1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 인정사실

가. 원고는 기술용역업, 지반조사 및 탐사업 등을 하는 법인으로서 2011. 10. 27.부터 2014. 3. 27.까지 10회에 걸쳐 스웨덴 소재 회사로부터 지질측정기구(이하 ‘이 사건 물품’이라 한다)를 수입하면서 당시 대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘이 사건 협정’이라 한다)에 따른 협정관세율(0%)을 적용하여 수입신고를 하였다.

나. 피고 소속 서울세관장은 이 사건 물품에 대해 2015. 9. 15.부터 2016. 2. 15.까지 원고에 대해 원산지 자율점검 및 서면조사를 실시하였으나 제출된 자료가 원산지 여부 확인이 불충분하자 2016. 4. 24. 스웨덴 관세당국에 수출자가 수출 당시 이 사건 협정에 따른 인증수출자인지 여부와 원산지신고서의 유효성 등에 관하여 국제 원산지 검증을 요청하였고, 2016. 8. 31. 스웨덴 관세당국으로부터 미인증수출자가 원산지 신고서를 작성하고 발급한 것이고 이 사건 물품의 원산지는 확인이 불가한 것으로 회신되었다.

이에 따라 피고 소속 서울세관장은 2016. 9. 19. 스웨덴 관세당국의 회신내용과 함께 이 사건 물품에 적용한 협정관세율의 적용을 배제하고 관세 등을 과세할 예정임을 통지한 후 원고가 과세전통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구하지 아니하자, 협정관세율을 배제하고 기본관세율(8%)을 적용하여 2016. 10. 21. 관세 30,868,570원, 부가가치세 3,086,850원, 가산세 11,406,710원 등 합계 45,362,090원의 경정고지처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 3. 28. 처분청에 이의신청을 하였으나 처분청은 이의신청이 청구기간 내에 청구되지 아니하였다는 이유로 2017. 4. 5. 이의신청을 각하하였고, 원고는 2017. 4. 17. 조세심판원에...