서울행정법원2009구합34945 (2010.01.08)

조심2009서0485 (2009.05.26)

주무관청에 등록되지 않는 개별교회는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없음

주무관청의 검사 ・ 감독을 받는(민법 제37조) 등록단체에 한해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있도록 한 것은 과세정책적 판단에 기인한 것으로 보이며, 주무관청에 등록되지 않는 개별교회는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없음

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 8. 8. 원고에 대하여 한 2007사업연도 법인세 138,999,530원의 부과처분을 취소한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 중 제5쪽 제6 내지 7행 사이의 '라)'항 부분을 "종교단체의 경우 민법 제32조에 의하여 설립허가를 받는 방법 외에는 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 주무관청에 등록할 방법이 없고, 또한 대한예수교장로회 소속의 교회인 원고와 같은 경우에는 주무관청에서 일부 예외적인 경우(부득이한 경우나, 기존 법인의 규모와 비교하여 일정 규모 이상의 대규모인 경우)를 제외하고는 개별적으로 법인설립 허가를 해 주지 않기 때문에 사실상 개별교회의 경우에는 법인세법 시행령 제56조 제1항, 제36조 제1호 제1호 마목에서 정한 단체에 해당하지 아니하여 고유목적사업준비금의 손금 산입이 제한될 수 있는 여지가 있다고 하더라도, 종교단체 중에서 주무관청의 허가를 받아 민법에 의하여 설립되고(민법 제31조, 제32조) 주무관청의 검사 ・ 감독을 받는(민법 제37조) 등록단체에 한해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있도록 한 것은 과세정책적 판단에 기인한 것으로 보이며, 개별교회가 민법에 의한 법인 설립을 바람에도 불구하고 주무관청이 이를 허가하지 않는 것이 부당한 경우에는 행정소송 등을 통해 그 불허가를 다투어 법인을 설립할 수 있을 것이므로 단지 그와 같은 사정들을 이유로 이 사건 법인세법 시행령 소정의 '주무관청에 등록된 단체'의 범위를 법령의 문언과 달리 그 소속 개별 교회인 원고에까지 확장하여 해석하여야 한다고 볼 수는 없다"로 고쳐 쓰는 것을 제외하고는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면, 제1심 판결은 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하 여 주문과 같이 판결한다.