과세연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제 방법

피합볍법인의 사업 전부를 승계한 경우 직전 4년간 연구비의 연평균발생액은 합병 사업연도의 개시일부터 종료일까지의 사업연도 월수로 나누어 계산하여야 함

조세특례제한법 제10조

2015구합101718 법인세경정거부처분취소

xxx 유한회사

천안세무서장

2016. 3. 2.

2016. 4. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2014. 3. 11. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 742,714,243원의 경정청구거부처분 중 333,677,133원을 초과하는 부분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 반도체 및 디스플레이용 유기화학물질 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 2010. 7. 1. aaa 유한회사(이하 '피합병법인'이라 한다)를 흡수합병한 후 같은 날 합병등기를 마쳤다.

나. 원고와, 원고가 피합병법인으로부터 인수한 연구소(이하 '이 사건 승계연구소'라 한다)의 2006 사업연도부터 2010 사업연도(원고의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31. 까지이다)까지 발생한 연구・인력개발비(이하 '연구비'라 한다)는 아래 표 기재와 같다(다만 아래 표의 원고의 2010 사업연도 연구비는 이 사건 승계연구소에서 발생한 연구비를 제외한 금액이다).

다. 원고는 2010 사업연도 법인세 신고 시 연구비로 지출한 2,094,305,093원에 대하여 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호 나목에 따라 77,908,149원의 세액공제를 신청하였다. 라. 원고는 이 사건 승계연구소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제신청을 누락하였다는 이유로 2014. 1. 7. 피고에게 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항에 따라 이 사건 승계연구소에서 합병등기 이후 발생한 연구비 2,161,646,213원에 대한 세액공제액은 455,621,373원[=이 사건 승계연구소에서 합병 이후 발생한 연구비 2,161,646,213원 - (피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액 2,045,185,561원 × 6/12) × 0.4]이라고 주장하면서 법인세 과세표준 및 세액경정 청구서를 제출하였고, 위 세액공제액을 포함하여 이미 납부한 법인세 1,257,822,740원을 환급하여 달라는 세액환급청구를 하였다.

마. 피고는 2014. 3. 11. 이 사건 승계연구소에서 합병등기 이후 발생한 연구비 2,161,646,213원에 대한 세액공제액을 46,584,261원[=이 사건 승계연구소에서 합병 이후 발생한 연구비 2,161,646,213원 - (피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발 생액 2,045,185,561원 × 12/12)× 0.4]으로 산정하고, 원고가 주장하는 비용 중 333,677,131원은 세액공제의 대상이 아닌 것으로 판단한 후 세액공제액을 재산정하여 원고에게 법인세 515,108,500원 및 이에 대한 환급가산금을 환급하였고, 나머지 742,714,243원에 대한 경정청구는 거부하였다.

바. 원고는 피고의 위 경정거부처분 중 피고가 세액공제의 대상이 아니라고 인정한 333,677,131원을 초과한 409,037,112원에 대한 경정거부처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였으나, 위 청구는 2015. 1. 15. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 조세특례제한법 제10조 제2항, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3, 4, 5항은 연구비에 대한 세액공제액 계산방법을 규정하고 있는데, 이는 연구비가 과거 평균 발생액보다 증가하였을 경우 법인간 사업연도의 차이, 합병 여부 및 그 시기에 관계 없이 그 증가분에 대하여 일정한 비율의 연구비 증가분을 산정하여 세액공제가 공평하게 이루어질 수 있도록 함으로써 기업의 연구개발을 장려하는 취지이다.

구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항은 사업연도가 1년이 되지 않는 경우 직전 4년간 연구비의 연평균발생액도 그에 상응하는 개월수로 환산하는 규정을 두고 있고, 같은 조 제4항은 '제3항의 계산식 중 해당과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구비 합계액을 계산할 때' 합병 전 피합병법인에서 발생한 연구비는 합병법 인에서 발생한 것으로 보는 한편, 피합병법인으로부터 일부 사업을 승계한 경우, 피합병법인에서 합병 전의 연구비 연평균발생액을 계산할 때 그 사업이 피합병법인의 매출액 또는 자산가액에서 차지하는 비율에 따라 계산하여야 한다고 규정하고 있다.

