조심2010서0276 (2010.05.06)

직전 4년간 지출한 연구개발비가 없을 경우 연구인력개발비 세액공제 산정방법

과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비가 없다 하더라도 당해연도에 발생한 연구인력개발비를 기준으로 4년간 연평균발생액을 계산하여 이를 초과하는 경우 초과금액의 50%상당액을 세액공제 받을 수 있음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 2009. 11. 1. 원고에 대하여 한 2008년 사업연도 법인세 204,625,730원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은피고가부담한다.

주문과같다.

1.처분의 경위

가. 원고는 소프트웨어 개발 및 공급 등을 사업목적으로 하여 1999. 6. 24. 설립된 회사이다.

나. 원고 회사는 1997. 7. 26. 한국산업기술진흥 협회장으로부터 '(주)△△통신 부설 CG&C;연구소'를 원고 회사의 부설연구소로 인정받아 그 무렵부터 2003. 7. 19. 그 인정이 취소될 때까지 운영하였다.

다. 원고 회사는 2007. 8. 24. 한국산업기술진흥 협회장으로부터 '(주)△△통신 MC연구소'(이하 '이 사건 연구소'라 한다)를 원고 회사의 부설연구소로 인정받아 그 무렵부터 위 연구소를 운영하고 있다.

라. 원고는 2008. 9. 29. 피고에게 2007. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지 사업연도(이하 '이 사건 사업연도'라 한다)기간 동안 이 사건 연구소를 운영하면서 인건비 등 연구개 발비로 522,424,239원(이하 '이 사건 연구개발비'라 한다)을 지출하여 구 조세특례제한 법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제1호 가.목에 따라 이 사건 연구개발비의 50%에 해당하는 261,212,119원(= 522,424,239 x 0.5, 원 미만 버림)이 법인세액 공제대상이고, 결국 이 사건 사업연도 기간 동안의 법인세로 납부할 것이 없다고 신고하였다.

마. 피고는 원고 회사가 이 사건 사업연도 직전 4년간 연구 및 인력개발비를 지출한 사실이 없어 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 나.목에 따라 이 사건 연구개발비의 15%에 해당하는 78,363,635원(= 522,424,239 x 0.15, 원 미만 버림)만이 법인세 액 공제대상이라고 보아 2009. 11. 1. 원고 회사에 대하여 이 사건사업연도에 대한 법인세204,625,738원(가산세 21,777,254원 포함)을 경정 고지하였다(이하 '이 사건 처 분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1~13호증, 을1호증, 을2호증의 1~10의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 지출된 연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 해당 과세연도에 지출된 연구 및 인력개발비 전체를 증액부분으로 보아 그 증액부분의 50%를 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 가.목에 따라 법인세 액에서 공제하여야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에서는 '중소기업이 2009. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는,① 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의50에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법(가.목), ② 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법(나.목) 중 선택하여 법인세액에서 공제받을 수 있다'고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항에서는 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다 라고 규정하고 있다.

그러므로 살피건대, 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진하고자 하는 구 조세특례제한법 제10조의 입법취지, 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가.목에서 직전4년 간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점 등 그 규정형식, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항에서는 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 인력개발비의 합계액으로 보도록 하는 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 보면, 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가.목에 의한 세액 공제를 허용하여야 할 것이다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두22454 판결 참조).

위 법리에 비추어 볼 때, 원고 회사가 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가. 목에 따라 이 사건연구개발비의 50%에 해당하는 261,212,119원을 법인세액 공제대상 으로 하여 이 사건사업연도 법인세를 신고한 것은 적법하다고 할 것이므로, 이를지 적하는 원고 회사의 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3.결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.