1. 이 사건 소 중 농어촌특별세 20,574,020원 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 9. 26. 피고로부터 충북 음성군 금왕지방산업단지 내 토지인 충북 음성군 금왕읍 내송리 530 공장용지 327,968.4㎡(이하 ‘이 사건 전체토지’라 하고, 토지는 리와 지번으로만 특정하기로 한다)를 53,625,818,990원에 취득한 후 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항에 따라 취득세 및 등록세 2,145,032,740원을 면제받고, 피고에게 그 면제세액의 20%인 429,006,540원을 농어촌특별세로 신고납부하였다.

나. 원고는 2007. 11. 5. 피고와 사이에 이 사건 전체토지 중 일부를 피고에게 환매하는 내용의 분할처분(환매) 협약을 체결하고, 이 사건 전체토지를 내송리 530, 같은 리 530-1로 분할한 후 2008. 6. 30. 피고에게 내송리 530-1 공장용지 89,256.2㎡(이하 ‘이 사건 환매토지’라 한다)를 환매하였다.

다. 한편, 원고는 2008. 10. 27. 피고에게, 원고가 내송리 530 공장용지 238,712.2㎡(이하 ‘이 사건 토지 이 사건 토지는 2010. 7. 2. 내송리 530 공장용지 165,290㎡, 내송리 530-2 공장용지 73,422.2㎡로 분할되었다. ’라 한다)를 취득일로부터 3년 이내에 공장용 건축물 등의 신축용도로 사용하지 못하였음을 이유로 과거 감면받은 취득세 및 등록세 등 합계 1,483,198,980원(이 사건 전체토지의 분양대금 53,625,818,990원 중 이 사건 토지가 차지하는 면적비율을 곱하여 산정한 가액인 39,031,552,357원을 과세표준으로 하여 계산한 금액)을 신고납부하였다. 라.

충청북도지사는 2013. 5. 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, ① 원고가 이 사건 환매토지를 취득일로부터 3년 이내인 2008. 6. 30. 피고에게 환매한 것은 구 지방세법 제276조 제1항에서 추징제외대상으로 규정하고 있는 환매에 해당되지 아니하고, ② 원고가 이 사건...