1. 원고의 피고에 대한, 피고 작성 2018. 11. 16.자 '음식물류폐기물 민간위탁 관련 부가가치세...

1. 인정사실

가. 원고는 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물처리업 허가를 받은 폐기물처리업자인바, 피고와 사이에, 계약기간(당해년도) 동안 피고 관내에서 발생하는 음식물류 폐기물을 원고가 처리(수집운반, 재활용 또는 처분)하기로 하는 ‘음식물류폐기물 위탁처리 협약’(이하 ‘폐기물처리협약’이라고만 한다)을 2004년경 체결한 이래, 현재까지 매년 위 2004년도 폐기물처리협약과 거의 같은 내용의 폐기물처리협약을 반복하여 체결한 후 피고에게 피고 관내 음식물류폐기물 처리 용역을 제공하고, 피고로부터 폐기물처리협약에서 정한 용역대금을 지급받아 왔다.

나. 원고와 피고는 매년 폐기물처리협약을 체결할 때마다 음식물류폐기물 1톤당 처리비 단가를 새로 협의하여 정한 후, 협의한 단가를 “협약금액은 부가세 등을 포함하여 음식물류폐기물 1톤당 처리비 (협의단가)원으로 한다.”라는 문구를 사용하여 협약서에 기재해왔다.

다. 1) 피고의 상급 지방자치단체인 경기도는 2018. 9.경 피고에 대한 감사를 실시한 후 피고에게, ‘폐기물처리협약의 협약단가 부분 문구에 비추어볼 때, 피고는 원고가 부가가치세 면세업자임에도 불구하고 그 동안 원고에게 부가가치세를 포함한 단가를 적용하여 산정한 용역대금을 지급해왔던 것으로 보이므로, 피고가 원고에게 부당 지급한 부가가치세 상당액 중 소멸시효가 완성되지 아니한 2014. 1.분부터의 것을 원고로부터 환수하라.’는 취지로 지시하였다. 2) 이에 피고는 2018. 11. 16. 원고에게, 2014. 1.부터 2018. 5.까지 피고가 원고에게 폐기물처리협약에 따라 지급한 용역대금 중 부가가치세에 해당하는 것으로 피고가 자체 산정한 부분의 합계액인 545,457,200원을 2018. 12. 7.까지 피고에게...