 이에 따라 청구법인은 「2016 스마트국토엑스포」업무처리 및 인사에 따른 업무 공간의 부족 등으로 이전하지 아니한 OOO인원을 제외한 나머지 본사 인원을 2013.11.25. 현 OOO청사로 이전하고 2015년 12월경 본사만이 포함된 지방이전계획 이행 완료 보고를 하였다. 이후 2016년 3월경 국토교통부의 사후관리방안 지침(2015.10.14. 지방이전계획 변경 및 지방이전계획변경요청 내역을 작성하여 국토교통부장관으로부터 승인을 받도록 함)이 시행됨에 따라 이전시기, 잔류인원, 청사 건축비, 이전비용 등의 사항 및 부설기관인 OOO을 포함한 이전인원이 228명에서 329명으로 증가하고 이전부지 중 OOO임차부지 2,712㎡를 추가하는 내용의 지방이전계획 변경을 국토교통부에 제출하여 승인을 요청하였으나, 국토교통부에서는 2015년 12월 OOO의 이전 완료 보고가 있었기 때문에 이후의 OOO의 이전으로 인한 부지 취득은 지방이전계획 변경승인 대상이 아니라는 입장을 통보하였다.

처분청은 이전공공기관이 국토교통부장관의 승인을 받은 지방이전계획의 범위를 벗어나 부동산을 취득한 경우라면 "지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산"에 해당하지 아니하므로 취득세 및 재산세 등 감면대상이 아니라 보았으나, 청구법인은 2016년 10월 이사회를 개최하여 OOO의 이전 인원을 수용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하기로 의결하고 2016.12.14. 이를 취득하였고, 청구법인이 2011.1.17. 국토교통부장관으로부터 최종 승인받은 지방이전계획에는 OOO총인원인 28명을 포함한 228명의 이전이 포함되어 있었던 점, 청구법인은 지방이전계획 변경승인 제도 시행 이전인 2011.1.17. 이미 지방이전계획을 승인받아 이 사건 부동산을 취득하였고, 「지방세특례제한법」제81조 제1항의 "국토교통부장관의 지방이전계획 승인"이란 청구법인이 위와 같이 2011.1.17. 받은 지방이전계획 승인을 의미하는 것이지 지방이전계획 변경승인을 말하는 것이 아닌 점, 국토교통부장관이 청구법인의 이 사건 부동산 취득에 대하여 변경승인 대상 제외통보를 한 것은 이미 청구법인의 지방이전계획이 2015년 12월 이행완료보고가 되었기 때문에 이후 OOO의 이전으로 인한 부지 취득은 지방이전계획 변경승인 대상이 아니라는 이유, 즉 변경승인을 할 필요가 없다는 이유 때문일 뿐 변경승인 요건에 해당하지 아니하여 승인거절을 한 것이 아닌 점, 「지방세특례제한법」제81조 제1항은 "국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산"이라고 규정되어 청구법인이 지방이전계획 승인을 받으면 족할 뿐 개별 부동산의 취득에 대하여 승인을 받도록 규정되어 있지는 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 이상 취득세 및 재산세 등 감면대상에 해당한다 할 것이다.

처분청은 청구법인이 연구원을 임차이전하기로 변경승인신청(2016.3.31.) 했을 뿐 부동산 매입계획은 없으므로 이 사건 부동산을 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산으로 볼 수 없다고 하였으나, 위 임차이전 변경승인신청은 2009년 6월 이전계획에 비하여 2016.3.31. 변경승인 신청 당시 달라진 이전인원, 이전부지, 청사건축비, 이전비용, 그리고 연구원이 부지 취득 이전에 임시로 연구원 건물을 임차하고 있던 사실을 그대로 반영하여 이전청사 현황을 승인받기 위한 것이었을 뿐 확정적으로 임차이전 목적으로 변경승인 신청을 한 것이 아니고, 이러한 사실은 2017.2.7.과 2017.8.3. 국토교통부에 다시 "임차"가 아니라 "이전부지(㎡) 29,871(본사), 29,253(연구원)"으로 표시하여 변경승인을 신청한 것에도 나타나므로 이 사건 부동산은 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 해당한다 할 것이다.

