1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 코코아제품 및 설탕과자 제조업 등을 영위하는 법인으로서 2009. 2. 20. 원고의 임가공 거래처인 주식회사 B(이하 ‘피합병법인’이라 한다)와 상속세 및 증여세법상 비상장주식 평가방법을 준용하여 합병비율을 1:0.7로 하는 합병계약을 체결하고, 2009. 2. 25. 합병계획 승인을 위한 주주총회를 거쳐 2009. 4. 1. 주식 21,000주를 합병대가로 교부하는 내용으로 흡수합병을 하였다.

나. 원고는 이 과정에서 피합병법인의 자산 및 부채를 장부가액으로 인수하면서 피합병법인의 순자산가액과 합병대가(합병신주의 발행가액)의 차액인 916,951,670원을 영업권(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 회계장부에 계상한 후, 이 사건 영업권에 관하여 익금산입의 세무조정을 하지 않고 2009 사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 원고에 대한 법인세 사후검증을 실시하여 이 사건 영업권을 합병평가차익으로 보도록 피고에게 과세자료를 통보하였고, 피고는 이에 따라 이 사건 영업권 916,951,670원을 2009 사업연도의 익금에 산입하였으며, 영업권 감가상각비 137,542,750원을 손금에 산입하여 2015. 3. 19. 원고에게 2009 사업연도 법인세 281,208,430원을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

한편, 피고는 이 사건 영업권에 대한 감가상각비 183,390,324원을 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 각 사업연도의 손금으로 산입하여 2010 사업연도 법인세 40,345,873원, 2011 사업연도 법인세 40,345,874원, 2012 사업연도 법인세 36,678,067원, 2013 사업연도 법인세 36,678,067원 합계 154,047,880원의 환급결정을 하였다.

마. 원고는 이의신청을 거쳐 2015. 12. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 29. 이를 기각하는...