1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고는 농업협동조합법(이하 ‘농협법’)에 따라 설립된 지역농업협동조합이고, 피고는 농지보전부담금의 귀속주체이다.

나. 원고는 2010. 8. 5. 서산시 잠흥동 572 외 6필지 4557㎡ 지상에 근린생활시설(소매점, 사무소) 및 창고시설(이하 ‘이 사건 시설물’)을 건축할 목적으로 건축허가를 신청하여, 2010. 8. 18. 서산시장으로부터 건축허가를 받아 건축법 제11조 제5항 제7호에 의하여 농지전용허가가 의제되었다.

다. 서산시장은 2010. 8. 18. 원고에게 위 농지전용허가와 관련하여 농지법 제38조 제1항 및 제6항에 의하여 농지보전부담금 84,615,570원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였고, 원고는 2010. 8. 23. 위 농지보전부담금을 납부하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령 별지 관련 법령 기재와 같다.

3. 주장 및 판단

가. 당사자의 주장 1) 원고는, 농협법 제8조에서 지역농업협동조합의 업무와 재산에 대하여 조세 외의 부과금을 면제하도록 규정하고 있고, 위 규정이 농지법에 우선 적용되어야 함에도, 서산시장이 지역농업협동조합인 원고에게 농지보전부담금을 부과한 이 사건 처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이므로, 피고는 원고에게 위 처분에 기하여 원고로부터 받은 농지보전부담금 및 이에 대한 이자 또는 지연손해금을 부당이득으로 반환할 의무가 있다고 주장한다. 2) 이에 대하여 피고는, 이 사건 처분 당시에는 위 처분의 근거가 되는 농지법과 농협법 제8조가 서로 모순ㆍ저촉되는 것인지 및 어느 법령이 우선 적용되어야 하는지 여부에 관하여 그 해석에 다툼의 여지가 있었으므로, 피고가 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 그...