골프장 조성공사와 관련하여 투입된 비용이 부가가치세 매입세액공제 대상인지 여부

골프장 조성을 위하여 투입된 비용은 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용이므로 자본적지출과 관련된 매입세액에 해당되어 매입세액 불공제한 당초처분은 적법함

부가가치세법 제12조 (면세)

부가가치세법 제17조 (납부세액)

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 9. 22. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정 청구 결정을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 충북 청원군 ○○면 ○○리 산○○○에서 골프장업을 영위하는 사업자로서, 2003년경부터 골프장을 조성하기 시작하였는데, 원고는 2003년 1기분의 부가가치세를 신고ㆍ납부하면서 골프장 토지 조성공사와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 21,465,909원(이하 '이 사건 조항'이라 한다)을 부가가치세법(이하 '법'이라 한다) 제17조 제2항 제4호(이하 '이 사건 조항'이라 한다) 후단, 법 시행령 제60조 제6항(이하 '이 사건 시행령 조항'이라 한다)에서 정한 불공제 매입세액(토지관련 매입세액)으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

나. 원고는 2006. 7. 24. 이 사건 매입세액이 공제가 가능함을 전제로 이 사건 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 9. 22. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006. 12. 21. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2007. 2. 8. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1 내지 4호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항의 해석과 관련한 주장

골프장 사업은 과세사업으로서 이 사건 매입세액은 과세사업을 영위하기 위한 매입세액에 해당함에도 이를 공제하지 않는 것은 전단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세의 기본원리에 반하는 것으로서, 이 사건 처분의 근거규정인 이 사건 조항 후단은 단순히 토지관련 매입세액을 불공제한다는 것이 아니라, 면세사업을 위한 매입세액을 대전제로 하는 것으로 해석하여야 하고, 이렇게 해석하는 한 이 사건 시행령 조항은 과세요건명확주의에 위배되는 등 조세법률주의에 반하여 무효이므로, 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 명확성의 원칙에 반하여 위법하다는 주장

이 사건 조항 후단은 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 매입세액 불공제 한다고 규정하고, 이 사건 시행령 조항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 열거하고 있다. 그런데, ①의 경우 토지의 형질을 변경시키는 토목공사에 있어 토목공사 외에 토목설비 및 공작물(안벽ㆍ저수지ㆍ정원설비ㆍ포장도로ㆍ제방 등)에 관한 공사가 포괄하여 시행되고 도급가격도 일괄적으로 정해지므로 그 중 토지에 관한 자본적 지출만을 구별하여 가액을 특정할 방법이 없고, ③의 경우 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 관한 구체적인 규정이 없다. 그 결과 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 고나한 판단이 전적으로 과세관청의 재량에 맡겨지는바, 이는 과세요건명확주의에 위배되어 위법하다.

(3) 이 사건 조항 후단의 헌법 위반 주장

과세업자의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 취지에 따라 공제되어야 한다. 그럼에도, 과세사업과 관련한 토지관련 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단은 사실상 자산의 취득에 대한 과세로서 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세이고 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 없는 정도로 입법재량의 한계를 넘어선 규정으로 헌법상 보장된 평등권 및 재산권을 침해하는 위헌적인 규정이므로 당연무효이다. 따라서, 이 사건 조항 후단에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

부가가치세법 제12조 (면세)

부가가치세법 제17조 (납부세액)

부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)

다. 판단

(1) 이 사건 조항 후단의 해석과 관련한 주장에 관한 판단

(가) 이 사건 조항 및 시행령 조항의 규정

이 사건 조항은 매입세액 불공제의 대상으로 ① 면세사업과 관련된 매입세액 및 ② 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있고, 이 사건 시행령 조항은 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다고 규정하는바, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지관련 매입세액이면 면세사업과 관련된 것이든 과세사업과 관련된 것이든 불문하고 불공제의 대상임이 이 사건 조항 및 시행령 조항 문언상 분명하다.