그런데 합병이 사업연도 중간에 이루어진 경우, 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비에 대하여는 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 따라 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 계산할 때 4년간 연구비의 합계액을 4로 나눈 금액에 '해당 과세연도의 개월수/12'를 곱하게 되어 있어 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 해당 과세연도의 개월 수에 따라 환산하게 되어 있다. 반면, 피합병법인으로부터 승계한 연구소에서 합병 후 발생한 연구비에 대한 합병법인의 세액공제액을 산정할 때, 합병법인의 해당 과세연도를 합병 전후를 포함하여 12개월로 보는 경우에는 합병 후 승계연 구소에서 연구비가 발생한 기간은 12개월이 되지 않는 반면, 직전 4년간 연구비의 연평균발생액은 12개월을 기준으로 계산하게 된다. 이는 위에서 본 바와 같이 피합병법인이 합병 전 발생한 연구비에 대하여 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 해당 과세연도의 개월수로 환산하여 세액공제를 받는 것과 균형이 맞지 않는다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을, 합병이 과세연도 중간에 이루어진 경우 피합병법인으로부터 승계한 연구소에서 발생한 연구비의 증가분을 계산할 때에도 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 합병 이후 개월수로 환산하여야 한다는 것으로 해석하는 것이 조세평등주의와 위 구 조세특례제한법, 같은 법 시행령의 입법취지에 부합한다.이 사건에 관하여 보면, 원고의 2010 사업연도 중 합병 이후 개월 수는 2010. 7. 1.부터 2012. 12. 31.까지 6개월이므로, 합병 후 승계연구소에서 발생한 연구비 2,161,646,213원에 대한 세액공제액은, 위 연구비 2,161,646,213원 중 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액 2,045,185,561원을 합병 이후 개월 수로 환산한 1,022,592,780원(= 2,045,185,561 × 6/12)을 초과하는 금액에 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에 규정된 비율인 0.4를 곱한 455,621,373원이 된다. 따라서 피고는 원고에게 위 세액공제액 455,621,373원을 환급해주어야 함에도 불구하고 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 합병 이후 개월 수로 환산하지 않고 위 연구비 2,161,646,213원에 대한 세액공제액을 46,584,261원(= 2,161,646,213원 - 2,045,185,561원 × 12/12 6 × 0.4)로 산정한 결과 409,037,112원에 대한 원고의 경정청구를 거부하였다. 따라서 이 사건 처분은 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을 위반한 것으로 위법하다(이하 '① 주장'이라 한다).

2) 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을 위와 같이 해석할 수 없다면 합병 여부 및 그 시기에 따라 세액공제액이 달라지는 결과가 발생하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항은 조세평등주의에 위배되고, 상위법인 구 조세특례제한법의 위 임한계를 일탈하여 위법・무효이고, 피고의 이 사건 처분은 무효인 시행령에 근거한 것으로 위법하다(이하 '② 주장'이라 한다).

3) 가사 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항을 위와 같이 해석할 수 없다고 하더라도, 피합병법인에서 2010 사업연도에 발생한 연구비 중 합병 이후에 발생한 부분만이 원고에게 승계되었으므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서를 적용 또는 유추적용하여, 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 산정할 때 피합병법인의 사업연도에서 합병 후 연구비가 발생한 기간이 차지하는 비율인 6/12에 따라 위 금액을 환산하여야 한다. 따라서 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 위 비율에 따라 환산하지 않고 한 이 사건 처분은 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항을 위반한 것으로 위법하다(이하 '③ 주장'이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목은 해당 과세연도에 발생한 연구비가 해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 세액공제액으로 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항은 구 조세특례제한법 제10조 제2항 에 따른 4년간 발생한 연구비의 연평균발생액을 "해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구비의 합계액/4 × 해당 과세연도의 개월 수/12"의 계산식에 따라 계산하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구비의 합계액을 계산할 때 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비는 합병법인에서 발생한 것으로 보고, 다만 합병법인이 피합병법인의 사업 일부를 승계한 경우에는 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비에 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율 또는 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱하여 산정하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 위 제3항의 계산식을 적용할 때개월 수는 월력에 따라 계산하도록 규정하고 있다.