나.처분청 의견

청구법인이 2011.1.17. 국토교통부장관의 승인을 받은 「지방이전사옥 최종 변경계획(안)」에는 이전 사옥의 구체적 건축면적과 이전비용, 재원조달방안, 임원 및 직원의 규모 등의 이전추진계획이 나타나고, 동 계획안에 연구원 총인원 28명을 포함한 228명의 이전계획이 포함되어 있는 것은 인정되나, 이는 이전에 따른 이주직원에 대한 주택지원 및 이주에 따른 비용지원에 참고가 될 내용일 뿐이지 부동산 세제감면 혜택, 즉 사옥이나 사무실 등의 이전에 따른 지원계획 대상은 아니고, 취득 예정 부동산에 전라북도 전주시에 소재한 본사 사옥 29,822㎡만 포함되어 있을 뿐 이 사건 부동산이 포함되어 있지 아니한 점, 청구법인이 2015년 12월경 국토교통부에 본사만이 포함된 지방이전계획 이행완료 보고한 점, 청구법인은 국토교통부의 사후관리방안 지침에 따라 2016년 3월 이전시기·잔류인원·청사건축비·이전비용 등의 사항 이외에 부설기관인 연구원을 포함한 이전인원이 228명에서 329명으로 증가하고 이전부지 중 연구원 임차부지 2,712㎡를 추가하는 내용의 변경계획을 국토교통부에 제출하여 변경승인을 요청하였으나 2015년 12월 이전 이행완료 보고가 되었기에 변경승인 대상이 아니라는 통보를 받았고, 이 사건 부동산은 위와 같이 지방이전계획이 이행 완료된 이후인 2016.12.14. 취득한 부동산이라 승인된 지방이전계획에 따라 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 해당하지 아니하는 점, 「지방세특례제한법」제81조 제1항에서 "국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산"을 취득세 면제대상으로 규정하고 있고, 이는 당초 지방이전계획에 포함된 내용은 물론, 이후 발생하여 “국토교통부장관의 변경승인을 받은 내용”까지 포함된 내용을 「공공기관의 지방이전계획」이라 할 것 인 점 등에 비추어 이 사건 부동산은 이전계획 승인을 받지 못하고 취득한 것이라 취득세 등 감면 대상에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 사건 토지가 이전공공기관이 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 부동산에 해당하므로 취득세 등을 감면해 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정되기 전의 것)

제81조【이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면】① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 이전공공기관의 법인등기에 대해서는 2016년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.

(2) 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(2011.5.30. 법률 제10757호로 일부개정되기 전의 것, 현 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "공공기관"이라 함은 「국가균형발전 특별법」 제2조제10호의 기관을 말한다.

2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다.

제4조【이전공공기관 지방이전계획의 수립】①이전공공기관의 장은 다음 각 호의 사항을 포함하는 지방이전계획을 수립하여야 한다.

1. 이전의 규모 및 범위에 관한 사항

2. 이전시기에 관한 사항

3. 이전비용의 조달 방안에 관한 사항

4. 그 밖에 대통령령이 정하는 사항

②제1항의 규정에 따른 지방이전계획은 수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립되어야 한다.

③이전공공기관의 장은 제1항의 규정에 따라 지방이전계획을 수립한 때에는 그 계획을 소관 행정기관의 장에게 제출하여야 한다. 그 계획을 변경하는 경우에도 또한 같다.

④소관 행정기관의 장은 제3항의 규정에 따라 제출된 지방이전계획을 검토·조정하여 국토해양부장관에게 제출하여야 하며, 국토해양부장관은 「국가균형발전 특별법」 제22조에 따른 지역발전위원회의 심의를 거쳐 승인하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 지역발전위원회의 심의를 거치지 아니한다.

(3) 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령(2011.6.29. 대통령령 제22995호로 일부개정되기 전의 것)

제2조【이전공공기관】「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호에서 "대통령령이 정하는 기관"이라 함은 법 제2조 제1호의 공공기관 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공공기관을 말한다.

1. 「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관. 다만, 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제16조에 따른 중앙행정기관 등의 이전계획에 따라 행정중심복합도시로 이전하는 중앙행정기관 등을 제외한다.

2. 국무회의의 심의를 거쳐 혁신도시로 이전하는 중앙행정기관

제3조【이전공공기관 지방이전계획의 수립】①법 제4조 제1항 제4호에서 "그 밖에 대통령령이 정하는 사항"이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 사무소의 신축 또는 임차계획

2. 법 제47조 제1항에 따른 이주직원에 대한 지원대책

3. 사무소 부지매입비ㆍ신축비ㆍ임차비, 이주직원에 대한 지원대책에 따른 비용 등 이전비용 산정

4. 지방이전에 따른 수입 감소를 최소화하기 위한 대책

5. 그 밖에 지방이전과 관련하여 필요한 사항

②법 제4조 제4항 단서에서 "대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법령의 제정 또는 개정 등으로 인하여 이전공공기관의 명칭이 변경되는 경우

2. 1년 이내의 범위내에서 이전시기를 변경하는 경우

3. 제1항 제3호의 이전비용 산정을 10퍼센트 범위 안에서 변경하는 경우

4. 그 밖에 국토해양부장관이 경미하다고 인정하는 사항을 변경하는 경우

③국토해양부장관은 제2항 제3호에 해당하는 경우로서 정부의 재정지출이 증액되는 경우에는 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인(구 특수법인 OOO2015.5.15. 명칭 변경)은 1976.10.25. 설립(등기)되어 공간정보체계의 구축 지원, 공간정보와 지적제도에 관한 연구, 기술 개발 및 지적측량 등을 수행하는 준정부기관(위탁집행형)이다.

(나) 청구법인은 OOO에 본사를 두고 있던 중 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」(구 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」)에 따른 지방이전 공공기관에 포함됨에 따라 2009.12.28. OOO로부터 OOO29,871.1㎡를 취득하기로 하는 계약을 체결한 후 그 지상에 건축물을 신축하여 2013.11.25. 본사를 이전하였다.