(나) 토지관련 매입세액의 불공제와 관련된 견해 대립 및 입법적 해결

한편, 1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호(이하 '구법 조항'이라 한다)는 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제한다고 규정하였을 뿐 토지관련 매입세액에 대한 불공제 규정은 두지 아니하였는데, 그에 관한 위임 규정이 없음에도 위 법 시행령 제60조 제6항(이하 '구법 시행령 조항'이라 한다)은 구법 조항의 불공제 대상 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다고 규정하였다. 그 때문에 면세사업에 관련된 토지관련 매입세액만이 불공제되는 것인지 아니면 면세사업 관련성을 떠나 모든 토지관련 매입세액이 불공제되는 것인지 여부에 대한 해석을 두고 많은 조세분쟁이 발생하였고, 과세실무는 후자의 입장에서 모든 토지관련 매입세액을 불공제하는 것으로 운영되어왔으나, 서울고등법원 1993. 12. 2. 선고 93구11915 판결은 면세사업에 관련된 토지관련 매입세액만이 불공제 대상이라고 판시하였고, 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결도 구법 조항이 적용되는 사건에 관하여 부가가치세 부과 원리 및 조세법률주의에 근거하여 면세사업에 관련된 토지관련 매입세액만이 불공제 대상이고 과세사업을 위하여 사용될 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다는 견해를 취하였다. 한편, 구법 조항 및 시행령 조항에 기한 토지관련 매입세액 불공제에 불복하는 조세분쟁이 다수 제기되자, 구법 조항은 정부 발의로 개정되어 1993. 12. 31.자로 이 사건 조항과 같이 토지관련 매입세액 불공제에 관한 근거규정 및 위임 규정을 두는 것으로 변경되었고, 위 개정법 시행 이후부터는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하기만 하면 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없게 되었다. 이상의 경과를 살펴보면, 토지관련 매입세액의 공제 여부와 관련한 논의는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지관련 매입세액이면 면세사업과 관련된 것이든 과세사업과 관련된 것이든 불문하고 불공제의 대상이 되도록 함으로써 입법적으로 해결되었다고 볼 것이다.

(다) 따라서, 이 사건 조항 후단을 면세사업과 관련한 토지관련 매입세액만 불공제한다는 취지로 해석하여야 함을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 명확성의 원칙에 반하여 위법하다는 주장에 관하여

살피건대, 과세요건명확주의에 반하는지 여부는, 납세자의 입장에서 어떠한 행위가 과세요건인 당해 문구에 해당되어 과세의 대상이 되는 것으로 예견할 수 있을 것인가, 당해 문구의 불확정성이 행정관청의 입장에서 자의적이고 차별적으로 법률을 적용할 가능성을 부여하는가, 입법 기술적으로 보다 확정적인 문구를 선택할 것을 기대할 수 있을 것인가 하는 등을 검토하여 종합적으로 판단하여야 할 것이다.

이 사건 시행령 조항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액으로 규정하고 있는바, 이 사건 시행령 조항의 1 내지 3호가 이를 구체화하고 있을 뿐만 아니라, "토지의 조성 등을 위한 자본적 지출"이라 함은 기업회계기준 및 법인세법에서 사용되는 용어로서 기업회계기준 및 법인세법 관련 규정에 의하여 불공제 대상 매입세액의 범위를 예측할 수 있다고 보아야 할 것이다. 그런데, 법인세법 시행령 제31조 제2항은 자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말한다고 규정하면서 이에 포함되는 것으로 구체적으로 본래의 용도를 변경하기 위한 개조(1호), 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치(2호), 피난시설 등의 설치(3호) 재해 등으로 인해 멸실, 훼손된 건축물 등의 복구(4호), 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것(5호)을 규정한다. 또한 기업회계기준은 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 지출은 자본적 지출로 하고, 당해 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위한 지출은 수익적 지출로 한다고 정하고 있고, 기업회계실무는 구체적으로 고정자산의 원가를 구성하는 지출, 고정자산의 가치를 증대시키는 지출, 미래에 수익력과 생산성을 증대시키는 지출, 내용연수를 연장시키는 지출, 지출연도가 당해 연도에 그치지 않고 장래에 미치는 경우 등을 자본적 지출의 범위에 속하는 것으로 본다. 그리고 국세기본법 제20조는 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것을 존중하도록 규정하고 있다.