2) ① 주장에 관한 판단

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감 면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에서 연구비 증가분에 대한 세액공제를 규정한 것은 납세자의 조세부담 완화를 유인책으로 하여 연구・개발을 장려하려는 취지이므로, 특혜규정에 해당한다. 따라서 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목과 그에 따른 세액공제액 계산방법을 규정한 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항, 제4항, 제5항은 엄격하게 해석되어야 한다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 규정된 계산식의 '해당 과세연도 개월 수'는 세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도를 의미함이 그 문언상 명백하다. 또한 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항은 합병이 이루어진 경우 직전 4년간 연구비 연평균발생액을 산정할 때 피합병법인에서 합병 전 발생한 연구비도 합산하되, 다만 피합병법인으로부터 사업을 일부 승계한 경우에는 그 일부 사업이 전체 사업에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다는 취지이고, 같은 조 제5항은 개월수를 계산할 때 월력에 따라 계산하도록 한 것이므로, 위 각 규정을 종합하여 보면 합병이 사업연도 중간에 이루어져 피합병법인으로부터 승계받은 연구소에서 발생한 연구비의 증가분을 계산하는 경우 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항의 '해당 과세연도 개월 수'를 원고의 주장과 같이 '합병 후 개월 수'로 볼 수 없다.

원고의 2010 사업연도는 앞서 본 바와 같이 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31. 까지이므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항의 계산식에 적용될 원고의 해당 과세연도의 개월 수는 12개월이다. 따라서 원고의 ① 주장은 이유 없다.

3) ② 주장에 관한 판단

구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 의하면, 합병이 사업연도 중간에 이루어진 경우 피합병법인과 합병법인이 각 연구비에 대하여 세액공제를 받을 수 있는 총액이, 피합병법인과 합병법인이 각 합병이 없었을 경우 동일한 액수의 연구비에 대하여 세액공제를 받을 수 있는 총액보다 적어지고, 합병시기가 사업연도 말에 근접할수록 두 법인이 세액공제를 받을 수 있는 총액이 더 적어지는 것은 사실이다.

그런데 합병이 사업연도 중간에 이루어진 경우 피합병법인만이 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에 따라 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 개월수에 따라 환산한 금액을 기준으로 세액공제를 받을 수 있는 것은, 피합병법인의 과세연도의 개월 수가 조세특례제한법 제2조 제1항, 법인세법 제8조 제1항에 의하여 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 개월 수가 되는 반면, 합병법인의 과세연도의 개월수는 사업연도 말까지가 되기 때문이다. 즉, 원고의 2010 사업연도가 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지 12개월인 사실은 앞서 본 바와 같은데, 과세연도의 개월 수가 12개월임이 명백한 원고의 연구비에 대한 세액공제액을 산정함에 있어, 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 합병 전후의 기간을 구별하여 그 각 기간에 따라 환산하지 않는 것은 합병법인인 원고와 피합병법인의 과세연도의 개월 수가 다르기 때문이므로, 위 각 경우를 비교하여 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항이 실질적으로 같은 것을 다르게 취급한다고 볼 수 없다. 따라서 합병 여부 및 그 시기에 따라 피합병법인 및 합병법인이 받을 수 있는 세액공제액의 총액이 달라진다고 하더라도 이를 조세평등주의에 위배된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 ② 주장 또한 없다.

4) ③ 주장에 관한 판단

앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3, 4항은 특혜를 주는 조항으로서 엄격하게 해석되어야 한다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서는 합병법인이 피합병법인의 사업의 일부를 승계한 경우에 적용됨이 문언상 명백하고, 이 사건과 같이 원고가 피합병법인의 사업 전부를 승계한 경우에는 적용 또는 유추적용될 수 없다. 따라서 원고의 ③ 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 피고가 원고의 합병 후 이 사건 승계사무소에서 발생한 연구비에 대한 세액공제액을 산정함에 있어 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 원고의 2010 과세연도의 개월 수인 12개월을 기준으로 계산하여 한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.