조심2008서1835 (2009.05.12)

결손금이 사후 소급공제대상이 아닌 것으로 밝혀진 경우 추징방법

당초 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받았다가 사후 소급공제대상이 아닌 것으로 밝혀진 경우 소급공제 환급세액과 이자상당액을 결손금 발생 사업연도에 법인세로 징수한 처분은 위법하므로 부당이득을 원인으로 반환을 청구하여야 함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 2008. 1. 16.자로 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 4,313,391,349원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다(소장 청구취지 기재 '4,313391,345원'은 오기로 보인다).

1. 처분의 경위

가. 원고의 2005. 3. 31. 2004사업연도 법인세 신고

① 과세표준 : 48,638,206,288원, ② 산출세액 13,120,315,697원

나. 원고의 2006. 3. 30. 2005사업연도 법인세 신고

① 과세표준 : - 15,975,523,516원, ② 산출세액 : 0원

다. 원고의 2006. 3. 30. 환급신청

(1) 신청사유 : 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 의거, 원고가 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당함을 이유로 2005사업연도 결손금 15,975,523,516원을 2004사업연도에 소급 공제 신청함

(2) 환급세액(2004사업연도 법인세 관련) : 4,313,391,349원

(위 산출세액 13,120,315,697원 - 결손금 공제 반영 후 산출세액 8,806,924,348원)

라. 피고의 2006. 4. 19. 환급 : 원고가 환급 신청한 4,313,391,349원을 환급함

마. 피고의 2008. 1. 16.자 2005사업연도 법인세 부과처분(이하 '이 사건 처분')

① 고지세액 : 4,929,343,630원(환급액 4,313,391,349원 + 이자상당액 615,952,285원)

② 처분사유 : 원고는 결손금 소급공제 대상인 법인세법 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업에 해당하지 않음

③ 근거법령 : 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항

바. 조세심판원 결정 : 위 이자상당액 615,952,285원 감액(이하 감액 경정되고 남은 4,313,391,349원의 고지처분을 '이 사건 처분'이라 한다)

[인정근거] 갑 3호증, 갑 4호증의 2, 을 1호증의 1, 2, 을 2호증의 4, 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항은 이 사건 처분의 근거가 될 수 없음에도 이를 유추ㆍ확장 해석하여 나온 이 사건 처분은 위법하다(피고가 더 이상 법인세법 제72조 제5항을 근거법령으로 주장하고 있지 않으므로 이에 관한 원고의 주장은 따로 살피지 아니한다).

나. 관계법령

법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고)

다. 판단

법인세법 제60조 제1항, 제66조 제2항 제1호, 제4항 등 관계규정에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하고, 납세지 관할세무서장 등은 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 과세표준과 세액을 경정하며, 경정한 후 그 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 경정하도록 규정하고 있고, 한편 법인세법 제72조 제1항은 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 일정 금액을 환급 신청할 수 있도록 규정하고 있다.

이러한 관계법령 및 위 1.항의 사실관계를 종합하여 보건대, 이 사건의 경우 원고의 환급신청 및 피고의 환급결정은 원고가 한 2004사업연도 법인세 신고 및 2005사업연도 법인세 신고와는 별개의 것으로서, 그 내용은 2005사업연도에 발생한 결손금을 2004사업연도에 소급 공제하여 그에 따라 산출되는 2004사업연도 법인세액을 초과하는 2004사업연도 기납부 법인세액을 환급해 달라는 원고의 신청에 대하여 피고가 이를 환급해 준 것이고, 또한 이 사건 처분은 뒤늦게 환급사유가 없음을 안 피고가 환급한 2004사업연도 법인세액을 징수하고자 한 것으로, 이는 법인세법 제60조, 제66조 제2항 제1호, 제4항에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 경정과는 무관하다(특히 이 사건 처분에서와 같은 2005사업연도 법인세와는 아무 관련이 없다) 할 것이므로, 위 규정을 근거로 하여 나온 이 사건 처분은 위법하고, 달리 이를 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수할 수 있다고 볼 근거가 없다(다만 부당이득을 원인으로 반환을 청구할 수 있음은 별론으로 하고, 현행 법인세법 제72조 제5항 제2호가 적용되는 사안에서는 이를 근거로 징수할 수 있을 것이다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.