1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1982. 11. 15. 민법 제32조에 따른 허가를 받아 설립된 법인으로 2016. 4. 22.경 그 소유인 인천 계양구 B 토지 등 5필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 C 개발사업의 시행을 위하여 수용됨에 따라 이 사건 토지에 대한 손실보상금으로 1,289,317,660원(이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다)을 지급받았다.

나. 원고 소속의 D향교는 2017. 1. 6. 국세청장에게 이 사건 토지가 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항에서 정한 ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것’에 해당하여 이 사건 보상금이 법인세 과세대상 소득에서 제외되는 것인지 여부에 관하여 국세청 법령사무처리규정(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에 따른 세법해석 사전답변신청을 하였다.

국세청장은 D향교에게 2017. 2. 6.까지 원고의 설립 근거법령, 정관 등 원고의 고유목적사업을 확인할 수 있는 서류와 이 사건 토지를 고유목적사업과 관련하여 사용한 내역 등을 제출하도록 보완요구하였고, D향교는 원고의 정관 등의 자료를 제출하였다.

다. 원고는 2017. 3. 31. 피고에게 2016 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였는데, 당시 이 사건 보상금을 법인세 과세대상 소득에 포함시키지 않았다. 라.

국세청장은 2018. 2. 19. D향교에게 이 사건 토지를 문묘, 교육시설의 설치 등에 사용한 경우에는 ‘고유목적사업에 직접 사용한 것’에 해당하나 이 사건 토지를 임대하거나 경작하여 발생한 수입을 고유목적사업에 사용한 경우에는 ‘고유목적사업에 직접 사용한 것’에 해당하지...