1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 당사자의 지위 원고는 농업협동조합법에 따라 설립된 지역농업협동조합으로 제주시 봉개동 2589-4 주차장 501㎡(이하 ‘이 사건 제1 부동산’이라 한다), 제주시 내도동 628-3 주유소용지 749㎡(이하 ‘이 사건 제2 부동산’이라 한다)의 소유자이고, 피고는 농지보전부담금의 귀속주체이다.

나. 2008. 10. 2.자 농지보전부담금 부과처분 1) 원고는 제주시 봉개동 2589-3 토지에서 운용하고 있는 ‘제주시농협 동부주유소’의 주차장으로 활용하기 위하여 2008. 8.경 제주시장에게 당초 농지(지목 : 과수원)이던 이 사건 제1 토지를 ‘주차장’ 용지로 전용하는 내용의 농지전용 등의 허가를 신청하여, 그 무렵 그 개발행위허가를 받았다. 2) 제주시장은 원고에게 위 농지전용허가와 관련하여 농지보전부담금 22,545,000원을 부과하였고, 원고는 2008. 10. 2. 농지보전부담금의 수납 업무를 대행하고 있던 한국농어촌공사측에 위 농지보전부담금을 납부하였다.

다. 2009. 1. 30. 및 2009. 3. 20.자 농지보전부담금 부과처분 1) 원고는 당초 농지(지목 : 전)이던 이 사건 제2 토지 지상에 ‘제주시농협 서부주유소’를 설치하기 위하여 건축법 제14조의 규정에 따라 2008. 10. 27. 제주시장에게 위험물저장 및 처리시설(주유소)에 대한 건축신고를 하여 제주시장으로부터 건축허가를 받았고, 건축법 제11조 제5항 제7호에 따라 위 토지에 대한 농지전용허가가 의제되었다. 2) 제주시장은 원고에게 위 농지전용허가와 관련하여 2008. 12.경 27,0050,000원, 2009. 3.경 8,112,000원의 농지보전부담금을 각 부과하였고, 원고는 한국농어촌공사측에 2009. 1. 30.에 27,050,000원, 2009. 3. 20.에 8,112,000원을 각 납부하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함 의 각...