주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. B은 2009. 3. 19. 자본금 3억 원(1주의 금액 10,000원, 발행주식 총수 30,000주)을 출자하여 C 주식회사(변경 전 상호 D 주식회사, 이하 ‘소외 회사’라고 한다)를 설립하였고, 소외 회사는 중소기업기본법 제2조 소정의 중소기업에 해당한다.
나. 원고는 2012. 5. 15. 원고의 대표자이자 최대주주(보유주식 51,072주, 지분율 62.02%)인 B과 사이에, B 소유의 소외 회사 발행 주식 30,000주(지분율 100%, 이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 1주당 750,000원, 합계 22,500,000,000원에 매수하기로 하는 주식양도양수계약을 체결하였고, 그 무렵 B에게 매매대금을 전부 지급하였다
(이하 ‘이 사건 거래’라고 한다). 다.
소외 회사는 이 사건 거래에 앞서 회계법인 세진과 신한회계법인으로부터 이 사건 주식에 관한 가치평가보고서를 제출받았는데, 위 각 회계법인은 구 상속세 및 증여세법(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항 제1호 다목, 제3항, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24358호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 내지 제56조 소정의 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 가치를 각 752,441원(2012. 1. 1. 기준), 756,148원(2011. 12. 31. 기준)으로 평가하였다. 라.
한편 피고는 이 사건 거래가 특수관계자로부터 주식을 시가보다 고가로 매입한 것으로서 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당하여 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보고, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 내지 제56조, 구...