예정신고에 대한 경정청구 기산점 및 골프장 토지관련 매입세액 공제가능 여부

예정신고에 대한 경정청구 기산점은 확정신고 기한이 종료하는 때에 성립하고, 골프장 조성을 위하여 지출한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로써 그 토지관련 매입세액은 불공제됨

부가가치세법 제 17조 납부세액

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

및 항소 취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 2. 20. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증 내지 갑10호증 내지 을8호증의 각 1, 2, 을9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

"가. 원고는 ○○ ○○○ ○○○ ○○○ 산 183-6에서 골프장설치운영업 등을 영위하는 사업자로서, 아래표 기재와 같이 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지 법정기한내에 부가가치세를 신고·납부하면서, 위 토지 등지에서 한 골프장 조성공사(토공사, 수목이식 등 조경공사, 배수공사, 부대공사, 진입도로 건설공사 등이 포함되어 있다)와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 합계 3,321,297,324원을 부가가치세법(이하 '법'이라 한다) 제17조 제2항 제4호 후단, 부가가치세법 시행령(이하시행령'이라 한다) 제60조 제6항에서 정한 불공제 매입세액(토지관련 매입세액)으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다.",과세기간

기신고 납부(환급)

세액(①)

감액경정청구 내역

추가 환급청구액(②)

경정 후 세액(①-②)

2003년 제1기 예정

-258,387,396원

-1,457,527,466원

1,199,140,070원

2003년 제1기 확정

-295,168,152원

-880,438,840원

585,270,688원

2003년 제2기 예정

-408,088,885원

-615,666,725원

207,577,840원

2003년 제2기 확정

-417,595,358원

-598,205,223원

180,609,865원

2004년 제1기 예정

-411,088,018원

-669,308,400원

258,220,382원

2004년 제1기 확정

-449,288,749원

-870,178,134원

420,889,385원

2004년 제2기 예정

-992,177,599원

-1,320,275,877원

328,098,278원

2004년 제2기 확정

-230,503,312원

-371,994,128원

141,409,816원

합계

-3,462,297,469원

-6,783,594,793원

3,321,216,324원

나. 원고는 2006. 2. 9. 피고에게 위 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 불공제한 토지관련 매입세액이 공제되어야 한다는 취지로 주장하면서 위 표 기재와 같이 합계 3,321,216,324원을 환급해 달라는 내용으로 위 각 과세표준신고의 환급세액을 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2006. 2. 20. 그 경정을 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

다. 이에 원고는 2006. 5. 17. 국세심판원에 심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2006. 7. 20. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 항변 요지

원고의 2003년 제1기분 예정신고에 대한 경정청구는 예정신고기한인 2003. 4. 25.을 기준으로 그 경정청구기간인 2년을 도과한 이후에 한 것이므로, 과세관청인 원고가 경정을 거부하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로는 볼 수 없으므로, 이 사건 소 중 위 예정신고에 대한 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하되어야 한다.

나. 판단

(1) 2005. 7. 13. 법률 제7528호로 개정되기 전의 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 국세를 법정신고기한 내에 신고한 자는 그 과세표준 및 세액이 원래 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 2년 이내에 경정을 청구할 수 있었는데, 국세기본법이 위와 같이 개정되면서 경정청구기간이 3년으로 연장되었고, 위와 같이 개정될 당시의 국세기본법 부칙 제2항에 의하면, 2005. 7. 13. 당시 종전의 규정에 의한 경정청구기간이 경과하지 않은 경우에는 개정된 규정을 적용하도록 되어 있다.

