1. 피고가 2016. 3. 29. 원고에게 한 2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 37,186,831원의...

1. 처분의 경위

가. 원고는 부가통신사업 등에 종사하는 회사로서 2000. 4. 10. 주소지를 본점 사업장으로 하여 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 2014. 5. 31. 씨제이 대한통운 주식회사와 사이에 용인시 처인구 백암면 죽양대로904번길 46에 있는 물류센터에서 제품 입고ㆍ출고ㆍ보관 등 물류관련 제반서비스를 위탁ㆍ대행하는 내용의 물류대행서비스계약을 체결하였다.

다. 원고는 2015. 12. 7. 위 물류센터에 관하여 사업자등록을 하였고(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다), 2016. 1. 1. 부가가치세법 제8조 제3항의 사업자 단위 과세사업자로 전환하였다. 라.

원고는 2016. 1. 5. 2015년 제2기(7. 1. ~ 12. 31.) 부가가치세 확정신고를 하면서위 계약과 관련하여 2015. 6. 1.부터 2015. 11. 30.까지 발생한 용역수수료의 정산차액인 1,239,561,064원에 대한 세액 123,956,102원을 이 사건 사업장의 매입세액으로서 공제하여 신고하였다.

그에 따라 원고가 신고한 매출세액은 149,366,553원이고, 매입세액은 319,860,484원(위 매입세액 123,956,102원 다른 매입세액 195,904,382원)이며, 원고의 신고에 따른 환급세액은 170,493,931원(매출세액 149,366,553원 - 매입세액 319,860,484원. 다만 갑 제5호증에는 환급세액이 170,493,931원이 아닌 ‘170,503,931원’으로 기재되어 있다)이다. 마. 피고는 위 정산차액 수수료는 이 사건 사업장이 아닌 본점 사업장의 매입이라고 판단하여 2016. 3. 28.경 위 정산차액 수수료에 대한 세액 123,956,102원을 이 사건 사업장의 매입세액으로 공제하지 않고 가산세액 37,186,831원을 환급세액에서 차감하는 내용의 경정 결의를 하였다. 바. 피고는 2016. 3. 29. 원고에게, ‘매입가액 1,239,561,064원은 이 사건 사업장이 아닌 본점이 매입한 것이므로, 2015년 2기분의 부가가치세에 대하여 위...