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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 경기 부천시 오정구 B 공장용지 740㎡ 및 그 지상 2층 공장 건물(공장, 사무실, 수위실, 화장실 포함)(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 1985. 10. 21. 부친으로부터 상속받았다가, 2012. 7. 2. 신흥산업 주식회사에 1,350,000,000원에 매도하였다.
나. 원고는 2012. 9. 27. 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하고, 양도가액에서 자본적 지출액 및 양도비 등으로 필요경비 ① 기계장치 설치비용 85,061,000원, ② 소각로, 고무배합용 기름탱크 설치비용 65,000,000원, ③ 외국인근로자 기숙사 설치비용 35,000,000원, ④ 공장마당 기초공사비용 30,000,000원, ⑤ 상속협의에 따른 유류분 지출비용 47,000,000원{아래에서 보는 원고의 주장에 따르면, 이 비용은 원고가 원래 구 소득세법(2012. 2. 1. 법률 제11274호로 개정되기 전의 것, 이하 같다
) 제97조 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령(2012. 7. 20. 대통령령 제23964호로 개정되기 전의 것, 이하 같다
) 제163조 제1항 제2호에 따라 ‘자산의 취득에 든 실지거래가액’으로 신고하였어야 하나, 당시 필요경비로 공제가능한 자본적 지출액 또는 양도비 등으로 신고한 것으로 보인다), ⑥ 중개수수료 등 21,462,000원(이하 각 비용은 순번으로 특정한다) 합계 283,523,000원을 공제하여, 양도소득세 223,702,262원을 신고납부하였다.
다. 그런데 피고는 2016. 3. 28.부터 2016. 4. 15.까지 원고에 대하여 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 원고가 신고한 필요경비 중 ① 내지 ⑤의 공제를 부인하여 2016. 8. 9. 원고에 대하여 2012년 귀속 양도소득세 105,452,370원(신고불성실가산세 6,445,776원, 납부불성실가산세 29,298,367원 포함)을 경정고지 이하 '이...