(2) 한편 법 제3조 제1항에 의하면, 사업자는 각 과세기간(제1기 : 1. 1. ～ 6. 30., 제2기 : 7. 1. ～ 12. 31.)에 대한 과세표준과 납부세액을 과세기간 종료일 후 25일 이내에 신고하도록 되어 있고, 법 제18조 제1항에 의하면, 사업자는 각 예정신고기간(제1기분 예정신고기간 : 1. 1. ～ 3. 31., 제2기분 예정신고기간 : 7. 1. ～ 9. 30.) 종료 후 25일 이내에 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액을 신고하도록 되어 있다. 그리고 시행령 제65조 제1항은, 확정신고의 대상은 당해 과세기간 중의 과세표준과 세액이나, 다만 예정신고에 있어서 이미 신고한 내용은 그 대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 앞서 본 확정신고, 예정신고 및 경정처분에 관한 법령규정을 종합하여 보면, 예정신고의 내용에 오류·탈루가 있는 경우에는 납세자로서는 확정신고를 할 때 그 내용을 함께 신고할 수 있고, 예정신고 자체에 과세표준과 세액을 확정하는 효력은 없으며, 확정신고에 의하여 예정신고에서 신고한 과세표준과 납부세액이 확정적으로 정산되는바, 부가가치세의 납세의무는 당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하고 그에 대한 과세표준과 세액의 확정신고시에 확정되는 것이므로, 예정신고로써 신고한 과세표준 등에 대한 원고의 경정청구는 확정신고에 의하여 비로소 확정된 예정신고 내용에 대한 경정청구로 봄이 상당하고, 그 청구기간도 확정신고 기한일을 기준으로 정하여야 할 것이다(납세의무자로서는 예정신고에서 탈루된 내용을 확정신고시에 신고할 수 있고 과세관청으로서도 확정신고에 대하여 경정결정을 하면 되므로, 예정신고 자체는 국세기본법상의 경정청구 대상이 아니고, 과세관청도 그에 대한 경정결정을 할 수 없는 것으로 해석함이 상당하나, 원고가 제출한 예정신고의 과세표준 및 세액에 대한 각 경정청구서들의 내용에 의하더라도 이는 예정신고 자체에 대한 경정청구라기 보다는 확정신고시에 별도로 예정신고의 오류·탈루를 신고하지 아니함으로써 확정된 예정신고기간에 관한 과세표준 등의 경정을 구하는 취지이다).

따라서, 2003년도 제1기분 예정신고기간에 관한 경정청구의 기산점은 제1기 확정신고 기한인 2003. 7. 25.이므로 2005. 7. 13.을 기준으로 개정전의 국세기본법에 따른 경정청구기간 2년이 도과하지 아니하여 개정 당시의 국세기본법 부칙에 따라 2003년도 제1기분 예정신고에 관한 경정청구기간은 2006. 7. 25.까지가 되고, 원고가 그 기간내인 2006. 2. 9. 경정청구를 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 위 경정청구는 기간 내에 이루어진 적법한 경정청구에 해당한다.

피고의 위 항변은 이유 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1)주위적 주장(법률규정의 해석과 관련한 주장)

골프장 사업은 과세사업으로서 골프장 조성공사와 관련한 매입세액이 과세사업을 영위하기 위한 매입세액에 해당함에도 이를 공제하지 않는 것은 전단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세의 기본원리에 반하므로, 이 사건 처분의 근거규정인 법 제17조 제2항 제4호 후단은 단순히 토지관련 매입세액을 불공제한다는 것이 아니라 부가가치세가 면제되는 사업을 위한 매입세액을 전제로 하는 것으로 해석하여야 하고, 이렇게 해석하는 한 시행령 제60조 제6항은 과세요건 명확주의에 위배되는 등 조세법률주의에 반하여 무효임에도 불구하고, 위 조항들을 잘못 해석하여 과세사업인 골프장 사업을 위한 토지관련 매입세액을 불공제하여야 한다고 본 원고의 부가가치세 신고·납부와 피고의 이 사건 처분은 무효이다.

