판시사항
법령의 개정으로 면세사업자에서 과세사업자로 전환된 자의 재고품 매입세액 공제에 관한 부가가치세법시행규칙 부칙(1993. 12. 31.) 제6조의 규정 취지
판결요지
구 부가가치세법시행규칙(1993. 12. 31. 재무부령 제1957호) 제11조의5 의 개정으로 1994. 7. 1. 면세사업자에서 과세사업자로 전환되는 경우로서 같은 날 현재 사업자가 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품에 대한 매입세액의 공제를 받고자 그 부칙 제6조 제1항에 따라 같은 해 7. 25.까지 그 취지를 소관 세무서장에게 신고한 때에는, 같은 조 제2항에 따라 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 같은 해 7. 1. 이후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 이를 공제할 수 있는바, 여기서 '납부할 세액에서 공제한다'는 것은, 재고매입세액 공제 관련 규정의 내용에 비추어, 위 기간 동안의 거래에 대하여 납부할 세액이 있는 경우에 그 범위 내에서 이를 공제할 수 있다는 것을 뜻할 뿐, 납부할 세액이 없는 경우에도 통상의 매입세액과 같이 '매출세액'에서 이를 공제처리하여 그 결과 재고매입세액이 매출세액을 초과한다는 이유로 그 초과분을 과세관청이 사업자에게 환급하여야 하는 것은 아니다.
참조조문
부가가치세법 제12조 제1항 제17호 , 제17조 , 부가가치세법시행령 제38조 제1항 제5호 , 구 부가가치세법시행규칙(1995. 3. 31. 총리령 제494호로 개정되기 전의 것) 제11조의5 , 부가가치세법시행규칙 부칙(1993. 12. 31.) 제6조
원고,피상고인
농업협동조합중앙회
피고,상고인
개포세무서장 (소송대리인 변호사 조헌발)
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
이유
상고이유를 본다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 , 같은법시행령 제38조 제1항 제5호 에 의한 정부업무대행단체인 원고 법인이 그 고유목적 사업으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 종래 부가가치세가 면제되어 왔으나 1993. 12. 31. 같은법시행규칙 제11조의5 가 개정되면서 그 중 시(시) 이상의 지역에서 영위하는 소매업이 부가가치세의 과세대상으로 전환되자 원고가 관계 규정에 따라 1994. 7. 25. 같은 달 1. 현재의 재고품 가격을 금 275,523,979원으로 하여 피고에게 재고품신고서를 제출한 데 이어 1995. 1. 25. 전년도 제2기분(1994. 7. 1.1994. 12. 31.)에 관하여 기간내 총매출세액을 금 126,847,550원으로, 총매입세액을 금 127,645,007원으로, 그 차액 금 797,457원과 위 재고품의 매입세액 금 27,552,400원의 합계 금 28,349,857원을 환급세액으로 한 부가가치세의 확정신고를 하였는바, 피고는 위 기간내 납부할 세액에서 공제받지 못하거나 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액은 이를 환급받을 수 없다는 이유를 들어 부가가치세의 신고납부불성실가산세 금 2,755,240원을 부과결정한 후 거기서 피고가 환급하여야 할 위 금 797,457원을 공제하여 1995. 4. 16. 원고에게 나머지 금 1,957,780원(2,755,240원797,457원)을 납부고지한 사실을 각 인정한 다음, 이 사건의 원고와 같이 비록 일반 과세자로서 사업자등록을 하지 아니하였다고 하더라도 매입세액의 근거가 분명한 사업자의 매입세액은 법 제17조 제2항 제5호 에서 예정하고 있는 매입세액을 공제하지 아니하는 경우에 해당하지 아니한다는 전제 아래 원고가 한 재고매입세액의 환급신청에 대하여 피고가 위와 같은 가산세를 부과한 것은 위법하다고 판단하였다.
2. 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 당해 과세기간 내에 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되 이 경우 매출세액을 초과하는 매입세액은 이를 환급받을 세액으로 하는 것이므로( 부가가치세법 제17조 제1항 , 제2항 ), 납부세액의 계산시 매입세액은 실제의 거래시기와 과세기간을 달리하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음이 원칙이라 할 것이나, 같은법시행규칙(1993. 12. 31. 재무부령 제1957호) 제11조의5 의 개정으로 1994. 7. 1. 면세사업자에서 과세사업자로 전환되는 경우로서, 사업자가 당해 사업과 관련하여 취득한, 같은 날 현재 잔존하는 상품 등 재고품에 대한 매입세액의 공제를 받고자 그 부칙 제6조 제1항에 따라 같은 해 7. 25.까지 그 취지를 소관 세무서장에게 신고한 때에는, 예외적으로 같은 조 제2항에 따라 법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 같은 해 7. 1. 이후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 이를 공제할 수 있다 고 할 것이다. 다만 여기서 "납부할 세액에서 공제한다"는 것은, 재고매입세액 공제 관련 규정의 내용에 비추어, 위 기간 동안의 거래에 대하여 납부할 세액이 있는 경우에 그 범위 내에서 이를 공제할 수 있다는 것을 뜻할 뿐, 납부할 세액이 없는 경우에도 통상의 매입세액과 같이 '매출세액'에서 이를 공제처리하여 그 결과 재고매입세액이 매출세액을 초과한다는 이유로 그 초과분을 피고가 사업자에게 환급하여야 하는 것은 아니라고 할 것이다 .
그럼에도 불구하고, 원심이 이와 견해를 달리하여 같은 기간 동안의 거래에 대한 납부할 세액이 없는 경우에도 원칙적인 경우와 마찬가지로 납부할 세액을 초과하는 매입세액을 환급받을 수 있다는 취지로 판단한 것은 위와 같은 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저질렀다고 아니할 수 없다. 이 점을 지적하는 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.