원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제95조 제1항은 “양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 정하고 있다.

여기서 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다.

따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다

(대법원 2010. 10. 14. 선고 2010두7970 판결 등 참조). 그런데 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 3년 내에 신고한 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있다.

따라서 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였더라도 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 되면, 당초의 신고는 정당한 과세표준 및 세액을 초과한 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도인은 대금감액을 이유로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다.

이러한 법리는 주권 등의 양도를 과세대상으로 하는...