1. 피고가 2015. 12. 7. 원고 A 주식회사에 한, 2011 사업연도에 남아있는 2006 사업연도 결손금...

1. 처분의 경위

가. C 다목적부두(1-1단계) 사업(이하 ‘이 사건 제1사업’이라 한다)과 C 다목적부두(1-2단계) 사업(이하 ‘이 사건 제2사업’이라 하고, 위 2사업을 통틀어 ‘이 사건 각 사업’이라 한다)은 구 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(구 사회간접자본시설에 대한 민간투자법은 2005. 1. 27. 법률 제7386호로 사회기반시설에 대한 민간투자법으로 개정되었다. 이하에서는 법률 명칭 변경과 관계없이 모두 ‘민간투자법’이라 한다)에서 정한 ‘사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정’하는 사업방식[BTO(Build-Transfer-Operate), 이하 'BTO 방식‘이라 한다]이다.

이 사건 제1사업에 관하여 D 주식회사와 주식회사 E이 출자한 원고 A 주식회사(이하 ’원고 A‘이라 한다)는 2000. 12. 9.에 변경 실시협약을, 이 사건 제2사업에 관하여 D 주식회사가 출자한 원고 B 주식회사(이하 ’원고 B‘이라 한다)는 2001. 12. 28.에 실시협약을 주무관청인 해양수산부와 체결하였다.

위 각 실시협약에는 실제로 징수한 사용료가 결정사용료의 일정 수준에 미달하거나 일정 수준을 초과하는 경우 그 부족분을 보장하거나 초과분을 환수하는 사용료 수입 보장 및 환수 규정이 포함되어 있었다.

나. 원고 A은 2009. 6. 30. 이 사건 제1사업에 관하여 국토해양부장관과 변경 실시협약을 체결하여, 원고 A의 주주를 사회기반시설투융자회사인 F투융자회사(이하 ‘F’라 한다)가 출자하여 설립한 G유한회사로 변경하고, 주주변경 후 기존 자본금 중 약 85% 상당인 20,209,000,000원을 감자하였으며, F와 사이에 20,210,000,000원을 한도로 하는 후순위 대출약정을 체결하였다.

원고...