면세포기 사업자가 시설장치 등 매입세액공제를 받고 면세재화를 공급시 매입세액 정산

면세포기한 사업자가 매입시점에서의 총공급가액에 대한 면세사업의 예정공급가액비율보다 면세사업공급가액비율이 증가한 경우 당초 공제받았던 매입세액을 재계산하여 정산하여야 함.

부가가치세법 제6조 재화의 공급

부가가치세법 제12조 면세

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 2. 1. ∇∇ ∇∇군 ∇∇면 ∇∇리 440-5에서 ∞∞양만이라는 상호로 뱀장어 양식을 목적으로 하여 피고에게 부가가치세 면세사업자로 등록한 사업자로, 원고가 공급하는 뱀장어는 원래 부가가치세법상 면제 대상에 해당하나, 원고는 수출하는 뱀장어에 대하여 부가가치세법 소정의 영세율 적용을 받기 위하여 2000. 11. 13. 면세포기신고를 함으로써 과세사업(수출)과 면세사업(국내 판매)을 겸영하게 되었다.

나. 원고는 2000. 11. 30.부터 양어장 건설 및 기계장치 등 고정자산(이하 '이 사건 양식장 시설'이라고 한다)을 매입하기 시작하여 그 매입액 2000년 2기 326,361,325원 및 2001년 1기 540,771,458원에 대한 매입세액을 환급 신고한바, 피고는 이를 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 '공통매입세액'이라고 한다)으로 보고, 각 취득일이 속하는 과세기간별로 총공급가액에 대한 면세사업의 예정공급가액 비율에 의거하여 이를 안분하면서, 뱀장어를 전부 수출할 것이라는 원고의 신고에 따라 전액 공제되는 매입세액으로 계산하여 2000년 2기 26,955,578원(원고가 매입세액으로 신고한 32,636,130원 중 5,680,552원은 피고가 2001. 6. 3. 부당매입세액으로써 불공제하고, 가산세 포함한 부가가치세 6,248,600원을 부과하였다.), 2001년 1기 54,077,270원(2001. 5. 8. 환급 결정한 52,275,110원과 2001. 7. 31. 환급 결정한 1,802,160원의 합계)을 각 환급하였다.

다. 원고가 면세포기신고를 한 이후 뱀장어를 수출하지 아니하고 2002. 3. 23. 뱀장어를 국내에 공급하여 17,800,000원의 면세수입이 발생하자, 피고는 2002년 1기에 면세공급가액 비율이 100% 증가하였다는 이유로 부가가치세법(이하 '법'이라고만 한다)제17조 제5항 및 법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정된 것에 근거한 것으로 보인다) 제63조 제1항의 규정에 의거, 공제되지 않아야 할 매입세액 40,365,380원을 산출한 다음, 2006. 3. 13. 원고에게 2002년 1기분 부가가치세로 71,123,790원(가산세 30,758,419원 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 국세심판원은 2007. 3. 28. 이 사건 양식장 시설 중 건물 및 구축물에 대한 감가율을 피고가 계산한 100분의 5가 아닌 시설투자 당시의 법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것, 이하에서 법시행령은 이를 말한다)에 의한 100분의 10으로 재계산아라는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2007. 4. 3. 위 건물 및 구축물에 대하여 감가율 100분의 10을 적용하여 이 사건 처분금액 중 1,965,907원을 감액하는 내용의 경정처분을 하였다.

마. 한편, 원고는 2002년 2기까지는 과세사업자로서 매입세액 환급신고를 하였으나, 그 이후 부가가치세나 면세매출, 면세적용 신고 등을 일체 하지 아니한 채 2006. 4. 28. 폐업하였다가 2006. 5. 8. 피고에게 동일상호의 면세사업자로 등록하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 을 제1 내지 5, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 면세포기신고를 하였으나 실제로는 면세사업만을 운영하였으므로 이 사건 양식장 시설의 매입세액은 법 제17조 제2항 제4호에 의한 면세사업관련 매입세액에 해당하여 당초부터 환급될 것이 아니었고, 2000년 2기분 및 2001년 1기분의 부가가치세는 각 그 확정신고기한 다음날인 2001. 1. 26. 및 2001. 7. 26.부터 기산하여 각 5년의 제척기간이 도과하였으므로 이제 와서 이를 부과할 수도 없다. 따라서 피고가 위 매입세액을 공통매입세액으로 보아 이에 대하여 법 제17조 제5항을 적용하여 환급액을 재계산하고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