(2) 예비적 주장(법 및 시행령의 헌법 위반 주장)

토지관련 매입세액을 불공제하는 법 제17조 제2항 제4호 후단이 면세사업을 위한 매입세액을 전제로 하는 것이 아니라 단순히 토지관련 매입세액을 불공제하는 것으로 규정한 것이라면, 이는 사실상 자산의 취득에 따른 과세로서 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 입법일 뿐만 아니라, 부가가치세의 기본원리상 용인할 수 있는 한계를 넘어선 규정으로서 헌법상 보장된 평등권, 재산권을 침해하는 위헌적인 조항이므로 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

법

제12조 (면세)

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 토지

제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

시행령

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 판단

(1) 법 제17조 제2항 제4호 및 시행령 제60조 제6항의 취지 및 입법 연혁

(가) 우리나라의 부가가치세 과세방법

원칙적으로 우리나라의 경우 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 부가가치세 과세방법으로서 소위 '전단계 세액공제법'을 채택하여, 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하고 있다. 그러나 매입세액 전부가 공제되는 것은 아니고, 공제가 부인되는 매입세액이 있는데, 이에 대하여는 법 제17조 제2항에서 규정하고 있다.

(나) 매입세액 불공제의 유형

법 제17조 제2항에서 규정하는 부가가치세 매입세액 불공제의 유형은 크게 두 가지로 구분할 수 있는 바, 첫째는 이 사건에서 문제되는 조항(면세사업관련 매입세액)과 같이 부가가치세의 기본원리상 매입세액을 불공제하는 유형이고, 둘째는 사실과 다른 세금계산서의 매입세액이나 접대비관련 매입세액과 같이 조세정책이나 과세절차상 매입세액을 불공제하는 유형(법 제17조 제2항 제1호, 제1호의2)이다. 법 제17조 제2항 제4호는 전단에서 면세사업과 관련된 매입세액을, 후단에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 각 규정하고 있고, 그 위임을 받은 시행령 제60조 제6항은 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 같은 항 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하며, 각호에서 그 구체적 유형을 나열하고 있는데, 위 법 조항 전단에서 면세사업과 관련된 매입세액을 공제하지 아니하는 이유는 전단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세 체계에 있어 면세사업자는 매출세액이 발생하지 않는 결과 부가가치세법상 최종 소비자로 간주되어 전단계의 부가가치세를 부담하고 재화·용역을 소비하여야 한다는 부가가치세의 기본원리에 따른 것이고, 위 법 조항 후단 및 위 시행령 조항에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 공제하지 아니하는 이유도 면세사업자와 마찬가지로 토지는 노동, 자본과 함께 부가가치를 창출하는 근원적 요소임을 이유로 법이 과세사업이든 면세사업이든 사업의 종류를 불문하고 토지의 공급을 면세대상으로 삼고 있으므로(법 제12조 제1항 제12호), 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급에 따른 매출세액이 면제되는 이상 사업자는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당한다고 하더라도 이를 공제되는 매입세액으로 할 수 없다는 법 제12조에서 정한 면세제도의 기본원리에서 비롯된 것이다.