위 각 관련 규정 및 회계실무를 종합하면, 부가가치세 납세의무자의 관점에서 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항에서 부가가치세 매입세액 불공제 대상으로 예정하고 있는 매입세액의 범위를 상당히 구체적으로 예측할 수 있다고 보아야 할 것이고 과세관청의 자의적 적용가능성도 크지 않아 보인다. 물론, 경우에 따라 자본적 지출과 수익적 지출을 엄격히 구분하기 어려운 경우가 있을 것이나 그 부분에 대해서는 실무관행 및 판례의 축적에 의하여 예측가능성이 더 확보될 수 있을 것이다. 그리고, 거래실정상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 부분이 특정되지 아니한 채 수익적 지출에 해당하는 부분과 포괄하여 거래가 이루어지는 경우가 있고 그 결과 자본적 지출에 해당하는 비용의 특정에 어려움이 있을 수 있다고 하더라도, 그러한 거래실정이 일반적ㆍ전면적이라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 구체적인 비용 확정의 어려움은 과세실무상 일반적으로 존재하는 것으로 토지관련 매입세액에만 한정되는 문제는 아니고 기업회계원칙에 맞는 거래관행의 조성, 조세행정의 전문화, 합리적인 법적용 노력 등을 통해 해결되어야 할 문제이다. 끝으로, 입법 기술적으로 보아도 더 확정적인 문구의 선택이 쉽지 않아 보인다.

따라서, 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 과세요건명확주의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

(3) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 이중과세로서 헌법상 보장된 평등권, 재산권을 침해하여 무효라는 주장에 관한 판단

(가) 부가가치세법 제17조 제1항이 사업 관련 매입세액을 원칙적으로 공제되는 매입세액으로 규정하고 있는 것은, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대해 매출세액이 발생하는 것을 전제로 한 것으로서, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급이 면세됨으로써 그 매출세액이 면제되는 때에는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매입세액으로 공제될 수 없다.

(나) 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것인데, 토지는 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하다가 공급하는 때에는 물론 과세사업에 사용하다가 공급하는 때에도 부가가치세가 면제되므로, 그 취득원가에 산입될 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액 역시 면제된다고 할 것이다. 따라서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 면제되는 이상, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하더라도 그에 관련된 매입세액은 매입세액으로 공제될 수 없다.

(다) 토지의 공급을 부가가치세 면세대상으로 할지 여부와 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것이고, 매입세액까지 공제하여 주는 영세율제도와 달리 법 제12조에서 매출세액이 면제되는 결과 매입세액을 공제받을 수 없게 되는 면세제도를 두고 있는 이상, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 면제됨을 이유로 영위하는 사업이 면세사업인지 과세사업인지를 불문하고 그에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 것은 면세제도의 기본원리에 따른 것으로, 부가가치세의 기본원리인 전단계 세액공제법에 반한다고 볼 수 없다.

(라) 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수할 수 있고(소득세법 제97조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제163조 제3항 등 참조), 사업소득을 산정함에 있어서 필요경비 또는 손금에 산입하는 방법으로 회수된다(소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호, 법인세법 시행령 제19조 제2호).

(마) 따라서, 토지관련 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단이 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로서 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 보장된 평등권 및 재산권을 침해하는 위헌규정이라고 볼 수 없다.

(4) 소결

따라서, 원고가 골프장 토지 조성을 위하여 투입한 비용에 대한 매입세액이 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 증가시키는데 소요된 비용으로 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당한다는 이유로 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항에 기해 매입세액이 불공제됨을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이하는 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[청주지방법원2007구합844 (2008.04.24)]

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 9 .22. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정청구 기각결정을 취소하라.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 골프장업을 영위하는 사업자로서, 2003년경부터 골프장을 조성하기 시작하였는데, 원고는 2003년 1기분의 부가가치세를 신고 ∙ 납부하면서 골프장 조성공사와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 21,465,909원(이하 '이 사건 매입세액'이라 한다)을 부가가치세법(이하 '법'이하 한다) 제17조 제2항 제4호(이하 '이 사건 조항'이라 한다) 후단, 법 시행령 제60조 제6항(이하 이 사건 시행령 조항'이라 한다)에서 정한 불공제 매입세액(토지관련 매입세액)으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

나. 원고는 2006. 7. 24. 이 사건 매입세액이 공제가 가능함을 전제로 이 사건 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 9. 22. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006. 12. 21. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2007. 2. 8. 기각결정을 받았다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑제1호증, 을제1 내지 4호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 법률규정의 해석과 관련한 주장

기본적으로 골프장 사업은 과세사업으로서 이 사건 매입세액은 과세사업을 영위하기 위한 매입세액에 해당함에도 이를 공제하지 않는 것은 전단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세의 기본원리에 반하는 것으로서, 이 사건 처분의 근거규정인 이 사건 조항 후단은 단순히 토지관련 매입세액을 불공제한다는 것이 아니라, 면세사업을 위한 매입세액을 대전제로 하는 것으로 해석하여야 하고, 이렇게 해석하는 한 이 사건 시행령 조항은 과세요건 명확주의에 위배되는 등 조세법률주의에 반하여 무효이다.