(다) 청구법인의 조직은 본사(4본부 5실 9처), 부설기관OOO및 12개 지역본부, 172개 지사이고, 본사 및 연구원 인원(정원/현원)은 정규직 278명/267명, 비정규직 18명/66명 합계 296명/333명이다.

(라) 청구법인은 2016.9.30. 의사회에서 OOO사옥 신축 및 시험장용 부지로 이 사건 토지를 취득하기로 의결하고 2016.10.31. OOO로부터 이 사건 토지 29,252.5㎡를 취득하는 계약을 체결하여 2016.12.1. 이를 취득하였으며, 심리일(2018.4.4.) 현재 이 사건 토지 지상에 입주인원 160명 규모의 건축물 신축을 위한 설계를 진행 중으로 청구법인은 장기적으로 OOO직원을 160명까지 확충할 예정(현원 54명)이어서 입주인원을 160명 규모로 산정한 것으로 확인된다.

(마) 청구법인의 이전공공기관 지방이전계획 승인·변경승인 내역은 다음과 같다.

1) 청구법인은 2009.6.11. 이전부지를 전라북도 전주시 9,496㎡, 이전시설을 9,756㎡, 이전인원을 190명(연구원 인원 28명 포함)으로 하여 지방이전계획을 최초 승인받은 후 2010.1.21. 이전부지의 면적을 29,822㎡로, 이전시설의 면적을 11,297㎡로 증가하는 내용의 1차 변경 승인을 받았고, 2011.1.17. 이전부지의 면적은 동일하고 이전시설의 면적을 12,856㎡로, 이전인원을 228명(연구원 인원 28명 포함)으로 증가하는 내용의 2차 변경승인을 받은 것으로 나타나며, 위 2차 지방이전계획 변경계획(2011.1.17.)에 따르면, 2012년 말 지방이전 예상인원이 228명(본사 및 연구원 인원 190명 및 콜센터 신규인력 38명 증가)으로 증가될 것으로 예상됨에 따라 사무실 추가소요가 발생하여 건축면적을 당초 11,297㎡에서 12,856㎡로 1,559㎡(13.8%) 증가하였고, 건축물의 업무시설에 사장 1인, 임원 4인, 원장 1인, 직원 228인(연구원 인원 포함) 합계 190인의 순사무실 2,191.83㎡가 포함되어 있는 것으로 나타난다.

2) 청구법인은 2016.3.31. 이전인원을 329명(연구원 인원 54명 포함)으로, 청사면적을 16,544㎡(신축 13,832㎡, 임차 2,712㎡)로 증가하는 내용으로 3차 변경승인 신청을 하였으나 변경승인을 받지는 못한 것으로 나타난다.

(바) 국토교통부장관의 '지방이전 완료기관 사후관리방안' 지침(2015.10.28. 국토교통부 기획총괄과-2615호)에 따르면, 이전을 완료한 기관은 매년 말 소관부처에 지방이전현황을 보고[소관부처는 이를 취합하여 매년 1월에 국토교통부(추진단)에 제출]하고 이전을 완료한 기관 중 승인받은 지방이전계획과 현저히 다르게 운영할 필요가 있는 기관은 국토교통부에 변경신청을 하도록 한 것으로 나타난다(이전중인 기관은 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제4조에 따라 이전계획 변경절차를 진행).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 토지가 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세 등을 면제하여야 한다고 주장하나,

청구법인이 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 이전공공기관으로서 2009.6.11., 2010.1.21. 및 2011.1.17. 지방이전계획(변경)을 승인받은 사실은 인정되나, 청구법인이 2010.1.21. 및 2011.1.17. 승인받은 지방이전계획에는 이전부지를 전라북도 전주시 29,822㎡로 하고 있고 청구법인은 이에 따라 2009.12.28. OOO29,871.1㎡를 취득하기로 하는 계약을 체결하여 이를 취득한 것으로 나타나는 점, 위 지방이전계획에는 이전시설의 면적을 12,856㎡로 하고 있고 이전인원을 228명으로 하고 있으며 위 이전인원에는 OOO소속 직원 28명이 포함되어 그 직원들의 사무실까지 전주시 본사 사옥에 입주할 예정으로 계획된 것으로 나타나는 점 등에 비추어 위와 같이 국토교통부장관의 승인을 받은 지방이전계획에 이 사건 토지의 취득이 포함되어 있다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 2013.11.25. 지방이전을 완료한 것(본사 이전)으로 나타나고 국토교통부장관의 승인을 받은 지방이전계획상 이전인원은 228명(연구원 28명 포함)임에 반해 2016.3.31. 3차변경 승인신청 당시 이전인원은 329명(연구원 54명 포함)으로 나타나 이 사건 토지는 지방이전을 목적으로 취득하는 부동산에 해당한다고 하기보다는 청구법인의 규모 확장에 따라 추가로 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 사건 토지의 취득을 「지방세특례제한법」제81조 제1항에 따라 이전공공기관이 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 해당하지 않는다고 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.