beta
[사건번호]
국심2006중2263 (2006.11.02)
[세목]
농어촌특별
[결정유형]
취소
[관련법령]
조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 / 소득세법시행령 제156조【고급주택의 범위】
[주 문]
OO세무서장이 2006.6.5. 청구인에게 한 2005년 귀속 농어촌특별세 18,907,890원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 2005.10.4. OOOOO OOO OOO OOOO 소재 OOOOOOOO OOOO OOOOO(전용면적 122.19㎡로, 이하 “쟁점아파트”라 한다)가 OOOOOOOO에서 강제경매됨에 따라 12억 5천만원에경락되자 2005.12.31. 양도소득세를 실지거래가액으로 하여 신고하면서쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이고,1세대1주택 비과세 대상인 고가주택에 해당한다 하여, 양도가액 중 6억원까지는 비과세로, 6억원을 초과하는 부분에 대한 양도소득세 89,817,690원에 대하여는 조세특례제한법에 의하여양도소득세 감면신청을 하고, 동 감면세액에 대하여 산정한 농어촌특별세 17,963,530원을 신고·납부하였다.
나. 처분청은 쟁점아파트가 소득세법 제89조 제3호 및 1세대1주택비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의규정에 의한 감면대상에 해당하지만 동 규정들을 동시에 적용할 수 없고 그 중 납세자에게 세부담이 유리한 방법을 선택하여 적용하여야 한다는 이유로 쟁점아파트의 양도가액 전체에 대한 양도차익 및 산출세액을 산정하고 산출세액 전체에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 제1항의 규정에 의한 감면을 적용하는 한편, 양도소득세 감면세액에대한 농어촌특별세를 36,871,420원으로 산출하여 2006.6.14. 청구인에게예정신고시 기납부한 17,963,530원을 제외한 2005년 귀속 농어촌특별세18,907,890원을 결정고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
청구인은 1998.10.15. 사업승인받아 재건축사업 중이던 OOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO OOOO를 2000.2.10.6억 1900만원에재건축승계조합원으로 매수하여 2001.12.29. 사용승인된 쟁점아파트를 취득하였고, 2년 이상 거주하고 3년 이상 보유하여 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 상태에서 쟁점아파트가 채권자들에 의해서 압류되어강제경매되었고 2005.10.4. 12억 5천만원에 경락되어 부득이 하게 양도하게 되었으나, 성실신고납세를 위하여 1세대 1주택 비과세에 해당되는6억원까지는 비과세로, 6억원을 초과하는 양도소득금액(284,493,609원)및 세액(89,817,690원)에 대하여는 조세특례제한법에 의거 감면신고하고 감면상당세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 17,963,530원을 경제적으로 힘든 상황에서도 자진신고·납부하였다.
소득세법상 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택의 양도가액이 6억원을초과하는 경우, 양도가액 6억원까지는 납세의무가 없는 비과세에 해당되어 세액계산을 하지 않고 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대하여만 양도소득세를 계산하여 신고·납부하는 것이고, 조세특례제한법상 양도소득세 감면은 양도소득세 산출세액이 계산되어야 한다는 전제조건하에서 적용되기 때문에 1세대 1주택이고고가주택인 쟁점아파트에 대한 농어촌특별세는 6억원을 초과하는 양도차익에 대한 산출세액만을 양도소득세 감면세액으로 보아 농어촌특별세를 계산하여야 하며, 그렇지 아니하고 1세대 1주택 소유자와 1세대 2주택 이상 소유자의 양도소득금액을 동일하게 계산한다면 조세정의에도 부합되지 아니하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
나. 처분청 의견
소득세법 제89조 제3호에 의한 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 3의 제1항에 의거 신축주택에대한과세특례규정이 적용되는 신축주택을 양도하는 경우 양도소득금액을 계산하는 때에는 두 법을 동시에 적용하지 않고 납세자에게세부담이 유리한 방법으로 선택하여 적용하는 것(OOOOOOO, OOOOOOOOO)이므로 납세자가 유리한 조세특례제한법상의 감면규정을 적용하여 감면되는 양도소득세에 대하여 농어촌특별세를 고지한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
(4)소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적·가액 및시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
(5) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서건물이정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
(6) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기전의 것) 제156조【고급주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는고급주택” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상일 것
(7) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것 )제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
제160조【고가주택에 대한 양도차익의 계산】① 법 제95조 제3항의규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × (양도가액 － 6억원) / 양도가액)
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × (양도가액 － 6억원) / 양도가액)
(8) 농어촌특별세법제2조【정의】① 이 법에서 “감면”이라 함은조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세· 관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제
제3조【납세의무자】다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자
제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 2000.2.10. OOOOO OOO OOO OO OOOOO OOOO OOOO의 재건축조합의 조합원 지위를 승계받아 조세특례제한법제99조 3에 의한 양도소득세의 감면대상기간인 신축주택취득기간 중에취득한 쟁점아파트를 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주하다가 2005.10.4. 강제경매되어 12억 5천만원에 경락되자 양도가액 6억원을 초과하는 양도차익에 대한 양도소득세 12,384,750원은 감면신청하고, 동 양도소득세의 감면세액에 상당하는농어촌특별세 17,963,530원을 자진납부한 사실이 청구인의 쟁점아파트에 대한 양도소득세 신고서 및 처분청의 과세자료 등에 의하여 확인되고, 쟁점아파트가 소득세법 제89조에 의한 1세대1주택의 고가주택에 해당되면서조세특례제한법제99조의 3에 의한 신축주택으로서 양도소득세 감면대상 주택에 해당된다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 처분청은 쟁점아파트의 양도에 대하여 소득세법 제89조 제3호 조세특례제한법 제99조의 3의 규정을 동시에 적용할 수 없고그중납세자에게 세부담이 유리한 감면방법을 선택하여 적용하여야 한다는이유로 조세특례제한법에 의하여 양도소득세 전액이 감면된 것으로 보고동 감면금액을농어촌특별세 과세표준으로하여 과세한 반면,청구인은 양도가액 중 6억원을 초과하는 부분에 해당되는 양도소득세만조세제한특례법상 감면금액이므로 동 금액을 농어촌특별세 과세표준으로 적용하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.