(2) 이 사건 조항 및 시행령의 헌법 위반주장

토지관련 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단은 사실상 자산의 취득에 따른 과세로서 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 입법일 뿐만 아니라, 부가가치세의 기본원리상 용인할 수 있는 한계를 넘어선 규정으로 헌법상 보장된 평등권, 재산권을 침해하는 위헌적인 조항이므로 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

관련 법령은 별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법률규정(이 사건 조항 및 시행령)의 해석과 관련한 판단

(가) 현행 부가가치세 과세방법

현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 전단계세액공제법을 기본적구조로 채택하고 있다. 법 제17조 제1항에서는 공제되는 매입세액으로서, ➀ 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 ② 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 규정하고 있다. 그러나 매입세액 전부가 공제되는 것은 아니고, 공제가 부인되는 매입세액이 있는데, 이에 대하여는 법 제17조 제2항에서 규정하고 있다.

(나) 매입세액 불공제의 유형

법 제17조 제2항에서 규정하는 부가가치세 매입세액 불공제의 유형은 크게 두가지로 구분할 수 있는 바, 첫째는 이 사건 조항(면세사업관련 매입세액)과 같이 부가가치세의 기본원리상 매입세액을 불공제하는 유형이고, 둘째는 사실과 다른 세금계산서의 매입세액이나 접대비관련 매입세액과 같이 조세정책이나 과세절차상 매입세액을 불공제하는 유형 (법 재17조 제2항 제1호, 제1호의2)이다. 이 사건 조항은 전단에서 면세사업과 관련된 매입세액을, 후단에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 각 규정하고 있고, 이 사건 시행령 조항은 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하며, 각호에서 그 구체적 유형을 적시하고 있는데, 이 사건 조항 전단에서 면세사업과 관련된 매입세액을 공제하지 아니하는 이유는 전단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세 체계에 있어 면세사업자는 매출세액이 발생하지 않는 결과 부가가치세법상 최종 소비자로 간주되어 전단계의 부가가치세를 부담하고 재화 ∙용역을 소비하여야 한다는 부가가치세의 기본원리에 따른 것이고, 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 공제하지 아니하는 이유도 면세사업자와 마찬가지로 토지는 노동, 자본과 함께 부가가치를 창출하는 근원적 요소임을 이유로 법이 과세사업이든 면세사업이든 사업의 종류를 불문하고 토지의 공급을 면세대상으로 삼고 있으므로(법 제12조 제1항 제12호), 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급에 따른 매출세액이 면제되는 이상 사업자는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당한다고 하더라도 이를 공제되는 매입세액으로 할 수 없다는 법 제12조에서 정한 면세제도의 기본원리에서 비롯된 것이다.

(다) 이 사건 조항 후단과 관련한 해석 및 입법적 해결의 경위

그런데 이 사건 조항 후단의 토지에 관련된 매입세액에 대하여는 1993.12.31. 개정전법 제17조 제2항 제4호(이하 '구법 조항'이하 한다)에서는 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제한다고 규정하고 위임규정 없이 시행령 제60조 제6항(이하 '구법 시행령 조항이라한다)을 1991.12.31. 신설하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 법 제17조 제2항 제4호의 매입세액에 포함된다고 규정하였기 때문에 면세사업에 관련된 토지관련 매입세액만이 불공제되는 것인지 아니면 사업관련성을 떠나 모든 토지관련 매입세액이 불공제되는 것인지 여부에 대한 해석을 두고 많은 조세분쟁이 발생하였고, 대법원은 전자의 입장을 채택하여 법률의 개정과 위임규정 없이 시행령만 신설하여 모든 토지관련 매입세액을 불공제하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋나는 것으로서 구법 조항과 구법 시행령 조항은 면세사업과 관련된 토지관련 매입세액을 불공제 한다는 당연한 내용을 규정한 것으로 판단하였다(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결), 이로 인하여 현행규정과 같이 구법 조항이 개정되어 토지관련 매입세액 불공제에 관한 근거규정을 두고 구법 시행령 조항(이 조항은 2001.12.30. 시행령 개정시부터 이 사건 시행령 조항과 같이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지의 매입세액으로 보는 구체적 유형을 규정하는 형식으로 바뀌었다)을 정비함으로써 그 이후부터는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하기만 하면 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없는 것으로 입법적 해결을 하였다고 할 것이다(대법원 1999.11.12. 선고 98두15290 판결 참조)

