1. 피고가 2014. 6. 2. 원고에 대하여 한 2012년 1기분 부가가치세 및 가산세 49,537,820원의 부과처분...

1. 처분의 경위

가. 원고는 구 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률(2014. 6. 3. 법률 제12737호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지역균형개발법’이라 한다) 제9조 등에 따른 개발촉진지구인 태백시 B 일원의 토지에서 C지역 개발촉진지구 개발사업으로 추진하는 D 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자로 지정받기 위하여 2008. 6. 16. 주식회사 어쌤이앤씨(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 ‘태백시 E동 관광지 조성계획을 위한 민간사업자 지정’에 관한 용역계약(이하 ‘이 사건 ① 용역계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 지구개발사업의 사업자로 지정받은 후 2012. 2. 22. 이 사건 사업의 실시계획을 인가받기 위하여 ‘실시설계 및 실시계획 수립, 지구단위계획 및 인허가’에 관한 조사설계 용역계약(이하 ‘이 사건 ② 용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 소외 회사로부터 각 용역을 제공받고 아래와 같이 발급받은 세금계산서의 각 공급가액(이하 순번에 따라 ‘이 사건 ① ~ ⑥ 용역대금‘이라 한다)에 관하여 그 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 2012년도 1, 2기분, 2013년도 2기분 부가가치세 신고를 하였다.

순번 작성일자 품목 공급가액(원) 세액(원) 1 2012.6.1. 태백시 E동 관광지 조성계획을 위한 민간사업자지정용역 150,000,000 15,000,000 2 2012.6.22. D조성사업 조사설계용역 234,000,000 23,400,000 3 2012.9.27. 상동 100,000,000 10,000,000 4 2012.10.31. 상동 34,000,000 3,400,000 5 2012.11.30. 상동 100,000,000 10,000,000 6 2013.10.31. D조성사업 조사설계용역 기성금 78,000,000 7,800,000 합계 696,000,000 69,600,000

다. 피고는 2014. 6. 2. 원고에 대하여 이 사건 각 용역대금에 관한 매입세액은 구 부가가치세법 2013. 6. 7....