(가) 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의하여 적용되는 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 신축주택취득기간인 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지 주택조합으로부터 조합원이 신축주택을 취득하는 경우 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 제99조의 3 제2항은 신축주택을 감면함에 있어 양도소득금액을 같은 영 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 영 제40조 제1항은 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액이라고 규정하고 있으며, 소득세법 제95조 제1항에서는 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 및 장기보유특별공제를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(나) 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제156조 제1항은1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 주택의 경우 고가주택(양도가액이 6억원을 초과하는 주택)을 제외하OO도소득세를 과세하지 않는 것으로 규정하고 있고, 같은법 시행령 제160조는 1세대1주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택에 대하여양도가액이 6억원을 초과하는 부분에 대한 양도소득금액 계산방법을 별도규정하고 있어 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘고가주택의 경우라도양도가액 중 6억원을 초과하지 아니하는 부분에 대하여는 비과세하는 것으로 소득세법령에 규정되어 있음을 알 수 있다.
(다) 농어촌특별세법 제3조 제1항 제1호는 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 본문에서는 “감면이라 함은 조세특례제한법·관세법또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가부과되지 않거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을말한다” 고 하고서, 같은 항 제1호에서는 “비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제”라고 규정하고 있다.
(라) 위의 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례는 지원목적이 다른 별개의 제도로서 소득세법과 조세특례제한법에서 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없고, 설령 양 규정이 중복적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복지원되는 문제는 발생하지 않는 것으로 보여지는 바, 1세대 1주택의 비과세 규정에 있어 그 본법은 소득세법(1974.12.24. 법률 제2705호로 전면개정시 1세대 1주택 비과세규정 최초신설)이라 할 수 있고, 요건을 갖춘 신축주택에 대하여 양도소득세를 감면하는 조세특례제한법상의 과세특례 규정(1998.9.16. 법률 제5561호로 구 조세감면규제법 개정시 최초신설)도결국 양도소득세에 대한 비과세혜택규정으로 종전부터 시행되던 소득세법상의 1세대 1주택의 비과세규정에 추가하여 감면혜택을 확장시킨 것으로 볼 수 있으므로 1세대 1주택인 고가주택이면서 신축주택의 경우 소득세법령에 의한 비과세여부를 우선 적용하고 이에 추가적으로 조세특례제한법상의 감면여부규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 보인다.
(마) 그렇다면,쟁점아파트의 경우 양도가액 중 6억원에상당하는양도소득은 우선 소득세법에 의한 비과세를 적용하고, 6억원을 초과하는 양도소득 중 쟁점아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여는 조세특례제한법에 의하여 양도소득세를 감면하는 것이 타당하므로 이 건의 경우 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한감면대상 양도소득은 소득세법 시행령 제95조 제3항 및 제160조의 규정에의하여 계산된 양도가액 6억원을 초과하는 부분이라 할 것이고,농어촌특별세는 조세특례제한법상 감면을 받는소득세 등을 과세표준으로 하고있으므로 쟁점아파트의 양도가액 중 6억원을 초과하는 부분에 상당하는양도차익에 대한 양도소득세를 이 건 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 할 것이다.
(3) 따라서, 처분청이 쟁점아파트의 양도가액 전체에 대하여 양도차익 및 산출세액을 산정하여 양도소득세 산출세액 전액을 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 의한 감면세액으로 적용하고 동 감면세액전액을 농어촌특별세 과세표준으로 과세한 이 건 처분은 잘못이므로취소함이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.