사립학교법에 의하여 설립된 비영리법인이 설립·운영하고 있는 사립대학교 내에서 수익사업을 하기 위하여 주차장 신축공사·종합복지관 신축공사에 관련된 용역을 실제로 공급받은 자가 과세업자인 학교법인이었음에도 세금계산서에 그 공급받는 자를 면세사업자인 그 산하 사립대학교로 기재한 사안에서, 수정 전 세금계산서상 ‘공급받는 자’란에 위 사립대학교 명칭과 그 고유번호가 기재된 것은 기재사항에 관하여 착오가 발생한 경우에 해당하여 수정세금계산서의 발행사유가 된다는 이유로, 부가가치세 경정청구를 거부한 처분 중 수정세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 구하는 부분은 위법하다고 한 원심판결은 정당하다고 한 사례

구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 , 제21조 , 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조

원고 학교법인 (소송대리인 변호사 손지열 외 5인)

성북세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)

서울고법 2009. 6. 3. 선고 2008누33558 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구「부가가치세법」(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 은 “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조 에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다.”고 규정하면서 그 각 호로 ‘1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 2. 공급받는 자의 등록번호, 3. 공급가액과 부가가치세액, 4. 작성년월일, 5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항’을 들고 있으며, 구「부가가치세법 시행령」(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 는 “ 법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조 의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.”고 규정하고 있다.

2. 원심은, 그 판시와 같이 원고가 산하에 ○○대학교를 설립·운영하면서 ○○대학교 내에 수익사업에 사용될 주차장 및 종합복지관을 신축하기로 하고, 소외 1 주식회사와 사이에 2002. 1. 16. 건축설계 및 공사감리계약을, 소외 2 주식회사와 사이에 2003. 2. 19. 주차장 신축공사계약을, 2004. 3. 11. 종합복지관 신축공사계약을 각 체결하면서, 다만 계약서의 건축주 또는 도급인 명의를 ○○대학교로 한 사실, 한편 원고는 신축되는 주차장과 종합복지관 운영 등의 수익사업을 위하여 2004년 3월경 피고에게 부가가치세 과세사업자로 사업자등록 신청을 하여 같은 달 9일 업태를 서비스업으로 하는 사업자등록증을 교부받은 사실, 그런데 원고는 2004. 3. 30.부터 2006. 1. 27.까지 사이에 소외 1 주식회사와 소외 2 주식회사로부터 위 주차장 및 종합복지관 신축공사(이하 2건의 공사를 합하여 ‘이 사건 공사’라고 한다)에 대하여 공급받는 자를 ‘ ○○대학교’로, 등록번호를 그 고유번호인 ‘ (상세번호 생략)’으로 하는 매입세금계산서 31장(이하 ‘수정 전 세금계산서’라고 한다)을 교부받은 사실, 그후 원고는 이 사건 공사에 관련된 각종 계약서의 건축주 또는 도급인 명의를 ○○대학교에서 원고로 변경하는 한편 소외 1 주식회사와 소외 2 주식회사에 요청하여 수정 전 세금계산서에 관하여 2006년 12월경 ‘거래처 착오분 정정 발행’을 이유로 한 수정세금계산서를 교부받은 사실, 이 사건 공사가 이루어진 ○○대학교 내 부지와 이 사건 공사로 신축된 건축물의 소유자는 원고이고, 공사와 관련된 각종 인·허가도 원고 명의로 받은 사실 등을 인정한 다음, ① 이 사건 공사를 위한 건축설계 및 공사감리계약과 신축공사계약의 당사자는 원고로 보아야 할 것이고 당초 ○○대학교 명의로 작성된 계약서는 착오로 인하여 도급인을 잘못 기재한 것으로 보아야 하는 점, ② 부가가치세의 신고·납부는 사업장별로 이루어지지만, 이 사건 공사를 위한 건축설계 및 공사감리계약과 신축공사계약의 내용은 주로 과세사업에 관련된 것이고, 이 사건 공사의 목적인 수익사업은 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 원고의 사업이며, 위 과세사업과 관련된 사항의 세금계산서의 수령 주체 역시 원고가 되어야 하는 점, ③ 공급받는 자인 원고가 착오로 당초 ○○대학교 명의로 소외 1 주식회사나 소외 2 주식회사와 건축설계 및 공사감리계약과 신축공사계약을 체결하는 바람에 공급하는 자인 소외 1 주식회사나 소외 2 주식회사도 착오로 세금계산서의 공급받는 자를 원고가 아닌 ○○대학교로 기재한 것이라고 볼 수 있는 점, ④ 이 사건과 같이 공급받는 자의 등록번호를 원고 산하 ○○대학교의 고유번호로 잘못 기재한 경우에는 수정세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받도록 하더라도 거래질서를 어지럽힐 우려가 없고, 부가가치세 체계에 혼란을 초래한다거나 악용의 소지가 없는 점 등을 종합하여 보면, 수정 전 세금계산서상 ‘공급받는 자’란에 ○○대학교라는 명칭과 그 고유번호가 기재된 것은 기재사항에 관하여 착오가 발생한 경우에 해당하여 수정세금계산서의 발행사유가 된다는 이유로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분 중 원고가 수정세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 구하는 부분은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 각 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있다.

원심판결에는 상고이유로 주장하는 바와 같이 사업장별 과세원칙에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.