1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001년 4월경 지주회사인 주식회사 엘지로부터 분할되어 설립된 법인으로 석유화학사업, 정보소재사업 등을 목적사업으로 하고 있다.

나. 원고 산하의 연구개발(R&D) 조직으로는 선행기술을 연구하는 기술연구원(CRD연구소, 정보전자소재연구소, 석유화학연구소)와 선행기술을 바탕으로 제품화, 적용기술 개발 및 고객에게 차별화된 솔루션을 제공하는 TS&D(Technical Service&Development)를 수행하는 테크센터가 있는데, 기술연구원과 테크센터는 모두 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2015. 1. 20. 법률 제13007호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법’이라 한다) 소정의 기업부설연구소로 신고하여 인정받았다.

다. 원고는 2010년부터 2013년까지 법인세 신고를 하면서 기술연구원장과 테크센터장의 인건비 및 테크센터 연구원의 인건비와 재료비를 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보아 법인세를 공제받았고, 2009년분은 당초 법인세 신고 시에는 세액공제 대상에 포함시키지 않았으나 2013년경 경정청구를 하여 해당 세액을 환급받았다. 라.

피고는 2014. 12. 12. 원고에게, 테크센터의 연구원은 연구활동 외 영업 및 A/S 등 다른 업무를 수행하므로 연구개발업무를 전담한다고 볼 수 없고, 테크센터장과 기술연구원장은 행정, 인사, 총무 등 연구 이외의 업무까지도 모두 총괄하는 기관장이므로 연구개발업무를 전담한다고 볼 수 없다는 이유로, 테크센터 연구원의 인건비와 재료비 및 테크센터장과 기술연구원장의 인건비는 모두 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6]의 연구인력개발비세액공제를 적용받는...