(다) 법 제17조 제2항 제4호 후단과 관련한 해석 및 입법적 해결의 과정

그런데 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 법 제17조 제2항 제4호가 불공제 매입세액을 정하면서 단지 '제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)'이라고만 규정하고 위임규정 없이 시행령 제60조 제6항을 1991. 12. 31. 신설하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 법 제17조 제2항 제4호의 매입세액에 포함된다고 규정하였기 때문에 면세사업에 관련된 토지관련 매입세액만이 불공제되는 것인지 아니면 사업관련성을 떠나 모든 토지관련 매입세액이 불공제되는 것인지 여부에 대한 해석을 두고 많은 조세분쟁이 발생하였고, 과세실무는 후자의 입자에서 모든 토지관련 매입세액을 불공제하는 것으로 운영되어 왔으나, 대법원은 전자의 입장을 채택하여 법률의 개정과 위임규정 없이 시행령만 신설하여 모든 토지관련 매입세액을 불공제하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋나는 것으로서 위 개정전 시행령 조항의 취지는 토지의 조성 등에 따른 거래행위가 부가가치세 면세사업을 영위하기 위한 목적으로 이루어진 경우에 한하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다는 당연한 이치를 정한 것이지, 면세사업이든 과세사업이든 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 일률적으로 매출세액에서 공제하지 않는다는 뜻이 아니므로 후자의 입장을 취한 과세처분이 위법하다는 취지로 판단하였다(○○○ 1995. 12. 21. 선고 ○○94누○○○○ 전원합의체 판결. 이에 반하여 위 판결의 소수의견은 위 개정전 법 제17조 제2항 각호의 규정이 예시적 규정에 불과하고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 면세제도에 관한 규정인 법 제12조에 의하여 공제를 부인하여야 하며, 만약 공제를 허용한다면 그 매출세액이 면제됨에도 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 이는 법률의 규정 없이 영세율의 적용을 인정하는 것이 됨으로써 오히려 조세법률주의에 위반된다고 보았다). 한편 위 판결이 선고되기 전인 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 법이 개정되면서 법 제17조 제2항 제4호가 현행 규정과 같이 토지관련 매입세액 불공제에 관한 근거규정을 두는 한편 위 개정전 시행령을 정비함으로써(1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정된 시행령 제60조 제6항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 토지관련 매입세액이라고 규정하고 있었는데, 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 부가가치세법 시행령 제60조 제6항이 개정되면서, 현재와 같이 토지관련 매입세액의 구체적인 판단기준이 정해졌다) 그 이후부터는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하기만 하면 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없는 것으로 입법적 해결을 하였다(○○○ 1999. 11. 12. 선고 ○○두○○○○○판결 참조).

(2) 주위적 주장에 대하여

살피건대, 이 사건 조항이 면세사업을 위한 토지관련 매입세액의 경우에 한하여 적용된다고 볼 아무런 근거가 없는 반면, 오히려 앞서 본 바와 같이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 개정된 법 제17조 제2항 제4호로 인하여 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지, 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 불공제되는 것으로 이미 입법적으로 해결이 되었고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하여도 부가가치세 과세사업을 영위하기 위하여 지출된 비용인 경우 그 매입세액이 매출세액에서 공제되어야 한다는 것은 개정되기 전의 법 및 시행령 조항 하에서의 해석론에 불과하므로, 원고가 골프장 조성을 위하여 지출한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련되는 매입세액으로서, 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당하는 이상, 그 토지관련 매입세액이 면세사업에 관련한 것인지 여부를 묻지 아니하고 불공제된다고 보아야 한다(위 ○○○ ○○두○○○○○ 판결 및 ○○○ 2006. 7. 28. 선고 ○○○○두○○○○○ 판결 등 참조).

더욱이, 시행령 제60조 제6항이 원고 주장과 같은 사유로 무효라 하더라도, 행정청이 위헌이거나 위법하여 무효인 시행령을 적용하여 한 행정처분이 당연무효로 되려면 그 규정이 행정처분의 중요한 부분에 관한 것이어서 결과적으로 그에 따른 행정처분의 중요한 부분에 하자가 있는 것으로 귀착되고, 또한 그 규정의 위헌성 또는 위법성이 객관적으로 명백하여 그에 따른 행정처분의 하자가 객관적으로 명백한 것으로 귀착되어야 하는바, 일반적으로 시행령이 헌법이나 법률에 위반된다는 사정은 그 시행령의 규정을 위헌 또는 위법하여 무효라고 선언한 대법원의 판결이 선고되지 아니한 상태에서는 그 시행령 규정의 위헌 내지 위법 여부가 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 명백하였다고 인정되지 아니하는 이상 객관적으로 명백한 것이라 할 수 없으므로, 이러한 시행령에 근거한 행정처분의 하자는 취소사유에 해당할 뿐 무효사유가 된다고 볼 수는 없는바(○○○ 2007. 6. 14. 선고 ○○○○두○○○ 판결 등 참조), 이 사건의 경우 시행령 제60조 제6항을 무효라고 선언한 대법원 판결이 선고된 바도 없었고 위 시행령 규정의 위헌·위법 여부가 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 객관적으로 명백하다고 보이지도 않는 이상, 이 사건 처분이 당연무효라 할 수는 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