(2) 이 사건 조항 및 시행령이 헌법에 위반되어 무효인지 여부에 관한 판단

원고는 과세사업의 경우에도 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항이 전단계 세액공제점을 취하고 있는 부가가치세의 기본원리에 반함을 전제로 이 사건 조항이 헌법에 위반하거나 이 사건 시행령 조항이 조세법률주의에 반하여 무효라고 주장한다.

그러나 앞에서 본 바와 같은 다음과 같은 사정들, 즉 ➀ 기본적으로 골프장 부지인 토지조성공사의 용역의 공급에 대한 부가가치세는 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장으로 사용하기에 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액이기는 하나 토지조성공사의 용역은 토지조성 이후에는 골프장 부지의 일체가 되어 토지 자체의 가치를 증가시키는 것으로 이를 골프장 영업상의 매출세액으로 보기는 어려운 점, ② 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하여도 부가가치세 과세 사업인 골프장 사업을 영위하기 위해 지출된 비용인 경우 그 매입세액이 매출세액에서 공제되어야 한다는 것은 구법 조항 및 구법 시행령 조항 하에서의 해석론에 불과한 것으로서, 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 개정된 이 사건 조항으로 인하여 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지, 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 불공제되는 것으로 이미 입법적으로 해결이 되었다는 점, ③ 토지의 공급을 부가가치세 면세대상으로 할지 여부와 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것이고, 매입세액까지 공제하여 주는 영세율제도와 달리 법 제12조에서 매출세액이 면세되는 결과 매입세액을 공제받을 수 없게 되는 면세제도를 두고 있는 이상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 면제됨을 이유로 영위하는 사업이 면세사업인지, 과세사업이지를 불문하고, 그에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 것은 면세제도의 기본원리에 따른 것이고, 이것이 부가가치세의 기본원리인 전단계 세액공제법에 반하는 것은 아닌 점, ④ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 그 효과면에서 영세율을 적용하는 것과 마찬가지가 되는데 이는 법률의 규정없이 영세율을 적용하는 것이 되어 조세법률주의에 어긋나게 되고 토지공급을 사업으로 하는 자가 과세사업을 일시 영위함으로써 면세제도를 악용할 소지가 있는 점, ⑤ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수할 수 있고(소득세법 제97조 제1항 제2호, 같은 법시행령 제163조 제3항 등 참조), 사업소득을 산정함에 있어서 필요경비 또는 손금에 산입하는 방법으로 회수되는 점(소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호, 법인세법시행령 제19조 제2호), ⑥ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 토지를 조성하여 공급하는 사업을 하는 자로부터 매수하여 사업을 하는 사업자와 토지를 구입하여 사업목적에 맞게 직접 조성하여 사업을 하는 사업자 사이에 형평의 문제가 발생할 수 있는 점 ⑦ 이 사건 시행령 조항은 이 사건 조항 후단의 위임을 받아 매입세액이 불공제되는 토지관련 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 규정하고 있고, 토지 등의 조성을 위한 자본적 지출이라 함은 토지의 특성에 비추어 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소용되는 비용으로 결국 토지의 취득원가에 산입(자본화)되는 것을 말하는 것인데, 이 사건 시행령 조항은 각 호에서 그러한 유형에 대하여 구체적, 한정적으로 열거하고 있어 이 사건 시행령 조항이 법률의 위임이 없거나, 그 법위를 벗어난 것이 아닐 뿐만 아니라, 명확성의 원칙에 반한다고도 볼 수 없는 점에 각 비추에 보면, 토지관련 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단이 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로서 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 보장된 평등권 및 재산권을 침해하는 위헌규정이라거나 이 사건 시행령 조항이 조세법률주의에 반하여 무효하고 할 수 없다. 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 이 사건에 있어 이 사건 매입세액이 원고가 골프장 조성을 위하여 투입한 비용에 대한 매입세액으로 이러한 비용은 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용이므로, 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항에서 정한 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하여 매입세액이 불공제됨을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.