조심-2011-서울청-1754 (2012.06.08)

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면 재수탁업체의 전담부서 보유여부를 불문하고 위탁에 따른 비용은 세액공제 대상임

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면, 수탁업체들에게 다시 연구개발용역을 의뢰하였다고 하더라도 재수탁업체의 전담부서 보유여부를 불문하고 위탁에 따른 비용은 세액공제 대상임

조세특례제한법 제10조연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

2012구합30219 법인세부과처분취소

△△금융투자 주식회사

○○○세무서장

2013. 4. 30.

2013. 6. 14.

1. 피고가 2011. 3. 7,원고에 대하여 한 2008. 4. 1. - 2009. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 743,299,370원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다

청 구 취 지

주문과 같다

1 처분의 경위

" 가. 원고(변경 전 상호 □□□□□증권 주식회사)는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률'에 따라 금융투자업을 영위하는 법인으로서 2008, 7. 1. 연구개발 전담부서를 보유한 주식회사 LG CNS(이하 '이 사건 수탁업체'라고 한다)와 사이에 전사적 자원관리 (ERP) .시스템, 퇴직연금 RK 시스템, 리스크관리선진화 시스템, IFRS 회계관리 시스템 등 전산시스템 연구개발을 위탁하는 내용의 '□□□□□증권 시스템 구축 개발 계약' (이하 '이 사건 위탁계약'이라 한다)을 체결하였고，이 사건 위탁계약에 따라 15,137,097,330원의 가술용역개발비(이하 '이 사건 연구개발비'라고 한다)를 지출하였다.", " 나. 원고는 2008, 4. 1, ~ 2009. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 신고시 구 조세제한특례법(2008, 12, 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것，이하구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조에 의하여 5,525,168,158원의 연구개발비 세액공제를 한 후 위 사업연도의 법인세를 신고, 남부하였다.", 다. 피고는 2011. 3. 1.원고에 대하여 '이 사건 연구개발비 중 9,106,572,604원은 이 사건 수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 비:용이어서 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다'는 이유로 2008. 4 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 4,271,050,260원을 부과처분하였다(이하 '이 사건 당초 처분'이라 한다).

라. 이에 원고는 2011. 5, 3. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2012. 6. 11. '수탁업체가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다가는 이유로 "피고가 2011. 3. 7. 원고에게 한 2008, 4. 1. - 2009. 3. 31, 사업연도 귀속 법인세 4,271f050,2抑원의 부과처분은 동 사업연도에 원고가 전산시스템 개발용역을 위탁한 이 사건 수탁업체가 재위탁하여 지출한 비용(9,106,572,604원) 중 연구개발 전담부서 또는 기업부설연구소가 있는 업체에게 지급한 금액(7,252,414,646원)에 대하여는 조세특례제한법 제10조의 연구，개발인력비에 대한 세적공제를 적용하여 그 세액을. 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다 .는 결정을 하였다.

마. 피고는 위 심판결정의 취지에 따라 2012. 6. 27. 원고에게 당초 처분 중 2008. 4.1. - 2009. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 3,527,750,890원을 환급하였다(당초 부과처분 액 4,271,050,260원에서: 환급된 3,527,750,890원을 공제한 나머지 743,299,370원 부분 을 '이 사건 처분'이라 한다),

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갈 제1, 2, 3호증, 갑 제4호증의 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면, 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고, 위탁에 따른 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 소정의 세액공제 대상이다.

(2) 피고

"(가) 우선, 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다. 나아가 조세특례제한법 저j9조 제5항의 해석.상 연구개 발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 '신규성'과 '진보성'이 인정되어야 하는데, 전산 시스템울 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수도 없다.", "(나) 다음으로, 조세특례제한법이 위탁과 재위탁을 구분하고 있는데 이 사건에 적용되는 구 조세특례제한법 제10조 제1항，구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4 대통령령 제213037호로 개정되기 전의 것, 이하'구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제 9조 제2항, [별표6] 제1호 나목에서는 세액공제 대상에위탁씨라고만 규정하고 있고 '재위탁'이라고는 규정하고 있지 않았으며，이후 2012. 2. 2, 대통령령 제23590호로 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목이 세액공제 대상，비로소 '재위탁'을 포함하는 것으로 개정된 점 등에 비추어 보면, 재위탁된 연구개발비용은 세액공제대상이 아니라고 보아야 한다.", 나아가 전담부서 제도를 둔취지, 자체개발의 경우 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용된다는 서울고등법원 2010누25635 판결 등을 고려해 보면, 적어도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제 대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다 판단

(1) '연구개발'에 해당하는지 여부

" 조세특례제한법 제9조 제5항은 '연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동비라고'규정하 고 있는바, 위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 위탁한 용역은 대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이므로, 이를 연구개발이라고 보는데 어려움이 없다.", " 한편, 위 조항에진전'이나 '새로운'이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만, 여기", "서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로, 피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인신규성'과 '진보성'까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없다,",(2) 재위탁된 경우 세액공제 대상아 아닌지 여부

" 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6재1 판결 참조)，구 조세꼭례제한법 제10조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제9 조 제2항, [별표6] 제1호 나목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발 용역을 '위탁'함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하고 있을 뿐, 위 법령 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 남세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다.", 특히 위 문언대로라면, 이후 세액공제 대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것으로 개정되고, 또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제 대상이라는 취지로 개정된 법령을 해석하는 때와는 달리, 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수범자에게는 재위탁 내지 재 수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측한다는 것을 기대하기는 어렵다.

여기에 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고 (대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조), 대규모 전산개발용역은 융합기술개 발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피하다는 점, 이 사건 법령의 개정 경위가 논리필연적으로 피고 주장의 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보면，결국 원고가 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구 개발용역을 위탁한 이상, 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도，재수탁업체의 전담부서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히: 세액공제대상에 해당한다고 봄이 타당하다(한편, 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 관결은 이 사건과 사안을 달리 하는 것으로서 앞서의 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다).

(3) 소결론

따라서 이 사건 수탁업체들이 전담부서를 보유하고 있지 않은 재수탁업체에게 재위탁한 연구개발비가 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구，인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.