1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 학원업 등을 목적으로 하는 법인으로서 2009. 12. 1. 주식회사 B, 주식회사 C, 주식회사 D(이하 통틀어 ‘이 사건 각 법인’이라 한다)을 흡수합병하였고, 그 과정에서 신주 4,285,714주(액면가 100원)를 6,668,570,984원(1주당 1,556원)에 발행하여 이 사건 각 법인의 주주들에게 합병대가로 지급하였다.

원고는 이 사건 각 법인의 자산 및 부채를 공정가액에 의하여 승계하면서 공정가액을 초과하여 지급한 영업권 등 3,461,341,901원[아래 표의 영업권(합병차손)과의 차액 36,974,901원은 파생상품 자산의 이연법인세 효과에 따른 것이다. 이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다]을 아래와 같이 영업권으로 회계장부에 반영한 후 정액법에 따라 감가상각(5년)하였다.

(단위: 천 원) 차변 대변 자산 총계(공정가액) 9,959,856 부채 총계(공정가액) 6,715,655 영업권(합병차손) 3,424,367 자본금 주식발행초과금 428,571 6,239,999 원고는 위 합병과 관련하여 이 사건 영업권 3,461,341,901원을 익금(소득처분 기타) 및 손금(△유보)에 동시에 산입하고, 관련 감가상각액은 손금불산입(소득처분 유보)하여 2009 사업연도 법인세를 신고하였다.

중부지방국세청장은 원고에 대한 법인세 사후검증을 실시한 후 피고에게 이 사건 영업권은 합병평가차익(영업권)에 해당하므로 이를 손금불산입하여야 한다는 등의 과세자료를 통보하였고, 피고는 2013. 8. 1. 원고에게 이 사건 영업권을 2009 사업연도의 익금에 산입하고 영업권 감가상각비 57,689,029원을 손금추인하는 등으로 2009 사업연도 법인세 1,104,790,540원을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 이 사건 처분의 적법 여부 원고...