조심2010서2975 (2010.11.17)

양도 주택은 100분의 30의 장기보유특별공제율 적용대상임

주택 양도 당시 2채의 주택을 더 소유하고 있었으므로 100분의 30의 장기보유특별공제율을 적용하여 예정신고한 것이 적법하다는 이유를 들어 경정청구를 거부한 처분은 적법함

2011구단1637 양도소득세경정신청에대한거부처분취소

김XX

OO세무서장

2011.5.20.

2011.6.17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2010. 2. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정신청(금 215,493,152원을 금 45,538,956원으로 경정) 거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1980. 2. 11. 서울 XX구 XX동 46-1 대지 349㎡ 및 지상 주택(이하 '이 사건 주택'이라 한다)을 취득하여 2009. 8. 25. 1,365,000,000원에 양도하고, 같은 날 양도소득 과세표준예정신고를 한 뒤 2009년 귀속 양도소득세 215,493,150원을 납부 하였는데, 2010. 1. 13. 피고에 대하여 이 사건 주택에 대하여 장기보유특별공제율을 잘못 적용하였으므로 예정신고를 하고 납부한 양도소득세 중 45,538,956원을 초과하는 금원을 환급받아야 한다는 취지로 경정청구를 하였다.

나. 피고는 2010. 2. 5. 원고가 위 양도 당시 이 사건 주택 외에 2채의 주택을 더 소 유하고 있었으므로 소득세법 제95조 제2항 본문의 100분의 30의 장기보유특별공제율 을 적용하여 예정신고한 것이 적법하다는 이유를 들어 위 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l호증의 1, 2, 갑 제2호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 주택의 양도 당시 서귀포시 소재 주택과 태안군 소재 주택을 더 소유하고 있었으나, 서귀포시 주택과 태안군 주택은 모두 수도권 및 광역시 외의 지역에 소재하는 주택으로 당해 주택 및 부수 토지의 기준시가 합계액이 3억 원을 초과하지 아니하는 주택에 해당하므로 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제1호에 의하여 주택의 수를 계산함에 있어 산업하지 아니하는 것이다. 따라서 이 사건 주택은 같은 시행령 제159조의2에서 규정한 "그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택"에

해당하므로 이 사건 주택의 양도에 관하여 소득세법 제95조 제2항 단서가 적용되어 1 세대 1주택에 적용하는 100분의 80의 장기보유특별공제율에 의하여 양도소득세를 산 정하여야 한다. 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관계법령 : 별지 기재와 같다.

다. 판단

관계법령을 종합하면, ① 구 소득세법시행령 제167조의3 제1항에서 같은 항 제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 않는 것은 그 문언 상 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의3의 규정(100분의 60의 중과세율이 적용되는 자산) 에서 "대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"인지 여부를 결정하는 데 있어 전제가 되는 사항 즉, "국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대"인지 여부 를 판단함에 있어 주택의 수에 산입하지 않는다는 것으로 보이는 점, ② 같은 시행령 제159조의2에서 "그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택"도 같은 법 제95 조 제2항 단서의 1세대 1주택에 적용되는 장기보유특별공제율을 적용하도록 하고 있으나, 같은 시행령 제167조의3 제1항에서는 "제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산업하지 않는다"고 되어 있을 뿐 다른 주택을 1세대 1주택으로 본다"고 규정되어 있지 않은 점을 모두 고려하면, 위 시행령 제167조의3 제1항은 양도소득세율에 관한 같은 법 제104조 제1항에 관한 것일 뿐, 장기보유 특별공제액에 관한 같은 법 제95조 제2항 단서의 1세대 1주택에 해당하는 자산인지 여부를 판단하는 것과는 관련이 없는 것으로 봄이 타당하다. 원고의 위 주장은 받아들일 수 없고, 이 사건 거부처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.