(2) 그렇지 않더라도, 원고가 뱀장어를 국내에만 공급한 것은 면세전용으로 공급 의제되므로, 법시행령 제63조 제4항의 납부세액 또는 환급세액의 재계산 배제사유에 해당한다. 따라서 이에 대하여 같은 조 제5항을 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

(3) 또한 ※※아쿠아시스템 및 ※※ P&O; 발행의 각 2001. 1. 8.자 매입세금계산서는 실제로는 2000. 10. 30.에 수취한 것이므로, 그 매입세액을 2000년 2기에 포함하여 환급세액을 재계산하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 면세사업관련 매입세액인지 여부

원고가 2000. 11. 13. 면세포기신고를 하고 2002년 2기까지 과세사업자로서 매입세액 환급신고를 한 사실, 폐업하기까지 면세적용신고를 하지 아니한 사실 및 당초 피고가 이 사건 양식장 시설의 매입세액을 공통매입세액으로 보아 총공급가액에 대한 면세사업의 예정공급가액 비율에 의거하여 이를 안분하면서, 뱀장어를 전부 수출할 것이라는 원고의 신고에 따라 전액 공제되는 매입세액으로 계산하여 이를 환급한 사실은 앞서 본 바와 같고, 관계법령상 면세포기신고를 한 사업자는 신고일로부터 3년간은 부가가치세를 면제받지 못하고 이후에도 면세적용신고를 하지 아니한 경우 계속하여 면세를 포기하는 것으로 간주되는 점, 과세사업자가 과세사업에 공할 목적으로 매입한 매입세액에 대하여는 과세사업 또는 면세사업에의 사용시점이 아닌 매입시점에서 매입세액공제를 하게 되어 있고, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에서 안분 계산한 금액을 확정 신고를 하는 때에 정산하도록 되어 있는 점, 따라서 사업의 결과 매입시점에서의 총공급가액에 대한 면세사업의 예정공급가액비율보다 면세사업공급가액비율이 증가한 경우 당초 공제받았던 매입세액을 재계산하여 정산하여야 하는 점 등을 고려하면, 이 사건 양식장 시설의 매입세액은 공통매입세액으로 봄이 상당하다. 따라서 이와 달리 위 매입세액이 면세사업관련 매입세액임을 전제로 한 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 나아가 그 제척기간을 보건대, 법시행령 제61조 단서에 의하면 공통매입세액을 안분 계산함에 있어서 예정신고를 하는 때에는 확정 신고를 하는 때에 이를 정산하도록 규정하는바, 사업자는 총공급가액에 대한 면세사업의 예정공급가액비율보다 그 공급가액비율이 100분의 5이상 증가한 경우(법시행령 제63조 제1항)확정 신고를 하여야 하므로, 이 사건에서는 면세사업의 공급가액비율이 예정공급가액비율보다 100% 증가한 과세기간인 2002년 2기에 확정 신고를 하여야 하고, 그 신고기한 다음날인 2002. 7. 26.이 제척기간의 기산일이 된다. 그런데, 이 사건 처분이 그로부터 5년이 경과하지 아니한 2006. 3. 13. 부과된 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 이에 대하여 제척기간 도과로 위법하다는 취지의 주장 역시 받아들일 수 없다.

