1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지...

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같은 부분을 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

가. 제1심판결 제6면 제10행의 “위법무효이고”를 “위헌위법한 것으로서 무효이고”로 고쳐 쓴다.

나. 제1심판결 제9면 제3행부터 제17행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

"그러나 원고의 주장처럼 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병법인의 ‘해당 과세연도의 개월 수’를 ‘합병 후 개월 수’로 보면, 예를 들어 이 사건에서 이 사건 승계연구소 연구비에 한정하여 보면, 피합병법인이 합병 전(2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까지) 이 사건 승계연구소 연구비로 ‘0원’을 지출하고, 합병 후(2010. 7. 1.부터 2010. 12. 31.까지)에 원고가 이 사건 승계연구소 연구비로 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액 2,045,185,561원과 동일한 금액을 지출한 경우에도 이 사건 승계연구소에서 합병 이후 발생한 위 연구비에서 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액의 6/12를 공제한 금액의 40/100에 해당하는 금액을 세액공제 해주어야 하는 불합리가 발생할 수도 있는 점 합병이 없었을 경우 2010년 1년간 지출된 총 연구비가 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액과 동일하여 그 증가분이 없으므로 이 사건 승계연구소와 관련하여 세액공제되는 금액이 없었을 것인데, 합병이 있었다는 이유만으로 세액공제되는 금액이 발생하는 부당한 결과가 도출된다.

이러한 결과는 연구비가 과거 평균 발생액보다 증가하였을 경우 그 증가분에 대하여 세액공제가 이루어지도록 함으로써 기업의...