(3) 예비적 주장에 대하여

살피건대, ① 골프장 부지인 토지조성공사의 용역의 공급에 대한 부가가치세는 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장으로 사용하기에 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액이기는 하나 토지조성공사의 용역은 토지조성 이후에는 골프장 부지와 일체가 되어 토지 자체의 가치를 증가시키는 것으로 이를 골프장 영업상의 매출세액으로 보기는 어려운 점, ② 토지의 공급을 부가가치세 면세대상으로 할지 여부와 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것이고(앞서 본 ○○○ ○○누○○○○ 전원합의체 판결의 다수의견과 소수의견의 실질적인 차이는 결국 '토지 관련 자본적 지출에 대한 매입세액이 바로 부가가치세 납부단계에서 회수되느냐 아니면 당해 토지의 양도단계로 넘어가서 회수되느냐'로 귀결되고, 이는 과세정책의 문제에 속하게 될 따름이다), 매입세액까지 공제하여 주는 영세율제도와 달리 법 제12조에서 매출세액이 면세되는 결과 매입세액을 공제받을 수 없게 되는 면세제도를 두고 있는 이상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 면제됨을 이유로 영위하는 사업이 면세사업인지, 과세사업인지를 불문하고, 그에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 것은 면세제도의 기본원리에 따른 것이며, 이것이 부가가치세의 기본원리인 전단계 세액공제법에 반하는 것은 아닌 점, ③ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 그 효과면에서 영세율을 적용한 것과 마찬가지가 되는데 이는 법률의 규정 없이 영세율을 적용하는 것이 되어 조세법률주의에 어긋나게 되고 토지공급을 사업으로 하는 자가 과세사업을 일시 영위함으로써 면세제도를 악용할 소지가 있는 점, ④ 토지에 관한 자본적 지출로서 공제부인되는 매입세액은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되고, 토지는 비상각자산이므로 당해 토지를 처분할 때 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수할 수 있고(소득세법 제97조 제1항 제2호, 법인세법 시행령 제19조 제2호), ⑤ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 토지를 조성하여 공급하는 사업을 하는 자로부터 매수하여 사업을 하는 사업자와 토지를 구입하여 사업목적에 맞게 직접 조성하여 사업을 하는 사업자 사이에 형평의 문제가 발생할 수 있는 점, ⑥ 시행령 제60조 제6항은, 법 제17조 제2항 제4호에서 정하는 토지관련매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 이르는 것으로 규정하고 있고, 시행령 제31조 제2항, 소득세법 시행령 제67조 제2항에 의하면, 자본적 지출이란 법인 등이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하는 것으로 규정되어 있으며(국세기본법에 의해 존중되는 기업회계기준도 마찬가지이다), 나아가 시행령 제60조 제6항에서 그 구체적인 기준을 제시하고 있으므로 토지관련 매입세액에 관한 규정이 과세요건 명확주의에 반한다고 볼 수 없는 점, ⑦ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 토지의 취득원가를 구성하여 부가가치세 매출세액이 면제되므로 그에 상응하는 매입세액을 공제하지 않는다는 것으로서 매입세액을 불공제하는 데 합리적인 근거가 있으므로 자의적인 차별에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 토지관련 매입세액을 불공제하는 법 제17조 제2항 제4호 후단이 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로서 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 보장된 평등권 및 재산권을 침해하는 위헌규정으로서 무효라 할 수 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.