(2) 환급세액의 재계산 배제사유인지 여부

면세전용이라 함은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 과세사업을 위하여 생산 또는 취득함으로써 그 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업을 위하여 사용 · 소비하는 것을 말하는데, 이 경우 창출된 부가가치에 대한 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세를 부담함이 없이 과세대상인 재화를 소비하는 결과가 되므로 법 제6조 제2항, 법시행령 제15조, 제49조에 의하여 면세사업에 전용된 부분을 공급으로 의제하여 과세함으로써 과세형평을 도모하도록 하고 있다. 법시행령 제63조 제4항은 매입세액이 공제된 감가상각자산이 공급으로 의제되어 법 제6조 제2항, 법시행령 제49조 제1항에 의거하여 과세표준 안분계산 방법으로 매출세액이 발생된 때에는 그 후의 과세기간에 면세사업에 사용되는 비율이 증가하였다고 하더라도 납부세액 등의 재계산을 하지 아니하도록 규정하고 있다. 그런데, 면세전용의 경우, 과세사업과 면세사업에 공통 사용되는 재화로서 취득 당시에 이미 매입세액을 안분 계산하여 공제받았는데 그 재화가 그 후 과세기간에도 장기적으로 계속 사용되는 감가상각자산인 경우에는 면세사업에 사용되는 비율이 증가될 때마다 공급 의제하여 과세하는 것은 불합리하기 때문에 이미 공제된 매입세액을 정산하여 과다 공제된 매입세액을 환수하는 방식을 도입할 필요성이 있는바, 법 제17조 제5항, 법시행령 제63조 제1항은 이러한 취지에서 도입된 것으로 해석된다. 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 그 매입세액을 공제받은 이 사건 양식장 시설을 면세사업에 사용한 사실은 인정되나, 그에 대하여 공급으로 의제하여 과세함으로써 매출세액이 발생한 사실을 인정할 증거가 없는 이상, 위 면세사업에 사용한 사실만으로 환급세액의 재계산이 배재되는 경우에 해당한다고 할 수 없고, 또 이 사건 양식장 시설은 장기적으로 계속 사용되는 감가상각자산이므로 위 시설이 면세사업에 사용되는 경우 법 제17조 제5항, 법시행령 제63조 제1항을 적용하는 것이 법의 취지에 부합한다 할 것이다. 따라서 이에 대하여 환급세액의 재계산이 배제되는 경우이므로 위 규정을 적용함이 위법하다고 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 2001. 1. 8.자 각 세금계산서의 실거래일 기준 환급세액 재계산 가부

먼저 2001. 1. 8. 발행한 것을 기재된 세금계산서(을 제7호증)2매의 실제 거래일이 그 기재와 달리 2000. 10. 30.이라는 주장에 대하여 보건대, 이를 뒷받침하는 듯한 을 제8호증(입금표)의 기재는, 앞서 본 각 증거에 을 제11호증의 기재를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실, 즉 이 사건 양식장 시설의 건축물은 2000. 12. 10. 착공된 점, 원고는 피고에게 을 제7호증을 매입세금계산서로 신고하였고, 이는 ※※아쿠아시스템 및 ※※P&O;의 2개 업체에서 각 발행한 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

(4) 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

나. 관계 법령

부가가치세법

○ 제6조 재화의 공급

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접사용 · 소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

○ 제11조 영세율적용

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

○ 제12조 면세

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물 · 축산물 · 수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물 · 축산물 · 수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것

④ 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율적용의 대상이 되는 것과 제1항제11호 · 제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다.

○ 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투장 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고 납부하여야 한다.

부가가치세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것)

○ 제15조 자가공급의 범위

① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화

○ 제47조 면세포기신고

① 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 경우와 제37조 제1호에 규정하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 다음 각 호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고하고, 법 제5조의 규정에 의하여 지체 없이 등록하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 면세를 포기하고자 하는 재화 또는 용역

3. 기타 참고사항

② 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자는 신고한 날로부터 3년간은 부가가치세의 면제를 받지 못한다.

③ 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자가 제2항의 기간 경과후 부가가치세의 면제를 받고자 하는 때에는 다음 각 호의 사항을 기재한 면세적용신고서와 함께 제7조 제3항의 규정에 의하여 교부받은 사업자등록증을 제출하여야 하며, 면세적용신고서를 제출하지 아니한 경우에는 계속하여 면세를 포기한 것으로 본다.(각호 생략)

○ 제49조 자가공급등에 대한 과세표준의 계산

② 과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

당해 재화의 취득가액

X(1-

10

X경과된 과세기간의 수)X(면세사업에 일부

100

사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액 / 면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세 기간의 총공급가액) = 과세표준

○ 제61조매입세액의 안분계산

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 경영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 X

면세공급가액

총공급가액

○ 제63조 납부세액 또는 환급세액의 재계산

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용 면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

가산 또는 공제되는 세액=당해 재화의 매입세액

X(1-

10

X경과된 과세기간의

100

수)X증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 또는 감소된 면세사용

면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분 계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산한다.

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일 에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다. 끝.